23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3181 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3181  sigma-70, region 4 type 2  100 
 
 		 198 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.718731 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0394  regulatory protein, LuxR  43.89 
 
 		 185 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0417194  normal  0.0540308 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2898  LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 166 aa  77.4  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1238  LuxR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 167 aa  64.3  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233099  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2486  LuxR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 191 aa  53.9  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.502377 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1908  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.78 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.264232 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 210 aa  45.8  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2275  LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 333 aa  43.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.074961  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1264  two component LuxR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.86401 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0145  LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 454 aa  43.5  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0474  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 471 aa  43.1  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.40168  normal  0.0487434 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6042  transcriptional regulator, LuxR family  33.75 
 
 		 333 aa  42.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.184263 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  41.67 
 
 		 919 aa  42.7  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2791  LuxR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 180 aa  42  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2373  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 192 aa  42  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 230 aa  41.6  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02260  Response regulator, LuxR family (CheY, HTH domains)  45.45 
 
 		 222 aa  41.6  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  36.11 
 
 		 884 aa  41.6  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 227 aa  41.2  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 227 aa  41.6  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1094  DNA-binding response regulator  34.52 
 
 		 279 aa  41.2  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000582737  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0357  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  42.11 
 
 		 202 aa  41.2  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0265  transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 946 aa  41.2  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693441  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>