More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2347 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2347  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 
263 aa  537  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2376  transcriptional regulator, IclR family  80.93 
 
 
281 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.157038  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  78.38 
 
 
259 aa  433  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1723  regulatory proteins, IclR  78.91 
 
 
259 aa  426  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3106  IclR family transcriptional regulator  78.12 
 
 
270 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.184655 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3624  regulatory proteins, IclR  74.81 
 
 
286 aa  417  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1946  transcriptional regulator, IclR family  77.34 
 
 
270 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1776  IclR family transcriptional regulator  77.34 
 
 
270 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4860  IclR family transcriptional regulator  74.22 
 
 
274 aa  399  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2099  IclR family transcriptional regulator  72.94 
 
 
257 aa  392  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.734801  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2886  IclR family transcriptional regulator  73.79 
 
 
256 aa  384  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187395 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  71.08 
 
 
268 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1714  IclR family transcriptional regulator  70.4 
 
 
270 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.760018  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2739  IclR regulatory protein  70.4 
 
 
270 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5438  IclR family transcriptional regulator  70.28 
 
 
269 aa  367  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442503  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1869  IclR family transcriptional regulator  70.4 
 
 
270 aa  369  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32806  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5945  IclR family transcriptional regulator  70.28 
 
 
269 aa  367  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2149  IclR family transcriptional regulator  70.28 
 
 
269 aa  367  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2132  IclR family transcriptional regulator  70.28 
 
 
269 aa  367  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0887225  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1138  IclR family transcriptional regulator  70.4 
 
 
269 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.211589  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2223  IclR family transcriptional regulator  70.4 
 
 
270 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3097  IclR family transcriptional regulator  70.4 
 
 
270 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.070392  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2606  IclR family transcriptional regulator  70.4 
 
 
270 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2661  IclR family transcriptional regulator  70.4 
 
 
270 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1495  IclR family transcriptional regulator  70.4 
 
 
270 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.684109  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1610  transcription regulator protein  70.2 
 
 
266 aa  365  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1309  IclR family transcriptional regulator  70.08 
 
 
262 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1205  IclR family transcriptional regulator  70.12 
 
 
261 aa  366  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0230361  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2169  IclR family transcriptional regulator  70.28 
 
 
269 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2042  IclR family transcriptional regulator  70.28 
 
 
269 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2586  transcriptional regulator, IclR family  69.72 
 
 
268 aa  362  3e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119641 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1936  transcriptional regulator, IclR family  69.02 
 
 
265 aa  361  5.0000000000000005e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1608  transcriptional regulator, IclR family  69.02 
 
 
265 aa  361  5.0000000000000005e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0247666  normal  0.511449 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1546  IclR family transcriptional regulator  69.72 
 
 
268 aa  361  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0208849  normal  0.0159222 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  65.85 
 
 
277 aa  346  3e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1081  transcriptional regulator, IclR family  67.92 
 
 
259 aa  301  8.000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199562  normal  0.251697 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  52.32 
 
 
242 aa  261  6e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1099  transcriptional regulator, IclR family  50.81 
 
 
266 aa  258  8e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00311315  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0050  IclR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
257 aa  202  6e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.676674 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
273 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4891  IclR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
262 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
272 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1668  transcriptional regulator, IclR family  40.82 
 
 
259 aa  156  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.145248  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1365  transcriptional regulator, IclR family  40.82 
 
 
259 aa  156  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.490803  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  38.58 
 
 
277 aa  153  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 
252 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  35.46 
 
 
265 aa  142  7e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 
256 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  32.67 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  35.22 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0516  transcriptional regulator, IclR family  34.52 
 
 
272 aa  132  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  30.56 
 
 
261 aa  131  9e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  29.03 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  31.33 
 
 
257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  36 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.27 
 
 
271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  34.27 
 
 
271 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  34.27 
 
 
271 aa  126  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.27 
 
 
271 aa  126  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  34.27 
 
 
271 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  30.12 
 
 
254 aa  125  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.27 
 
 
256 aa  125  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.27 
 
 
256 aa  125  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.27 
 
 
271 aa  126  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.27 
 
 
271 aa  126  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  33.86 
 
 
272 aa  125  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  33.46 
 
 
272 aa  125  7e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
272 aa  125  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
262 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
262 aa  124  1e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  32.52 
 
 
290 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  31.56 
 
 
246 aa  123  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
246 aa  123  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  29.81 
 
 
255 aa  122  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  34.22 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
273 aa  121  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  32.8 
 
 
282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  32.8 
 
 
282 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  30.4 
 
 
252 aa  120  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
259 aa  119  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  32.8 
 
 
282 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
258 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  32.8 
 
 
270 aa  120  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0198  Transcriptional regulator IclR  35.59 
 
 
265 aa  120  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101079  normal  0.134776 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  29.32 
 
 
263 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  30.04 
 
 
262 aa  119  7e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.94 
 
 
272 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.94 
 
 
272 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.94 
 
 
272 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  33.04 
 
 
248 aa  119  7e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.94 
 
 
272 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
283 aa  118  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  29.6 
 
 
252 aa  118  9e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>