More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_21340 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_21340  transcriptional regulator  100 
 
 
247 aa  489  1e-137  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.403378 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1748  IclR family transcriptional regulator  70.67 
 
 
247 aa  326  2.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0846  transcriptional regulator, IclR family  52.03 
 
 
252 aa  223  3e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.731072  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3768  regulatory proteins, IclR  57.71 
 
 
252 aa  214  9.999999999999999e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000320776  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38610  transcriptional regulator  40.4 
 
 
268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0897  regulatory proteins, IclR  37.75 
 
 
259 aa  126  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0663  transcriptional regulator, IclR family  36.18 
 
 
279 aa  106  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5069  transcriptional regulator, IclR family  35.96 
 
 
251 aa  102  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.469933  normal  0.455404 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5944  transcriptional regulator, IclR family  34.69 
 
 
268 aa  101  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1955  IclR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
268 aa  98.2  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4448  IclR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
260 aa  93.2  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  32.52 
 
 
257 aa  90.1  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  35.59 
 
 
264 aa  89  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0571  transcriptional regulator, IclR family  31.14 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.138333  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
256 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  31.56 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2854  transcriptional regulator, IclR family  35.12 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4050  regulatory protein, IclR  34.42 
 
 
262 aa  82.8  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  31.3 
 
 
275 aa  82.4  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
260 aa  82  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  31.49 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  31.49 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  34.55 
 
 
257 aa  81.3  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  31.49 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
272 aa  80.9  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0532  transcriptional regulator, IclR family  33.74 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  29.63 
 
 
254 aa  80.5  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  30.86 
 
 
259 aa  80.5  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  28.69 
 
 
256 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3050  regulatory proteins, IclR  29.79 
 
 
251 aa  79.7  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09640  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 
257 aa  79.3  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.936146  normal  0.241147 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
550 aa  79  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  29.91 
 
 
260 aa  79  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
259 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
260 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  30.36 
 
 
260 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  28.21 
 
 
276 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 
261 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
254 aa  76.3  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  33.92 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  33.92 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  29.02 
 
 
260 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  28.21 
 
 
277 aa  75.9  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  26.7 
 
 
257 aa  75.5  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  30.87 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
275 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  28.69 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2718  transcriptional regulator, IclR family  28.02 
 
 
265 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 
290 aa  73.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  29.96 
 
 
276 aa  73.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0572  transcriptional regulator, IclR family  31.65 
 
 
254 aa  73.2  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.22024  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2407  IclR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
251 aa  73.2  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
269 aa  72.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
268 aa  72.4  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  32.1 
 
 
269 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7060  IclR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
280 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.579294  normal  0.280018 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  29.22 
 
 
278 aa  71.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0340  IclR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
260 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
249 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
276 aa  70.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  27.27 
 
 
255 aa  70.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4784  transcriptional regulator, IclR family  30.04 
 
 
257 aa  70.5  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.820047  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2873  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 
257 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0130818 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4797  transcriptional regulator, IclR family  33.18 
 
 
258 aa  70.5  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
251 aa  70.5  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4374  transcriptional regulator, IclR family  28.1 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0433228  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  27.71 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  32.64 
 
 
265 aa  69.7  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  28.19 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  32.88 
 
 
276 aa  69.3  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0896  transcriptional regulator  57.81 
 
 
91 aa  68.6  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  27.83 
 
 
277 aa  68.6  0.00000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  29.26 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  29.26 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  29.26 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  29.26 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  29.26 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  29.26 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  29.26 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  29.26 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
257 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  31.05 
 
 
251 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
261 aa  67.8  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
274 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
260 aa  67.8  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1951  transcriptional regulator, IclR family  33.04 
 
 
261 aa  66.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.945238  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1407  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 
257 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  29.28 
 
 
269 aa  66.6  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  28.29 
 
 
265 aa  66.2  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  29.2 
 
 
265 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  26.1 
 
 
273 aa  66.2  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  27.43 
 
 
277 aa  65.9  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  31.34 
 
 
246 aa  66.2  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  29.26 
 
 
274 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  25.97 
 
 
258 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  29.26 
 
 
274 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
273 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.143169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>