215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1167 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1167  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  100 
 
 
757 aa  1506    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2539  hydrogenase maturation protein HypF  49.26 
 
 
741 aa  754    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2394  hydrogenase maturation protein HypF  49.8 
 
 
741 aa  761    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3977  hydrogenase maturation protein HypF  49.47 
 
 
763 aa  669    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4097  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  49.43 
 
 
789 aa  687    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1175  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  80.62 
 
 
763 aa  1168    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.311862  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1537  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  52.51 
 
 
785 aa  679    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0523392  normal  0.0813171 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2017  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  52.42 
 
 
773 aa  706    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50470  hydrogenase maturation carbamoyltransferase, HypF  52.64 
 
 
768 aa  641    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.597235  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2008  carbamoyl phosphate phosphatase, (NiFe) hydrogenase maturation protein  61.23 
 
 
752 aa  790    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.08798  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2743  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  60 
 
 
760 aa  822    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0308  hydrogenase maturation protein HypF  53.37 
 
 
768 aa  634  1e-180  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1950  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.4 
 
 
756 aa  611  1e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0306  hydrogenase maturation protein HypF  44.76 
 
 
763 aa  594  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2780  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.23 
 
 
780 aa  593  1e-168  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0119  hydrogenase maturation protein HypF  44.81 
 
 
760 aa  590  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0111799  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.09 
 
 
777 aa  588  1e-166  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0310  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.1 
 
 
792 aa  587  1e-166  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0466  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.42 
 
 
778 aa  580  1e-164  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.252806  normal  0.0404368 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4013  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.3 
 
 
770 aa  577  1.0000000000000001e-163  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3070  hydrogenase maturation protein HypF  39.48 
 
 
776 aa  574  1.0000000000000001e-162  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3313  hydrogenase maturation protein HypF  39.48 
 
 
776 aa  574  1.0000000000000001e-162  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1847  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.54 
 
 
779 aa  572  1e-161  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.962683  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07990  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.2 
 
 
762 aa  569  1e-161  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.442936  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3291  hydrogenase maturation protein HypF  39.48 
 
 
776 aa  572  1e-161  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1303  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.35 
 
 
781 aa  566  1e-160  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.083014  normal  0.0845078 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2556  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.36 
 
 
776 aa  567  1e-160  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.34978  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3132  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.65 
 
 
758 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3588  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.85 
 
 
776 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2593  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.53 
 
 
773 aa  557  1e-157  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1130  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.67 
 
 
758 aa  554  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1787  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.62 
 
 
766 aa  554  1e-156  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0792  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.05 
 
 
785 aa  548  1e-154  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2526  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.49 
 
 
780 aa  546  1e-154  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.908669  normal  0.241645 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1643  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.65 
 
 
778 aa  547  1e-154  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3065  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.66 
 
 
740 aa  543  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.735347  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3682  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.29 
 
 
780 aa  543  1e-153  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3230  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.73 
 
 
783 aa  545  1e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03890  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.36 
 
 
751 aa  544  1e-153  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4602  hydrogenase maturation protein HypF  39.48 
 
 
786 aa  540  9.999999999999999e-153  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.879827  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3377  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.13 
 
 
758 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.457459  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.14 
 
 
781 aa  540  9.999999999999999e-153  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3809  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.21 
 
 
775 aa  538  1e-151  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0483302  normal  0.0563214 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2355  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.91 
 
 
852 aa  535  1e-150  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.218654 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2179  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.18 
 
 
767 aa  533  1e-150  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.474067 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0533  hydrogenase maturation protein HypF  40.1 
 
 
749 aa  529  1e-149  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.515959  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2051  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.5 
 
 
849 aa  531  1e-149  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4584  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.84 
 
 
774 aa  532  1e-149  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1764  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.36 
 
 
767 aa  527  1e-148  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1645  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.69 
 
 
773 aa  523  1e-147  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0080  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.67 
 
 
741 aa  521  1e-146  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.442925  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1785  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.09 
 
 
764 aa  520  1e-146  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00144703  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2550  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.65 
 
 
818 aa  516  1.0000000000000001e-145  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.51841  normal  0.259672 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1674  hydrogenase maturation protein HypF  40.79 
 
 
771 aa  514  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2123  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.32 
 
 
752 aa  513  1e-144  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0252603 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0926  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.16 
 
 
740 aa  510  1e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154315 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0722  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.83 
 
 
773 aa  510  1e-143  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.180457  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2182  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.93 
 
 
752 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.285243 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2028  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.93 
 
 
800 aa  512  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1903  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.22 
 
 
783 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0462  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.16 
 
 
790 aa  507  9.999999999999999e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.336397  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0469  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.56 
 
 
818 aa  507  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.77158  normal  0.0779955 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1240  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39 
 
 
763 aa  508  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0476  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.7 
 
 
773 aa  505  1e-141  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1945  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.03 
 
 
816 aa  505  1e-141  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368168  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2136  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.8 
 
 
745 aa  504  1e-141  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0494  hydrogenase maturation factor F  44.02 
 
 
758 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0518  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.8 
 
 
781 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.843265 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2359  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.91 
 
 
777 aa  500  1e-140  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.658058  normal  0.0687846 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1760  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.62 
 
 
781 aa  501  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2093  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.22 
 
 
801 aa  502  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0681  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.08 
 
 
766 aa  500  1e-140  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1432  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  38.06 
 
 
763 aa  496  1e-139  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1214  hydrogenase maturation protein HypF  38.25 
 
 
763 aa  498  1e-139  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2009  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.11 
 
 
773 aa  498  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1422  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.73 
 
 
766 aa  498  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7272  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.76 
 
 
791 aa  497  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640566  normal  0.270214 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2145  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.96 
 
 
758 aa  498  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.252172  normal  0.367666 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0504  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.37 
 
 
773 aa  496  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0382  hydrogenase maturation protein  38.18 
 
 
767 aa  493  9.999999999999999e-139  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00540  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.8 
 
 
785 aa  494  9.999999999999999e-139  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.48639  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1817  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.27 
 
 
836 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1884  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.75 
 
 
837 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4514  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.21 
 
 
788 aa  494  9.999999999999999e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.47049 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6177  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.24 
 
 
784 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.869284  normal  0.0868727 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2551  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.39 
 
 
770 aa  491  1e-137  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.102731  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.9 
 
 
785 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0535  hydrogenase maturation protein HypF  40 
 
 
812 aa  491  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1910  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.51 
 
 
838 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.402426  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.22 
 
 
835 aa  490  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386195  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3096  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.41 
 
 
749 aa  491  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0509  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.5 
 
 
773 aa  489  1e-137  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1917  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.53 
 
 
840 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.998639  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2342  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.26 
 
 
766 aa  486  1e-136  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2094  hydrogenase maturation protein HypF  37.67 
 
 
808 aa  486  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0046  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.78 
 
 
736 aa  486  1e-136  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.890039  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3207  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.21 
 
 
793 aa  487  1e-136  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3636  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.73 
 
 
758 aa  487  1e-136  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1148  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43 
 
 
779 aa  486  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2409  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.29 
 
 
840 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0878931  hitchhiker  0.000263976 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>