285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3683 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3683  YceI  100 
 
 		 192 aa  374  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.579212  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4487  YceI family protein  43.75 
 
 		 441 aa  121  8e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2718  signal peptide protein  41.27 
 
 		 189 aa  116  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3201  YceI family protein  41.52 
 
 		 186 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.484936 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2962  YceI family protein  41.67 
 
 		 190 aa  111  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0470  YceI family protein  38.56 
 
 		 193 aa  109  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1204  YceI  41.14 
 
 		 421 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2552  YceI family protein  38.5 
 
 		 190 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370741  normal  0.285953 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2178  YceI family protein  44.06 
 
 		 188 aa  108  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3506  YceI family protein  36.9 
 
 		 192 aa  106  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790188 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3803  hypothetical protein  37.74 
 
 		 186 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2670  YceI family protein  37.74 
 
 		 186 aa  105  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.822376 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3996  hypothetical protein  36.48 
 
 		 187 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.350257 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2065  hypothetical protein  37.28 
 
 		 191 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0458  YceI family protein  35.9 
 
 		 190 aa  102  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0231  YceI  36.48 
 
 		 186 aa  101  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0733061  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0715  YceI family protein  36.48 
 
 		 186 aa  101  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3540  YceI  34.39 
 
 		 185 aa  101  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  36.81 
 
 		 420 aa  101  8e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0705  YceI family protein  36.94 
 
 		 187 aa  101  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.587119  normal  0.613914 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1027  YceI family protein  37.66 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0682  YceI family protein  35.85 
 
 		 186 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5859  YceI family protein  35.22 
 
 		 191 aa  99.4  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4184  YceI family protein  36.09 
 
 		 193 aa  98.6  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3579  YceI family protein  36.54 
 
 		 196 aa  98.6  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.948947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2817  YceI  36.51 
 
 		 190 aa  98.2  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  38.61 
 
 		 191 aa  97.8  8e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5251  YceI family protein  37.89 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1611  hypothetical protein  34.03 
 
 		 191 aa  97.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2381  hypothetical protein  40.25 
 
 		 186 aa  95.9  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.481751  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1616  hypothetical protein  34.03 
 
 		 191 aa  96.3  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3378  YceI, base-induced periplasmic protein  40.25 
 
 		 207 aa  95.9  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1860  YceI family protein  37.25 
 
 		 186 aa  96.3  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0296  hypothetical protein  40.25 
 
 		 186 aa  95.9  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1158  hypothetical protein  40.25 
 
 		 186 aa  96.3  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3335  YceI  40.25 
 
 		 186 aa  96.3  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3369  hypothetical protein  40.25 
 
 		 186 aa  96.3  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2566  hypothetical protein  40.25 
 
 		 186 aa  96.3  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2795  YceI  38.31 
 
 		 184 aa  95.5  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.772608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3507  hypothetical protein  35.9 
 
 		 194 aa  95.1  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.317049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1272  YceI-like family protein  39.62 
 
 		 207 aa  93.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4402  YceI family protein  37.27 
 
 		 190 aa  94  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.426674 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2321  YceI  32.92 
 
 		 191 aa  92.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  31.74 
 
 		 416 aa  90.9  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2531  YceI family protein  39.87 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.990271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2954  hypothetical protein  37.43 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.247116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0630  YceI family protein  35.85 
 
 		 186 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3153  YceI  32.26 
 
 		 183 aa  86.7  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0885591  normal  0.570024 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0606  YceI family protein  35.85 
 
 		 186 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01687  YceI like family  35.56 
 
 		 189 aa  85.5  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.740504  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1400  cytochrome B561  35.84 
 
 		 397 aa  84  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2531  YceI family protein  31.89 
 
 		 186 aa  83.6  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.178135 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0685  hypothetical protein  33.33 
 
 		 189 aa  82.8  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0832  YceI family protein  32.34 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.261869  hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1745  cytochrome B561  36.6 
 
 		 406 aa  82  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399847  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1030  hypothetical protein  33.33 
 
 		 186 aa  81.3  0.000000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.103898  normal  0.0258647 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0366  YceI family protein  33.14 
 
 		 189 aa  81.3  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2227  YceI family protein  32.05 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000482548  decreased coverage  0.00464038 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0530  YceI family protein  33.71 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.456104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0602  YceI family protein  34.06 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2307  YceI family protein  31.37 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000152609  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0382  hypothetical protein  31.48 
 
 		 180 aa  78.6  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0621265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2283  YceI family protein  33.13 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0564  hypothetical protein  31.21 
 
 		 174 aa  75.9  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0475935  normal  0.512882 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14930  hypothetical protein  30.94 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3326  YceI family protein  30 
 
 		 190 aa  71.6  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000103156 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0092  YceI family protein  31.25 
 
 		 209 aa  71.2  0.000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.441505  normal  0.027185 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3681  YceI  31.98 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3325  YceI family protein  35.34 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000106411 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0089  YceI family protein  31.61 
 
 		 184 aa  69.7  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3045  YceI family protein  32.67 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2169  YceI family protein  32.16 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_003296  RS03182  signal peptide protein  29.93 
 
 		 195 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.173698  normal  0.294176 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0333  YceI family protein  30.72 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192845  normal  0.888817 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2271  YceI family protein  31.82 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2101  YceI family protein  31.79 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.957341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2208  YceI  36.36 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0100235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2036  YceI family protein  32.12 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3826  YceI  33.33 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2493  YceI family protein  31.18 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1565  YceI family protein  31.21 
 
 		 182 aa  68.2  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1086  hypothetical protein  33.14 
 
 		 181 aa  67.8  0.00000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1456  hypothetical protein  31.18 
 
 		 223 aa  67.8  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2851  YceI family protein  26.63 
 
 		 203 aa  67.8  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.344848  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3001  YceI family protein  29.55 
 
 		 195 aa  67  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000127378  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1520  YceI family protein  24.73 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0992  YceI family protein  30.94 
 
 		 183 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00460227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2406  YceI family protein  30.59 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.213502  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2314  YceI family protein  30.82 
 
 		 177 aa  66.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.133318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2435  YceI family protein  33.93 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.832405  normal  0.0582212 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1049  cytochrome B561  34.76 
 
 		 410 aa  65.5  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  0.102385 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2933  YceI family protein  31.79 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.258273 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1869  YceI family protein  31.03 
 
 		 189 aa  65.5  0.0000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.155995  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3889  YceI family protein  35.4 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0543172  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1196  YceI family protein  30.89 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00341988  normal  0.225217 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0989  YceI family protein  35.65 
 
 		 183 aa  64.3  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.324604  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3967  YceI family protein  35.4 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1199  YceI family protein  32.57 
 
 		 183 aa  63.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.144393  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4531  YceI family protein  30.29 
 
 		 181 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.642699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0872  YceI family protein  33.14 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467624  normal  0.0780201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>