216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2008 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006368  lpp2539  hydrogenase maturation protein HypF  49.53 
 
 
741 aa  758    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2394  hydrogenase maturation protein HypF  49.73 
 
 
741 aa  757    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2743  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  57.47 
 
 
760 aa  744    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4097  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  49.29 
 
 
789 aa  666    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1175  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  60.03 
 
 
763 aa  848    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.311862  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2017  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  49.48 
 
 
773 aa  661    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1167  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  61.23 
 
 
757 aa  850    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2008  carbamoyl phosphate phosphatase, (NiFe) hydrogenase maturation protein  100 
 
 
752 aa  1491    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.08798  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3977  hydrogenase maturation protein HypF  48.81 
 
 
763 aa  633  1e-180  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1537  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  49.4 
 
 
785 aa  621  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0523392  normal  0.0813171 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0466  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  46.77 
 
 
778 aa  598  1e-170  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.252806  normal  0.0404368 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1950  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.45 
 
 
756 aa  588  1e-167  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0306  hydrogenase maturation protein HypF  45.47 
 
 
763 aa  587  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0119  hydrogenase maturation protein HypF  45.5 
 
 
760 aa  581  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0111799  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0308  hydrogenase maturation protein HypF  51.54 
 
 
768 aa  581  1e-164  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4013  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.78 
 
 
770 aa  582  1e-164  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2556  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.57 
 
 
776 aa  572  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.34978  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2780  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.37 
 
 
780 aa  571  1e-161  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.48 
 
 
777 aa  568  1e-160  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0310  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.17 
 
 
792 aa  568  1e-160  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1847  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.93 
 
 
779 aa  567  1e-160  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.962683  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3070  hydrogenase maturation protein HypF  38.2 
 
 
776 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3313  hydrogenase maturation protein HypF  38.2 
 
 
776 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3291  hydrogenase maturation protein HypF  38.33 
 
 
776 aa  564  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1303  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.19 
 
 
781 aa  564  1.0000000000000001e-159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.083014  normal  0.0845078 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07990  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.51 
 
 
762 aa  559  1e-158  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.442936  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3588  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.54 
 
 
776 aa  558  1e-157  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3682  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.16 
 
 
780 aa  549  1e-155  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2593  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.65 
 
 
773 aa  546  1e-154  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50470  hydrogenase maturation carbamoyltransferase, HypF  46.58 
 
 
768 aa  546  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.597235  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1787  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.39 
 
 
766 aa  548  1e-154  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3132  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.18 
 
 
758 aa  545  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0533  hydrogenase maturation protein HypF  40.4 
 
 
749 aa  539  9.999999999999999e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.515959  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2526  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.21 
 
 
780 aa  540  9.999999999999999e-153  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.908669  normal  0.241645 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03890  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.91 
 
 
751 aa  538  1e-151  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1643  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.78 
 
 
778 aa  537  1e-151  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3809  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.39 
 
 
775 aa  532  1e-150  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0483302  normal  0.0563214 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1130  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.44 
 
 
758 aa  533  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3230  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.11 
 
 
783 aa  531  1e-149  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0792  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.98 
 
 
785 aa  527  1e-148  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0462  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.64 
 
 
790 aa  526  1e-148  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.336397  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0080  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.2 
 
 
741 aa  525  1e-147  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.442925  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3065  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.21 
 
 
740 aa  523  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.735347  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0722  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.59 
 
 
773 aa  520  1e-146  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.180457  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3377  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.85 
 
 
758 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.457459  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4584  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.47 
 
 
774 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0469  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.44 
 
 
818 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.77158  normal  0.0779955 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2550  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.37 
 
 
818 aa  514  1e-144  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.51841  normal  0.259672 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1785  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.6 
 
 
764 aa  513  1e-144  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00144703  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4602  hydrogenase maturation protein HypF  38.58 
 
 
786 aa  509  1e-143  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.879827  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0518  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.69 
 
 
781 aa  509  1e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.843265 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3096  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45 
 
 
749 aa  512  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.79 
 
 
781 aa  511  1e-143  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2523  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.83 
 
 
769 aa  506  9.999999999999999e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0264789  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6177  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.48 
 
 
784 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.869284  normal  0.0868727 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1240  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.72 
 
 
763 aa  506  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0926  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.61 
 
 
740 aa  503  1e-141  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154315 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1764  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.76 
 
 
767 aa  504  1e-141  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1432  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  38.74 
 
 
763 aa  500  1e-140  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1214  hydrogenase maturation protein HypF  38.85 
 
 
763 aa  499  1e-140  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2179  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.43 
 
 
767 aa  498  1e-139  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.474067 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1101  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.74 
 
 
744 aa  498  1e-139  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2051  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.12 
 
 
849 aa  498  1e-139  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2145  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.06 
 
 
758 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.252172  normal  0.367666 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1422  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.06 
 
 
766 aa  495  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0476  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.41 
 
 
773 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1218  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.81 
 
 
762 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0610478 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0504  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.61 
 
 
773 aa  491  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2009  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.07 
 
 
773 aa  491  1e-137  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1645  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.89 
 
 
773 aa  491  1e-137  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1148  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.89 
 
 
779 aa  489  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2355  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.57 
 
 
852 aa  491  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.218654 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7272  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.59 
 
 
791 aa  486  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640566  normal  0.270214 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0494  hydrogenase maturation factor F  44.53 
 
 
758 aa  489  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2359  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.91 
 
 
777 aa  489  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.658058  normal  0.0687846 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3636  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.76 
 
 
758 aa  488  1e-136  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3185  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.08 
 
 
751 aa  486  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2342  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.09 
 
 
766 aa  489  1e-136  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0382  hydrogenase maturation protein  37.73 
 
 
767 aa  483  1e-135  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1898  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  36.2 
 
 
739 aa  484  1e-135  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2423  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.95 
 
 
765 aa  484  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.344696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3446  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.44 
 
 
764 aa  484  1e-135  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.629954 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0509  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.71 
 
 
773 aa  482  1e-135  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00540  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.55 
 
 
785 aa  480  1e-134  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.48639  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0046  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.13 
 
 
736 aa  481  1e-134  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.890039  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.3 
 
 
785 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0535  hydrogenase maturation protein HypF  40.36 
 
 
812 aa  480  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2182  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.04 
 
 
752 aa  480  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.285243 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1903  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.69 
 
 
783 aa  478  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2123  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.61 
 
 
752 aa  479  1e-133  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0252603 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1399  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.81 
 
 
775 aa  473  1e-132  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.159442  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1276  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.73 
 
 
757 aa  475  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.853267  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1604  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  41.15 
 
 
754 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3753  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.41 
 
 
809 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3207  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.81 
 
 
793 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2136  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.82 
 
 
745 aa  471  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3151  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  41.68 
 
 
746 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.114477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3044  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  41.42 
 
 
746 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0442522 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3028  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  41.55 
 
 
746 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000447787 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2993  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  41.83 
 
 
746 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.017038 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>