More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3050 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3050  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 251 aa  515  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0571  transcriptional regulator, IclR family  48.54 
 
 		 266 aa  217  1e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.138333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0572  transcriptional regulator, IclR family  47.5 
 
 		 254 aa  210  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.22024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1951  transcriptional regulator, IclR family  49.14 
 
 		 261 aa  198  6e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.945238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0578  IclR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5069  transcriptional regulator, IclR family  39.92 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.469933  normal  0.455404 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1929  transcriptional regulator, IclR family  37.5 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.873364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 272 aa  108  9.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  28.11 
 
 		 254 aa  102  8e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  29.71 
 
 		 260 aa  101  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  28.12 
 
 		 255 aa  101  9e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  30.91 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 264 aa  99  7e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  27.54 
 
 		 256 aa  98.6  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1748  IclR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  32.47 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  29.82 
 
 		 294 aa  96.7  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  28.8 
 
 		 260 aa  95.9  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 275 aa  94.4  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  31.22 
 
 		 280 aa  94.7  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  29.13 
 
 		 261 aa  93.6  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3407  transcriptional regulator, IclR family  28.75 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.351965  normal  0.802524 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 261 aa  92.8  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  29.46 
 
 		 278 aa  93.2  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1205  IclR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 261 aa  92  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0230361  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  28.46 
 
 		 260 aa  91.7  9e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 260 aa  92  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  30.7 
 
 		 255 aa  91.7  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  28.64 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  30.8 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  29.69 
 
 		 277 aa  90.1  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  27.27 
 
 		 265 aa  90.1  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0663  transcriptional regulator, IclR family  29.13 
 
 		 279 aa  89.4  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 260 aa  89.4  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 280 aa  89.4  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 260 aa  89  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 256 aa  89.4  6e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  28.06 
 
 		 260 aa  89  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1309  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 262 aa  88.6  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0223  Transcriptional regulator IclR  32.39 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.093608  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2739  IclR regulatory protein  29.82 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 274 aa  88.2  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1869  IclR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 270 aa  88.6  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32806  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2661  IclR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2606  IclR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339666  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0222  Transcriptional regulator IclR  27.36 
 
 		 267 aa  87.8  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.300165  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2042  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 269 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 250 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  26.25 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2169  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 269 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1138  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 269 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.211589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5438  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 269 aa  86.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 250 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2149  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 276 aa  87  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5945  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2132  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0887225  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4201  transcriptional regulator, IclR family  28.45 
 
 		 254 aa  86.3  4e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21340  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 247 aa  86.3  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.403378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  29.18 
 
 		 279 aa  85.9  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  29.27 
 
 		 276 aa  85.5  7e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 268 aa  85.1  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  29.05 
 
 		 265 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  29.09 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1714  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.760018  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3903  putative transcriptional regulator  30.73 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.575083  normal  0.758857 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2809  transcriptional regulator, IclR family  27.23 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3842  putative transcriptional regulator  30.73 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.312233  normal  0.510339 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1495  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.684109  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3800  putative transcriptional regulator  30.73 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  27.16 
 
 		 259 aa  84.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2778  IclR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0655324  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  30.36 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  30.36 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  30.36 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3734  putative transcriptional regulator  30.73 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2223  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3097  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.070392  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2586  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119641 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  28.7 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2939  transcriptional regulator, IclR family  28.38 
 
 		 269 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.544428  normal  0.350775 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1546  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0208849  normal  0.0159222 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2032  transcriptional regulator, IclR family  30.14 
 
 		 268 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  24.03 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3881  transcriptional regulator, IclR family  29.41 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0445714  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  28.64 
 
 		 267 aa  83.6  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0905  IclR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 252 aa  83.2  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.818194  normal  0.447729 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  26.05 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2326  IclR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 257 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00931512  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4784  transcriptional regulator, IclR family  29.55 
 
 		 257 aa  82.8  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.820047  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  27.98 
 
 		 267 aa  82.8  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  29.82 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>