More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3826 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 278 aa  560  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  81.88 
 
 		 294 aa  461  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  71.79 
 
 		 275 aa  351  8.999999999999999e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  65.86 
 
 		 275 aa  337  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  50.98 
 
 		 258 aa  230  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 252 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 250 aa  198  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  44.9 
 
 		 250 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  45.45 
 
 		 254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 254 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  40 
 
 		 254 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  39.67 
 
 		 254 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  43.18 
 
 		 271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  42.97 
 
 		 260 aa  171  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  36.76 
 
 		 254 aa  169  7e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 273 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  38.49 
 
 		 278 aa  158  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0417  IclR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0284942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 266 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 274 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  40 
 
 		 260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  35.16 
 
 		 267 aa  152  5.9999999999999996e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  34.69 
 
 		 260 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  32.38 
 
 		 265 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0296  transcriptional regulator IclR-like protein  31.97 
 
 		 252 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 272 aa  137  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  33.47 
 
 		 248 aa  137  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1433  IclR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0905  IclR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.818194  normal  0.447729 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1785  IclR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 272 aa  135  8e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108149 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 		 257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1512  IclR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.388908  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  31.85 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  31.85 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  31.85 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  31.85 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  31.85 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  31.85 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  31.85 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  31.85 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  35.8 
 
 		 256 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  32.73 
 
 		 276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  31.38 
 
 		 277 aa  126  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  33.61 
 
 		 265 aa  125  8.000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  32.4 
 
 		 251 aa  124  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6149  IclR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 261 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.508102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 276 aa  123  4e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  35.34 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 269 aa  122  5e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  28.73 
 
 		 274 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  28.73 
 
 		 274 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  28.73 
 
 		 274 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  28.73 
 
 		 274 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  28.73 
 
 		 274 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  33.33 
 
 		 255 aa  122  9e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  30.96 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1070  regulatory proteins, IclR  33 
 
 		 205 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  31.82 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  31.54 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  32.59 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  28.68 
 
 		 280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  33.89 
 
 		 276 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  28.68 
 
 		 280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  28.68 
 
 		 280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  34.86 
 
 		 249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 262 aa  117  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  31.78 
 
 		 258 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2170  IclR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  32.77 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  30.83 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  29.6 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  30.54 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  29.6 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  31.22 
 
 		 264 aa  117  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 		 277 aa  115  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  32.3 
 
 		 257 aa  115  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 280 aa  115  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 273 aa  115  6.9999999999999995e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 260 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  33.04 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  32.22 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4797  transcriptional regulator, IclR family  34.4 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 550 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 267 aa  112  5e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 263 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  31.93 
 
 		 257 aa  112  7.000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  29.22 
 
 		 263 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 267 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>