More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0295 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  100 
 
 		 416 aa  843    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4487  YceI family protein  31.86 
 
 		 441 aa  193  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1204  YceI  33.65 
 
 		 421 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  32.33 
 
 		 420 aa  163  6e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  38.37 
 
 		 191 aa  133  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2178  YceI family protein  40.25 
 
 		 188 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1049  cytochrome B561  29.1 
 
 		 410 aa  125  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  0.102385 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3201  YceI family protein  39.18 
 
 		 186 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.484936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2321  YceI  40.12 
 
 		 191 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4402  YceI family protein  37.5 
 
 		 190 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.426674 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  40.23 
 
 		 203 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  42.95 
 
 		 190 aa  109  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3478  cytochrome B561  46.76 
 
 		 180 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.579466  hitchhiker  0.000371098 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  41.45 
 
 		 182 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  41.45 
 
 		 182 aa  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5251  YceI family protein  36.25 
 
 		 192 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2179  cytochrome B561  39.62 
 
 		 203 aa  106  7e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1745  cytochrome B561  28.64 
 
 		 406 aa  106  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399847  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  38.78 
 
 		 199 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  38.1 
 
 		 222 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  36.99 
 
 		 186 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4401  cytochrome B561  43.62 
 
 		 201 aa  103  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.425577 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  39.16 
 
 		 189 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  38.93 
 
 		 197 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  37.84 
 
 		 186 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2303  cytochrome B561  41.78 
 
 		 187 aa  101  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.469268  normal  0.0531302 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  37.84 
 
 		 186 aa  99.8  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  35.62 
 
 		 186 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  39.19 
 
 		 188 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1400  cytochrome B561  25.31 
 
 		 397 aa  97.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  35.81 
 
 		 184 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  38.93 
 
 		 193 aa  97.1  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  34.25 
 
 		 186 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  34.25 
 
 		 186 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  34.25 
 
 		 186 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  35.81 
 
 		 184 aa  96.3  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  38.93 
 
 		 193 aa  96.3  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3202  cytochrome B561  41.51 
 
 		 197 aa  94.4  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.30143 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  37.42 
 
 		 188 aa  94.4  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2570  cytochrome B561  38.36 
 
 		 197 aa  94  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  35.62 
 
 		 186 aa  93.6  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2954  hypothetical protein  33.12 
 
 		 191 aa  93.6  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.247116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  36.73 
 
 		 189 aa  93.2  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2794  cytochrome B561  35.86 
 
 		 174 aa  92  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3507  hypothetical protein  29.56 
 
 		 194 aa  92  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.317049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0833  cytochrome B561  39.74 
 
 		 192 aa  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.383328  hitchhiker  0.00227976 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3683  YceI  31.74 
 
 		 192 aa  90.9  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.579212  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  34.93 
 
 		 186 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  36.55 
 
 		 178 aa  90.1  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  39.16 
 
 		 184 aa  89.7  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  35.57 
 
 		 195 aa  89.7  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1661  cytochrome B561  40.85 
 
 		 179 aa  89.4  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.142328  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  35.97 
 
 		 182 aa  89  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0252  cytochrome B561  35.57 
 
 		 180 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0173258  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1611  hypothetical protein  31.76 
 
 		 191 aa  88.2  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1404  cytochrome B561  41.43 
 
 		 179 aa  88.6  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.610566  normal  0.317054 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  37.58 
 
 		 185 aa  87.8  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2358  cytochrome B561  34.23 
 
 		 178 aa  87  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2817  YceI  31.21 
 
 		 190 aa  87  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2718  signal peptide protein  29.63 
 
 		 189 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3506  YceI family protein  33.56 
 
 		 192 aa  86.3  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790188 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0583  cytochrome B561  40.82 
 
 		 191 aa  85.1  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  37.67 
 
 		 183 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  37.67 
 
 		 183 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  37.67 
 
 		 183 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  34.36 
 
 		 191 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2307  YceI family protein  36.07 
 
 		 204 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000152609  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0832  YceI family protein  30.06 
 
 		 182 aa  84.7  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.261869  hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1616  hypothetical protein  30.36 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  34.72 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  37.93 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0458  YceI family protein  29.87 
 
 		 190 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01687  YceI like family  36.36 
 
 		 189 aa  82.4  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.740504  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  33.33 
 
 		 190 aa  82.4  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  34.19 
 
 		 187 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1027  YceI family protein  32.21 
 
 		 193 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0469  cytochrome B561  39.24 
 
 		 175 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0014  cytochrome B561  36.11 
 
 		 176 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0006  cytochrome B561  36.11 
 
 		 176 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000161036  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2532  cytochrome B561  37.16 
 
 		 206 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0259  cytochrome B561  36.3 
 
 		 178 aa  81.3  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0073  cytochrome b561, putative  35.42 
 
 		 175 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.475436  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  36.55 
 
 		 183 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7129  putative cytochrome b561  39.31 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.815078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2036  cytochrome B561  38.36 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.625854 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  36.24 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  33.76 
 
 		 173 aa  79.3  0.0000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  37.06 
 
 		 183 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3195  cytochrome B561  35.42 
 
 		 176 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000038673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3579  YceI family protein  29.8 
 
 		 196 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.948947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  38.46 
 
 		 183 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  37.06 
 
 		 183 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  37.06 
 
 		 183 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1860  YceI family protein  32 
 
 		 186 aa  78.2  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0705  YceI family protein  25.6 
 
 		 187 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.587119  normal  0.613914 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0086  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  34.03 
 
 		 175 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.083674  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0296  cytochrome B561  34.03 
 
 		 174 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000303628  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0686  cytochrome b561  37.42 
 
 		 188 aa  79  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0086  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  34.03 
 
 		 175 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3996  hypothetical protein  26.19 
 
 		 187 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.350257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>