More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2321 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2321  YceI  100 
 
 		 191 aa  387  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  56.98 
 
 		 191 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2178  YceI family protein  58.02 
 
 		 188 aa  202  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3201  YceI family protein  52.69 
 
 		 186 aa  187  9e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.484936 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5251  YceI family protein  57.14 
 
 		 192 aa  184  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4402  YceI family protein  54.32 
 
 		 190 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.426674 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  40.46 
 
 		 416 aa  125  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4487  YceI family protein  41.45 
 
 		 441 aa  118  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3507  hypothetical protein  37.74 
 
 		 194 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.317049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1204  YceI  40.94 
 
 		 421 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0458  YceI family protein  35.63 
 
 		 190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3506  YceI family protein  36.42 
 
 		 192 aa  110  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790188 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1027  YceI family protein  35.85 
 
 		 193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3579  YceI family protein  35.85 
 
 		 196 aa  108  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.948947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1860  YceI family protein  35.92 
 
 		 186 aa  106  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  38.36 
 
 		 420 aa  103  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3803  hypothetical protein  31.38 
 
 		 186 aa  102  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2227  YceI family protein  35.22 
 
 		 190 aa  101  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000482548  decreased coverage  0.00464038 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0705  YceI family protein  30.06 
 
 		 187 aa  100  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.587119  normal  0.613914 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2718  signal peptide protein  32.34 
 
 		 189 aa  100  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1030  hypothetical protein  35.03 
 
 		 186 aa  98.2  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.103898  normal  0.0258647 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5859  YceI family protein  31.01 
 
 		 191 aa  97.8  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0832  YceI family protein  34 
 
 		 182 aa  97.8  9e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.261869  hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1616  hypothetical protein  29.69 
 
 		 191 aa  97.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3996  hypothetical protein  29.48 
 
 		 187 aa  97.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.350257 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1611  hypothetical protein  32.35 
 
 		 191 aa  96.7  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2552  YceI family protein  30.95 
 
 		 190 aa  95.9  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370741  normal  0.285953 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2817  YceI  28.73 
 
 		 190 aa  95.5  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2962  YceI family protein  30.57 
 
 		 190 aa  95.9  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4184  YceI family protein  30.38 
 
 		 193 aa  95.1  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2065  hypothetical protein  30.38 
 
 		 191 aa  95.1  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0231  YceI  30.38 
 
 		 186 aa  94.7  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0733061  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0715  YceI family protein  30.38 
 
 		 186 aa  94.7  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2954  hypothetical protein  28.25 
 
 		 191 aa  94.4  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.247116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2670  YceI family protein  29.75 
 
 		 186 aa  94.4  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.822376 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0682  YceI family protein  30.38 
 
 		 186 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3540  YceI  30 
 
 		 185 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3683  YceI  32.57 
 
 		 192 aa  93.2  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.579212  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0470  YceI family protein  32.65 
 
 		 193 aa  93.2  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2795  YceI  35.81 
 
 		 184 aa  89  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.772608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0630  YceI family protein  31.65 
 
 		 186 aa  88.2  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0685  hypothetical protein  33.96 
 
 		 189 aa  87.8  8e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3153  YceI  28.81 
 
 		 183 aa  87.8  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0885591  normal  0.570024 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0606  YceI family protein  31.65 
 
 		 186 aa  87.8  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0602  YceI family protein  32.91 
 
 		 189 aa  87.4  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1049  cytochrome B561  34.34 
 
 		 410 aa  82.4  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  0.102385 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2851  YceI family protein  27.78 
 
 		 203 aa  82.4  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.344848  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0296  hypothetical protein  29.05 
 
 		 186 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2381  hypothetical protein  29.05 
 
 		 186 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.481751  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3045  YceI family protein  35.77 
 
 		 190 aa  81.3  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3389  YceI family protein  32.85 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.013479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2036  YceI family protein  31.06 
 
 		 195 aa  80.9  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2566  hypothetical protein  29.45 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3378  YceI, base-induced periplasmic protein  29.45 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01687  YceI like family  35.07 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.740504  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1158  hypothetical protein  29.45 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3369  hypothetical protein  28.93 
 
 		 186 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3335  YceI  28.93 
 
 		 186 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2180  YceI family protein  32.89 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2371  YceI family protein  27.89 
 
 		 198 aa  78.6  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3449  YceI  26.67 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0861  YceI family protein  31.37 
 
 		 177 aa  78.2  0.00000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.47771  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1272  YceI-like family protein  28.3 
 
 		 207 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3638  YceI family protein  28.42 
 
 		 214 aa  77.8  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.159017 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3681  YceI  33.33 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0382  hypothetical protein  33.81 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0621265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2531  YceI family protein  28.48 
 
 		 187 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.990271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2307  YceI family protein  33.94 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000152609  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3325  YceI family protein  28.26 
 
 		 178 aa  73.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000106411 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2184  putative cytochrome B561  34.12 
 
 		 400 aa  73.9  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0469  hypothetical protein  30.7 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.189395  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2323  YceI  29.87 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.977653 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2283  YceI family protein  30.72 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2314  YceI family protein  28.85 
 
 		 177 aa  72.4  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.133318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1933  YceI family protein  29.71 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.962178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3326  YceI family protein  29.79 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000103156 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2913  YceI family protein  28.57 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2531  YceI family protein  28.85 
 
 		 186 aa  72  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.178135 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1196  YceI family protein  30.23 
 
 		 183 aa  72  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00341988  normal  0.225217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2101  YceI family protein  30.12 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.957341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4400  YceI family protein  29.75 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.560218 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1334  YceI  29.63 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000025527  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1207  YceI family protein  26.86 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00184458  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0443  hypothetical protein  30.7 
 
 		 190 aa  71.2  0.000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0366  YceI family protein  32.54 
 
 		 189 aa  71.2  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5253  YceI family protein  26.67 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.717855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3203  YceI family protein  29.09 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.422855 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3093  YceI family protein  32.14 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0989  YceI family protein  30.51 
 
 		 183 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.324604  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3066  YceI family protein  26.29 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0262369 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1314  hypothetical protein  32.54 
 
 		 198 aa  69.3  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0185349  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1520  YceI family protein  23.3 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3294  YceI family protein  31.58 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3307  YceI family protein  32.14 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.872006  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1565  YceI family protein  31.75 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0473  hypothetical protein  28.15 
 
 		 189 aa  68.2  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.81293e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1536  hypothetical protein  28.95 
 
 		 190 aa  68.2  0.00000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0932  YceI  30.46 
 
 		 183 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.656064  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1312  YceI family protein  26.59 
 
 		 201 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000260413 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0992  YceI family protein  29.38 
 
 		 183 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00460227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>