More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_38610 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_38610  transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  533  1e-150  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0663  transcriptional regulator, IclR family  44.17 
 
 		 279 aa  171  7.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5944  transcriptional regulator, IclR family  34.82 
 
 		 268 aa  132  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1955  IclR family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 268 aa  128  9.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21340  transcriptional regulator  40.79 
 
 		 247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.403378 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1748  IclR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 247 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0846  transcriptional regulator, IclR family  38.19 
 
 		 252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.731072  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4448  IclR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4050  regulatory protein, IclR  35.5 
 
 		 262 aa  116  5e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3768  regulatory proteins, IclR  40.55 
 
 		 252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000320776  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 259 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5069  transcriptional regulator, IclR family  33.05 
 
 		 251 aa  102  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.469933  normal  0.455404 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  28.51 
 
 		 261 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0223  Transcriptional regulator IclR  32.39 
 
 		 246 aa  100  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.093608  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0571  transcriptional regulator, IclR family  31.25 
 
 		 266 aa  97.4  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.138333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  26.51 
 
 		 256 aa  96.7  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 254 aa  95.5  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 268 aa  95.5  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1946  transcriptional regulator, IclR family  29.91 
 
 		 270 aa  95.1  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4860  IclR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 274 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1776  IclR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 270 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  30.08 
 
 		 259 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  36.16 
 
 		 308 aa  90.1  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4432  IclR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 267 aa  87  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4406  IclR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 259 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1723  regulatory proteins, IclR  28.04 
 
 		 259 aa  87  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  27.63 
 
 		 254 aa  86.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0572  transcriptional regulator, IclR family  32.85 
 
 		 254 aa  85.9  7e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.22024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2376  transcriptional regulator, IclR family  28.04 
 
 		 281 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.157038  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0897  regulatory proteins, IclR  32.39 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  28.19 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  28.99 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  27.83 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  27.82 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  32.49 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  27.93 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2886  IclR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187395 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  26.32 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2586  transcriptional regulator, IclR family  29.57 
 
 		 268 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119641 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  30.8 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1546  IclR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 268 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0208849  normal  0.0159222 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  29.09 
 
 		 294 aa  82  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3600  regulatory protein, IclR  30.2 
 
 		 278 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 272 aa  81.6  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0222  Transcriptional regulator IclR  30.13 
 
 		 267 aa  81.3  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.300165  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2380  IclR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 254 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102909  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1610  transcription regulator protein  29.69 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0532  transcriptional regulator, IclR family  32.08 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2347  IclR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1205  IclR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0230361  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1062  IclR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.154207  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0430  IclR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0855586  normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1929  transcriptional regulator, IclR family  30.77 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.873364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1936  transcriptional regulator, IclR family  31.8 
 
 		 265 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1608  transcriptional regulator, IclR family  31.8 
 
 		 265 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0247666  normal  0.511449 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4475  transcriptional regulator, IclR family  27.83 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0192379  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3624  regulatory proteins, IclR  27.57 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  26.22 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  26.64 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  28.91 
 
 		 271 aa  78.6  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1309  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  31.34 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  26.07 
 
 		 254 aa  78.6  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1099  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00311315  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  24.55 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1951  transcriptional regulator, IclR family  31.09 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.945238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0349  IclR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 265 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000127041  hitchhiker  0.00000770433 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4402  regulatory proteins, IclR  32.03 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3106  IclR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 270 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184655 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  29.2 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2149  IclR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5438  IclR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  27.39 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2778  IclR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0655324  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5945  IclR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  25.78 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2132  IclR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0887225  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  29.65 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4229  IclR family transcriptional regulator  29 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.423697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3980  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0269788 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1138  IclR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 269 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.211589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  25.96 
 
 		 277 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3050  regulatory proteins, IclR  27.68 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1714  IclR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.760018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1495  IclR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.684109  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3097  IclR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.070392  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2223  IclR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>