More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1745 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1745  cytochrome B561  100 
 
 		 406 aa  801    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399847  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1049  cytochrome B561  43.47 
 
 		 410 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  0.102385 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2184  putative cytochrome B561  43.73 
 
 		 400 aa  291  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1400  cytochrome B561  39.81 
 
 		 397 aa  269  7e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4487  YceI family protein  31.85 
 
 		 441 aa  161  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1204  YceI  33.49 
 
 		 421 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  30.96 
 
 		 420 aa  139  8.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  38.1 
 
 		 181 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  29.29 
 
 		 416 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  33.51 
 
 		 182 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  33.51 
 
 		 182 aa  111  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  35.14 
 
 		 193 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  38.98 
 
 		 195 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  35.14 
 
 		 193 aa  103  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  36.98 
 
 		 184 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0761  cytochrome B561  36.57 
 
 		 204 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.599963 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  35.26 
 
 		 191 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  35.64 
 
 		 203 aa  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  35 
 
 		 188 aa  89.4  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  33.85 
 
 		 187 aa  89.4  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2036  cytochrome B561  38.2 
 
 		 193 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.625854 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  30.48 
 
 		 183 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2179  cytochrome B561  33.99 
 
 		 203 aa  87.4  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  33.51 
 
 		 222 aa  87.4  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1617  hypothetical protein  36.84 
 
 		 176 aa  87  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  35.08 
 
 		 199 aa  87  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2465  putative cytochrome b561  37.02 
 
 		 188 aa  86.7  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  35.11 
 
 		 196 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  32.62 
 
 		 186 aa  86.3  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  30.68 
 
 		 173 aa  85.9  0.000000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1612  hypothetical protein  36.32 
 
 		 176 aa  85.9  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1004  cytochrome B561  38.67 
 
 		 177 aa  85.9  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  33.68 
 
 		 186 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  34.62 
 
 		 186 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  34.62 
 
 		 186 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6508  cytochrome B561  34.91 
 
 		 188 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0286753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  34.62 
 
 		 186 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2791  cytochrome B561  35.83 
 
 		 182 aa  84.7  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  31.32 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  34.57 
 
 		 190 aa  82.4  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3683  YceI  36.6 
 
 		 192 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.579212  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4401  cytochrome B561  35.35 
 
 		 201 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.425577 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  32.43 
 
 		 183 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  29.35 
 
 		 191 aa  81.6  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  33.71 
 
 		 186 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  32.22 
 
 		 196 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  32.4 
 
 		 186 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  34.63 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  32.8 
 
 		 189 aa  80.5  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  31.76 
 
 		 186 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  34.64 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  34.34 
 
 		 189 aa  79.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0833  cytochrome B561  34.22 
 
 		 192 aa  79  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.383328  hitchhiker  0.00227976 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  30.85 
 
 		 183 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4169  cytochrome B561  39.77 
 
 		 185 aa  79.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0139606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1661  cytochrome B561  32.45 
 
 		 179 aa  79  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.142328  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  32.61 
 
 		 188 aa  79.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  30.32 
 
 		 183 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  29.41 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2570  cytochrome B561  29.35 
 
 		 197 aa  77.4  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0781  cytochrome B561  30.27 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.231084  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2303  cytochrome B561  31.38 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.469268  normal  0.0531302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  33.52 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  31.89 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  35.83 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0144  cytochrome B561  35.48 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.876682  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2223  cytochrome b561 family protein  31.25 
 
 		 184 aa  75.9  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0039455  hitchhiker  0.00454282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  33.51 
 
 		 182 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5356  putative cytochrome b561  31.69 
 
 		 180 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00398289 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1930  cytochrome B561  31.25 
 
 		 184 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02672  cytochrome b561, putative  30.98 
 
 		 188 aa  75.1  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  29.79 
 
 		 183 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  34.51 
 
 		 191 aa  75.5  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  31.25 
 
 		 184 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  28.19 
 
 		 184 aa  74.3  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  29.63 
 
 		 213 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3871  putative cytochrome b561  32.35 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.614366  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  30.95 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  34.5 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  32.18 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  34.44 
 
 		 186 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  31.36 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  30.22 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  32.42 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  30.22 
 
 		 183 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  29.47 
 
 		 188 aa  72.4  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  29.47 
 
 		 188 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  31.38 
 
 		 183 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  29.47 
 
 		 188 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  29.47 
 
 		 188 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1316  cytochrome B561  28.8 
 
 		 183 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171547  normal  0.725201 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  29.47 
 
 		 188 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  29.47 
 
 		 188 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  29.47 
 
 		 188 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  29.47 
 
 		 188 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  31.94 
 
 		 183 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2818  cytochrome B561  32.98 
 
 		 183 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3478  cytochrome B561  34.07 
 
 		 180 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.579466  hitchhiker  0.000371098 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2358  cytochrome B561  34.38 
 
 		 178 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  30.22 
 
 		 183 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>