More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2886 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2886  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 
256 aa  517  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187395 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2099  IclR family transcriptional regulator  83.79 
 
 
257 aa  432  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.734801  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2376  transcriptional regulator, IclR family  80.49 
 
 
281 aa  415  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.157038  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  78.23 
 
 
259 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3106  IclR family transcriptional regulator  77.34 
 
 
270 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.184655 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1723  regulatory proteins, IclR  76.95 
 
 
259 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1946  transcriptional regulator, IclR family  77.55 
 
 
270 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1776  IclR family transcriptional regulator  77.55 
 
 
270 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3624  regulatory proteins, IclR  78.54 
 
 
286 aa  400  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2347  IclR family transcriptional regulator  73.79 
 
 
263 aa  384  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1610  transcription regulator protein  74.31 
 
 
266 aa  377  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1714  IclR family transcriptional regulator  75.2 
 
 
270 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.760018  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2739  IclR regulatory protein  75.2 
 
 
270 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  73.9 
 
 
268 aa  378  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1869  IclR family transcriptional regulator  75.2 
 
 
270 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32806  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1138  IclR family transcriptional regulator  74.8 
 
 
269 aa  378  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.211589  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1608  transcriptional regulator, IclR family  75.2 
 
 
265 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0247666  normal  0.511449 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1205  IclR family transcriptional regulator  73.91 
 
 
261 aa  377  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0230361  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2223  IclR family transcriptional regulator  75.2 
 
 
270 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3097  IclR family transcriptional regulator  75.2 
 
 
270 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.070392  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1936  transcriptional regulator, IclR family  75.2 
 
 
265 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2606  IclR family transcriptional regulator  75.2 
 
 
270 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2661  IclR family transcriptional regulator  75.2 
 
 
270 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1495  IclR family transcriptional regulator  75.2 
 
 
270 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.684109  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2149  IclR family transcriptional regulator  74.09 
 
 
269 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1309  IclR family transcriptional regulator  73.81 
 
 
262 aa  375  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5438  IclR family transcriptional regulator  74.09 
 
 
269 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442503  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5945  IclR family transcriptional regulator  74.09 
 
 
269 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2169  IclR family transcriptional regulator  74.09 
 
 
269 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2132  IclR family transcriptional regulator  74.09 
 
 
269 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0887225  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2042  IclR family transcriptional regulator  74.09 
 
 
269 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4860  IclR family transcriptional regulator  74.29 
 
 
274 aa  374  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2586  transcriptional regulator, IclR family  73.98 
 
 
268 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119641 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1546  IclR family transcriptional regulator  73.58 
 
 
268 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0208849  normal  0.0159222 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  69.8 
 
 
277 aa  359  3e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1081  transcriptional regulator, IclR family  70.28 
 
 
259 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199562  normal  0.251697 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1099  transcriptional regulator, IclR family  57.72 
 
 
266 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00311315  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  53.59 
 
 
242 aa  256  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0050  IclR family transcriptional regulator  47.13 
 
 
257 aa  211  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.676674 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4891  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 
262 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  44.67 
 
 
273 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  35.06 
 
 
256 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
272 aa  149  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  35.91 
 
 
280 aa  146  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1668  transcriptional regulator, IclR family  40.09 
 
 
259 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.145248  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  33.47 
 
 
261 aa  143  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1365  transcriptional regulator, IclR family  40.09 
 
 
259 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.490803  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  34 
 
 
252 aa  142  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3881  hth-type tranScriptional regulator yiaj  35.6 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4051  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  35.6 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.726111 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3990  hth-type tranScriptional regulator yiaj  35.6 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.776659  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  35.6 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3865  HTH-type transcriptional regulator  35.2 
 
 
266 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  36.1 
 
 
254 aa  138  8.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  33.99 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  34.8 
 
 
282 aa  135  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
270 aa  135  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
282 aa  135  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
282 aa  135  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  34.8 
 
 
282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  34.8 
 
 
282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  34.8 
 
 
270 aa  135  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  35.57 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  34.39 
 
 
252 aa  133  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
262 aa  132  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  31.58 
 
 
255 aa  132  6.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  31.5 
 
 
254 aa  131  7.999999999999999e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  28.92 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  33.06 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  33.6 
 
 
257 aa  129  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
272 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  32.67 
 
 
272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  33.73 
 
 
272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  32.11 
 
 
255 aa  126  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0516  transcriptional regulator, IclR family  33.73 
 
 
272 aa  125  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  36 
 
 
256 aa  125  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
258 aa  125  9e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  34.9 
 
 
277 aa  124  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  31.52 
 
 
265 aa  124  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0569  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 
251 aa  124  1e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3534  transcriptional regulator, IclR family  35.8 
 
 
248 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.40867  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
254 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
249 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
276 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9117  IclR family transciptional regulator  35.39 
 
 
252 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  31.35 
 
 
259 aa  122  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  30.49 
 
 
258 aa  122  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  31.89 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3121  transcriptional regulator, IclR family  31.3 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000351533  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3122  IclR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.255406  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  32.68 
 
 
263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  37.67 
 
 
247 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
262 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
273 aa  118  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2811  IclR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
250 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.667309  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  31.89 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>