More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0394 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0394  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 185 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0417194  normal  0.0540308 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3181  sigma-70, region 4 type 2  43.89 
 
 		 198 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.718731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2898  LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0897  DNA-binding response regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1238  LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 167 aa  57  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233099  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3606  two component LuxR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2486  LuxR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 191 aa  52.4  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.502377 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 226 aa  52.4  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2604  transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 74 aa  52.4  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3254  two component LuxR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 201 aa  52  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1908  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 		 201 aa  52  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.264232 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 230 aa  51.6  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0051  LuxR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 247 aa  50.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0498037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 235 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03368  predicted DNA-binding response regulator in two-component regulatory system  44.26 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000358261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0193  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000210245  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0197  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000437068  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 206 aa  50.1  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 239 aa  50.1  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0846  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 74 aa  50.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 774 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3723  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03321  hypothetical protein  44.26 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00023179  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4883  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.36 
 
 		 213 aa  50.1  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3925  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.237516  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3824  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201276 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4008  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3878  putative transcriptional regulator  44.83 
 
 		 200 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3921  putative transcriptional regulator  44.83 
 
 		 200 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3800  putative transcriptional regulator  44.83 
 
 		 200 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3813  putative transcriptional regulator  44.83 
 
 		 200 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3205  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 74 aa  49.7  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.826126  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3981  putative transcriptional regulator  44.83 
 
 		 200 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.347336 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4385  germination protein GerE  45.45 
 
 		 74 aa  48.9  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4226  germination protein  45.45 
 
 		 74 aa  48.9  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4238  germination protein  45.45 
 
 		 74 aa  48.9  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0626  germination protein GerE  45.45 
 
 		 74 aa  48.9  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4724  germination protein GerE  45.45 
 
 		 74 aa  48.9  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.105908  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7211  response regulator receiver protein  35.94 
 
 		 215 aa  48.9  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0769384 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4629  germination protein GerE  45.45 
 
 		 74 aa  48.9  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4329  LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 74 aa  48.9  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1264  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 200 aa  48.9  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.86401 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 219 aa  48.9  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4609  germination protein GerE  45.45 
 
 		 74 aa  48.9  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 219 aa  48.5  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1452  two component LuxR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 210 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890026 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1953  two component LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 208 aa  48.5  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.160868  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 215 aa  48.5  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 222 aa  48.5  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 321 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1587  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.91 
 
 		 292 aa  48.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.522901  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2791  LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 180 aa  48.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 506 aa  47.8  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  40.62 
 
 		 234 aa  47.8  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2343  two component LuxR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 211 aa  47.4  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.999882  normal  0.0841394 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.14 
 
 		 913 aa  47.4  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5384  two component response regulator  42.62 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1588  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.43 
 
 		 201 aa  47.4  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.117504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1869  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 231 aa  47.4  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0508  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0947  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 799 aa  47  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1390  two component LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 225 aa  47.4  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  42.86 
 
 		 204 aa  47  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0649288  normal  0.281143 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4040  two component LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0145  LuxR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 454 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1634  two component LuxR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0598487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 496 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3397  two component LuxR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 328 aa  46.6  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 		 225 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4062  two component LuxR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 216 aa  46.6  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0448793  normal  0.300284 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5633  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.14 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.603295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1299  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 273 aa  46.6  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0170327 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6933  two component LuxR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 244 aa  46.6  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.322421 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 239 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 514 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 217 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 514 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 213 aa  46.6  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 232 aa  47  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.173401  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 510 aa  46.2  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 514 aa  45.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 238 aa  45.8  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  43.64 
 
 		 247 aa  46.2  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.47 
 
 		 231 aa  45.8  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3950  LuxR family DNA-binding response regulator  43.75 
 
 		 210 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331441  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 250 aa  45.8  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 208 aa  46.2  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 216 aa  45.8  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 221 aa  45.8  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6044  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 226 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4339  response regulator receiver protein  49.06 
 
 		 233 aa  45.8  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  40.74 
 
 		 213 aa  45.8  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0258  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 200 aa  45.8  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 242 aa  45.8  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33010  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  42.65 
 
 		 223 aa  45.8  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1272  transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 967 aa  45.8  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.47802  normal  0.275164 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>