More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0470 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0470  YceI family protein  100 
 
 		 193 aa  388  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0458  YceI family protein  58.64 
 
 		 190 aa  223  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1027  YceI family protein  60.62 
 
 		 193 aa  204  8e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3507  hypothetical protein  58.54 
 
 		 194 aa  202  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.317049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3506  YceI family protein  56.32 
 
 		 192 aa  198  5e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790188 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3579  YceI family protein  56.79 
 
 		 196 aa  197  9e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.948947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2227  YceI family protein  49.39 
 
 		 190 aa  169  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000482548  decreased coverage  0.00464038 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5859  YceI family protein  43.33 
 
 		 191 aa  148  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4184  YceI family protein  47.44 
 
 		 193 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1030  hypothetical protein  43.59 
 
 		 186 aa  144  7.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.103898  normal  0.0258647 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3153  YceI  41.34 
 
 		 183 aa  144  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0885591  normal  0.570024 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2065  hypothetical protein  42.78 
 
 		 191 aa  143  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3803  hypothetical protein  43.09 
 
 		 186 aa  141  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0682  YceI family protein  46.31 
 
 		 186 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3996  hypothetical protein  44.26 
 
 		 187 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.350257 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2670  YceI family protein  46.31 
 
 		 186 aa  139  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.822376 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2817  YceI  41.36 
 
 		 190 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1860  YceI family protein  41.94 
 
 		 186 aa  139  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0231  YceI  46.31 
 
 		 186 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0733061  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0715  YceI family protein  46.31 
 
 		 186 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0705  YceI family protein  44.26 
 
 		 187 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.587119  normal  0.613914 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2552  YceI family protein  38.83 
 
 		 190 aa  137  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370741  normal  0.285953 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2718  signal peptide protein  39.9 
 
 		 189 aa  135  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2954  hypothetical protein  40.43 
 
 		 191 aa  134  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.247116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2795  YceI  40.24 
 
 		 184 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.772608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2531  YceI family protein  43.23 
 
 		 187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.990271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2962  YceI family protein  41.03 
 
 		 190 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1272  YceI-like family protein  46.1 
 
 		 207 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2381  hypothetical protein  43.72 
 
 		 186 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.481751  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0296  hypothetical protein  43.72 
 
 		 186 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0630  YceI family protein  46.31 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3369  hypothetical protein  46.1 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3378  YceI, base-induced periplasmic protein  46.1 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1158  hypothetical protein  46.1 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3335  YceI  46.1 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2566  hypothetical protein  46.1 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0606  YceI family protein  46.31 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3540  YceI  39.23 
 
 		 185 aa  122  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3201  YceI family protein  39.41 
 
 		 186 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.484936 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3683  YceI  37.3 
 
 		 192 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.579212  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1611  hypothetical protein  36.88 
 
 		 191 aa  108  5e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1616  hypothetical protein  37.5 
 
 		 191 aa  108  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1520  YceI family protein  37.84 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5251  YceI family protein  38.1 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  32.75 
 
 		 191 aa  98.6  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4402  YceI family protein  36.73 
 
 		 190 aa  97.8  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.426674 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  34.23 
 
 		 420 aa  97.1  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2178  YceI family protein  32.24 
 
 		 188 aa  93.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2321  YceI  32.65 
 
 		 191 aa  93.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4487  YceI family protein  32.26 
 
 		 441 aa  93.2  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1204  YceI  31.25 
 
 		 421 aa  89.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01687  YceI like family  31.18 
 
 		 189 aa  87  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.740504  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0602  YceI family protein  30.43 
 
 		 189 aa  86.3  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0382  hypothetical protein  32.47 
 
 		 180 aa  86.7  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0621265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0685  hypothetical protein  30.11 
 
 		 189 aa  85.5  4e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2531  YceI family protein  30.77 
 
 		 186 aa  85.5  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.178135 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3045  YceI family protein  29.45 
 
 		 190 aa  82.4  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3681  YceI  29.95 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0955  YceI family protein  30.11 
 
 		 186 aa  80.9  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  28.14 
 
 		 416 aa  79  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2851  YceI family protein  28.03 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.344848  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1092  YceI family protein  32.81 
 
 		 195 aa  74.7  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00011726  normal  0.0389048 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1196  YceI family protein  27.4 
 
 		 183 aa  73.6  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00341988  normal  0.225217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2314  YceI family protein  28.76 
 
 		 177 aa  72.8  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.133318  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1613  hypothetical protein  27.33 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2307  YceI family protein  28.95 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000152609  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1618  hypothetical protein  27.33 
 
 		 197 aa  70.5  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3001  YceI family protein  30.43 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000127378  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01052  hypothetical protein  29.5 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.772796  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2590  YceI family protein  29.5 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.549032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1435  hypothetical protein  29.5 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383161  normal  0.170982 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2032  hypothetical protein  28.78 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1179  hypothetical protein  29.5 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.537467  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3889  YceI family protein  28.85 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0543172  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2074  hypothetical protein  29.5 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.598885  normal  0.498469 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2544  hypothetical protein  29.5 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.162419  normal  0.478359 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3325  YceI family protein  26.87 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000106411 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4425  YceI family protein  28.99 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01060  hypothetical protein  29.5 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2272  hypothetical protein  29.5 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1178  hypothetical protein  29.5 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3967  YceI family protein  28.21 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2036  YceI family protein  27.37 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2458  YceI family protein  27.15 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00319405  normal  0.0447487 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2216  hypothetical protein  31.75 
 
 		 191 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.933696  normal  0.515995 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3826  YceI  27.56 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1268  hypothetical protein  31.75 
 
 		 191 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1224  hypothetical protein  31.75 
 
 		 191 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.984654  normal  0.418516 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2224  hypothetical protein  30.91 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0021514  hitchhiker  0.00838786 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1931  hypothetical protein  30.91 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1314  hypothetical protein  27.91 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0185349  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1821  hypothetical protein  30.91 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.129752  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1049  cytochrome B561  29.52 
 
 		 410 aa  65.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  0.102385 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1253  hypothetical protein  32.29 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.845086 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4649  YceI family protein  24.81 
 
 		 177 aa  65.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.270217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3192  YceI family protein  28.57 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2406  YceI family protein  31.3 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.213502  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5071  YceI-like family protein  30.16 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3203  YceI family protein  29.25 
 
 		 205 aa  64.7  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.422855 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0457  hypothetical protein  30.16 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>