More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1030 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1030  hypothetical protein  100 
 
 
186 aa  370  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.103898  normal  0.0258647 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2795  YceI  53.29 
 
 
184 aa  182  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.772608  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1860  YceI family protein  50.62 
 
 
186 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0458  YceI family protein  44.62 
 
 
190 aa  159  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2065  hypothetical protein  44.51 
 
 
191 aa  157  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257216  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5859  YceI family protein  43.17 
 
 
191 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3153  YceI  43.1 
 
 
183 aa  150  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0885591  normal  0.570024 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3803  hypothetical protein  45.1 
 
 
186 aa  149  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0705  YceI family protein  44.07 
 
 
187 aa  148  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.587119  normal  0.613914 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2670  YceI family protein  44.44 
 
 
186 aa  148  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.822376 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0682  YceI family protein  43.79 
 
 
186 aa  147  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0231  YceI  43.79 
 
 
186 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0733061  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0715  YceI family protein  43.79 
 
 
186 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0470  YceI family protein  43.59 
 
 
193 aa  144  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4184  YceI family protein  44.16 
 
 
193 aa  144  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3996  hypothetical protein  42.94 
 
 
187 aa  143  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.350257 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1027  YceI family protein  42.86 
 
 
193 aa  143  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3507  hypothetical protein  44.65 
 
 
194 aa  142  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.317049  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3579  YceI family protein  44.03 
 
 
196 aa  141  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.948947  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3540  YceI  40.98 
 
 
185 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2227  YceI family protein  40.99 
 
 
190 aa  136  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000482548  decreased coverage  0.00464038 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0630  YceI family protein  44.44 
 
 
186 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0606  YceI family protein  44.44 
 
 
186 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3506  YceI family protein  40 
 
 
192 aa  130  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.790188 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2381  hypothetical protein  44.44 
 
 
186 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.481751  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2566  hypothetical protein  44.44 
 
 
186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3378  YceI, base-induced periplasmic protein  44.44 
 
 
207 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1272  YceI-like family protein  44.44 
 
 
207 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2954  hypothetical protein  38.24 
 
 
191 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.247116  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3369  hypothetical protein  44.44 
 
 
186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3335  YceI  44.44 
 
 
186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1158  hypothetical protein  44.44 
 
 
186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0296  hypothetical protein  44.44 
 
 
186 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2817  YceI  38.2 
 
 
190 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2531  YceI family protein  41.94 
 
 
187 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.990271  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1520  YceI family protein  38.89 
 
 
192 aa  121  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2552  YceI family protein  36.52 
 
 
190 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370741  normal  0.285953 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  39.56 
 
 
191 aa  119  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2178  YceI family protein  40.25 
 
 
188 aa  117  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2962  YceI family protein  37.09 
 
 
190 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2718  signal peptide protein  36.42 
 
 
189 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5251  YceI family protein  41.36 
 
 
192 aa  108  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3201  YceI family protein  36.36 
 
 
186 aa  105  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.484936 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01687  YceI like family  36.11 
 
 
189 aa  104  8e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.740504  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4402  YceI family protein  40.13 
 
 
190 aa  103  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.426674 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0685  hypothetical protein  32.77 
 
 
189 aa  102  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0602  YceI family protein  32 
 
 
189 aa  100  8e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3045  YceI family protein  36.31 
 
 
190 aa  100  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  37.09 
 
 
420 aa  100  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1611  hypothetical protein  32.07 
 
 
191 aa  99.4  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1204  YceI  36.67 
 
 
421 aa  99  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2321  YceI  35.03 
 
 
191 aa  98.6  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1616  hypothetical protein  31.52 
 
 
191 aa  97.1  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4487  YceI family protein  32.26 
 
 
441 aa  93.2  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_003296  RS03182  signal peptide protein  36.43 
 
 
195 aa  83.6  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.173698  normal  0.294176 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1613  hypothetical protein  30.06 
 
 
197 aa  83.2  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3683  YceI  32.98 
 
 
192 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.579212  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0382  hypothetical protein  29.41 
 
 
180 aa  80.5  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0621265  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1196  YceI family protein  29.94 
 
 
183 aa  80.1  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00341988  normal  0.225217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2531  YceI family protein  30.52 
 
 
186 aa  77.8  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.178135 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0861  YceI family protein  29.52 
 
 
177 aa  75.9  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.47771  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1618  hypothetical protein  28.83 
 
 
197 aa  75.1  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  31.61 
 
 
416 aa  74.7  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2314  YceI family protein  32.81 
 
 
177 aa  74.7  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.133318  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0564  hypothetical protein  30.32 
 
 
174 aa  73.6  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0475935  normal  0.512882 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2169  YceI family protein  33.53 
 
 
181 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4023  YceI family protein  31.52 
 
 
242 aa  72.8  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.564771 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1049  cytochrome B561  34.56 
 
 
410 aa  72.4  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  0.102385 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3389  YceI family protein  32.12 
 
 
193 aa  72.4  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.013479  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3325  YceI family protein  31.9 
 
 
178 aa  72  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000106411 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1314  hypothetical protein  30 
 
 
198 aa  72.4  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0185349  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1405  YceI family protein  31.25 
 
 
201 aa  72.4  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.247492 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1821  hypothetical protein  32.85 
 
 
192 aa  71.6  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.129752  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2224  hypothetical protein  32.85 
 
 
192 aa  71.6  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0021514  hitchhiker  0.00838786 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0890  YceI  26.25 
 
 
220 aa  72  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1931  hypothetical protein  32.85 
 
 
192 aa  71.6  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2184  putative cytochrome B561  31.85 
 
 
400 aa  71.6  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1199  YceI family protein  34.62 
 
 
183 aa  71.6  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.144393  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1281  YceI family protein  27.78 
 
 
184 aa  71.2  0.000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0832  YceI family protein  30.63 
 
 
182 aa  70.5  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.261869  hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0955  YceI family protein  26.37 
 
 
186 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0473  hypothetical protein  29.24 
 
 
189 aa  69.7  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.81293e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2458  YceI family protein  28.31 
 
 
187 aa  68.9  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00319405  normal  0.0447487 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1400  cytochrome B561  32.48 
 
 
397 aa  68.9  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4261  YceI family protein  35.46 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.651401  normal  0.0270494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4031  YceI  35.46 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.269923  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2851  YceI family protein  28.86 
 
 
203 aa  68.2  0.00000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.344848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4106  YceI family protein  35.46 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2233  YceI family protein  28.48 
 
 
199 aa  68.2  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.329585  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2307  YceI family protein  27.95 
 
 
204 aa  67.8  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000152609  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2180  YceI family protein  28.87 
 
 
205 aa  67.8  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1988  YceI family protein  28.31 
 
 
196 aa  67.8  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2283  YceI family protein  30.5 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3598  hypothetical protein  29.75 
 
 
199 aa  66.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118422  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05510  hypothetical protein  30.97 
 
 
191 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5071  YceI-like family protein  30.3 
 
 
192 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3736  YceI  29.31 
 
 
218 aa  65.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.192641 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03250  YceI-like protein  29.1 
 
 
192 aa  65.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2036  YceI family protein  26.09 
 
 
195 aa  66.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1041  hypothetical protein  26.63 
 
 
189 aa  66.2  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.570231  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>