More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1903 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2093  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  55.19 
 
 
801 aa  877    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2094  hydrogenase maturation protein HypF  54.35 
 
 
808 aa  862    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2409  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  55.16 
 
 
840 aa  853    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0878931  hitchhiker  0.000263976 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1917  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  56.55 
 
 
840 aa  868    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.998639  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1910  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  55.92 
 
 
838 aa  862    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.402426  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2028  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  53.4 
 
 
800 aa  872    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1903  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  100 
 
 
783 aa  1625    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1817  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  54.71 
 
 
836 aa  878    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2160  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  54.07 
 
 
840 aa  872    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.66513 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2108  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  53.37 
 
 
803 aa  822    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1760  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  57.64 
 
 
781 aa  917    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1884  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  56.17 
 
 
837 aa  872    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  54.98 
 
 
835 aa  890    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386195  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1674  hydrogenase maturation protein HypF  52.11 
 
 
771 aa  784    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1101  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.18 
 
 
744 aa  628  1e-178  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1431  hydrogenase maturation protein HypF  42.48 
 
 
742 aa  603  1.0000000000000001e-171  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3588  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.28 
 
 
776 aa  598  1e-169  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2526  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.26 
 
 
780 aa  590  1e-167  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.908669  normal  0.241645 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3682  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.02 
 
 
780 aa  580  1e-164  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2035  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.05 
 
 
775 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2593  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.64 
 
 
773 aa  570  1e-161  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3070  hydrogenase maturation protein HypF  40.28 
 
 
776 aa  550  1e-155  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3313  hydrogenase maturation protein HypF  40.28 
 
 
776 aa  550  1e-155  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3291  hydrogenase maturation protein HypF  40.16 
 
 
776 aa  550  1e-155  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0792  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.71 
 
 
785 aa  551  1e-155  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0533  hydrogenase maturation protein HypF  40.05 
 
 
749 aa  546  1e-154  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.515959  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03890  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.62 
 
 
751 aa  542  1e-153  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0356  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  39.35 
 
 
741 aa  540  9.999999999999999e-153  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0522956  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0080  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.11 
 
 
741 aa  540  9.999999999999999e-153  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.442925  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0935  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  39.82 
 
 
741 aa  537  1e-151  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.993147  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2551  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.01 
 
 
770 aa  523  1e-147  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.102731  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1950  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.84 
 
 
756 aa  524  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1898  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  39.03 
 
 
739 aa  521  1e-146  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0466  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.18 
 
 
778 aa  520  1e-146  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.252806  normal  0.0404368 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.85 
 
 
777 aa  520  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1303  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.01 
 
 
781 aa  519  1e-146  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.083014  normal  0.0845078 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0046  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.92 
 
 
736 aa  520  1e-146  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.890039  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0722  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.72 
 
 
773 aa  521  1e-146  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.180457  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1785  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.25 
 
 
764 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00144703  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1787  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.87 
 
 
766 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0310  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.62 
 
 
792 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0119  hydrogenase maturation protein HypF  39.14 
 
 
760 aa  514  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0111799  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1240  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.77 
 
 
763 aa  512  1e-144  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2051  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.73 
 
 
849 aa  515  1e-144  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7272  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.81 
 
 
791 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640566  normal  0.270214 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2017  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.67 
 
 
773 aa  509  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1218  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.52 
 
 
762 aa  511  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0610478 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4602  hydrogenase maturation protein HypF  40.03 
 
 
786 aa  507  9.999999999999999e-143  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.879827  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2179  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.12 
 
 
767 aa  508  9.999999999999999e-143  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.474067 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4013  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.04 
 
 
770 aa  506  9.999999999999999e-143  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3636  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.17 
 
 
758 aa  509  9.999999999999999e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1643  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.18 
 
 
778 aa  504  1e-141  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3809  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.81 
 
 
775 aa  503  1e-141  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0483302  normal  0.0563214 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0172  carbamoyltransferase hypF  37.99 
 
 
755 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0306  hydrogenase maturation protein HypF  37.92 
 
 
763 aa  501  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1668  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.5 
 
 
770 aa  502  1e-140  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3446  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.02 
 
 
764 aa  500  1e-140  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.629954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1167  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.22 
 
 
757 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1837  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.89 
 
 
758 aa  501  1e-140  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.131227  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07990  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.19 
 
 
762 aa  500  1e-140  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.442936  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.87 
 
 
781 aa  498  1e-139  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2342  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.82 
 
 
766 aa  499  1e-139  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0476  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.42 
 
 
773 aa  496  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3065  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.55 
 
 
740 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.735347  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1432  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  37.68 
 
 
763 aa  492  9.999999999999999e-139  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1604  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  40.18 
 
 
754 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2182  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.01 
 
 
752 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.285243 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1764  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.73 
 
 
767 aa  491  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2123  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.61 
 
 
752 aa  492  1e-137  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0252603 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1645  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.27 
 
 
773 aa  491  1e-137  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2780  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.04 
 
 
780 aa  490  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1847  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.72 
 
 
779 aa  490  1e-137  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.962683  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0509  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.47 
 
 
773 aa  490  1e-137  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0792  transcriptional regulatory protein HypF  36.38 
 
 
732 aa  486  1e-136  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0531432  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0469  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.11 
 
 
818 aa  488  1e-136  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.77158  normal  0.0779955 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0462  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.32 
 
 
790 aa  486  1e-136  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.336397  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4097  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.72 
 
 
789 aa  486  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2136  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.1 
 
 
745 aa  489  1e-136  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4514  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.37 
 
 
788 aa  487  1e-136  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.47049 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0651  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  37.35 
 
 
728 aa  486  1e-136  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00540  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.09 
 
 
785 aa  486  1e-136  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.48639  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1047  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  37.57 
 
 
729 aa  484  1e-135  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0365052  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0504  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.29 
 
 
773 aa  485  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3230  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.5 
 
 
783 aa  481  1e-134  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1276  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.29 
 
 
757 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.853267  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3207  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.67 
 
 
793 aa  480  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0518  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.42 
 
 
781 aa  478  1e-133  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.843265 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2394  hydrogenase maturation protein HypF  37.77 
 
 
741 aa  478  1e-133  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1385  hydrogenase maturation protein HypF  37.73 
 
 
753 aa  476  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3132  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.92 
 
 
758 aa  478  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0915  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.68 
 
 
743 aa  478  1e-133  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.326313  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2556  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.39 
 
 
776 aa  478  1e-133  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.34978  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1214  hydrogenase maturation protein HypF  37.55 
 
 
763 aa  479  1e-133  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1130  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.74 
 
 
758 aa  475  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0926  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.79 
 
 
740 aa  473  1e-132  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154315 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01180  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.29 
 
 
848 aa  474  1e-132  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0725  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  37.17 
 
 
729 aa  471  1.0000000000000001e-131  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.618287  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6177  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.84 
 
 
784 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.869284  normal  0.0868727 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.05 
 
 
785 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0860  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.43 
 
 
803 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.729638  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>