201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0308 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006368  lpp2539  hydrogenase maturation protein HypF  46.35 
 
 
741 aa  687    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2394  hydrogenase maturation protein HypF  47.03 
 
 
741 aa  704    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0308  hydrogenase maturation protein HypF  100 
 
 
768 aa  1489    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4097  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  50.19 
 
 
789 aa  662    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1175  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  54.53 
 
 
763 aa  711    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.311862  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1537  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  51.32 
 
 
785 aa  642    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0523392  normal  0.0813171 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2743  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  53.39 
 
 
760 aa  656    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1167  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  53.9 
 
 
757 aa  702    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3977  hydrogenase maturation protein HypF  47.7 
 
 
763 aa  624  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2017  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  48.42 
 
 
773 aa  615  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2008  carbamoyl phosphate phosphatase, (NiFe) hydrogenase maturation protein  51.94 
 
 
752 aa  592  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.08798  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50470  hydrogenase maturation carbamoyltransferase, HypF  50.33 
 
 
768 aa  575  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.597235  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4013  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.5 
 
 
770 aa  530  1e-149  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1303  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.45 
 
 
781 aa  528  1e-148  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.083014  normal  0.0845078 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03890  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.38 
 
 
751 aa  528  1e-148  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07990  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.17 
 
 
762 aa  525  1e-148  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.442936  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1643  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.62 
 
 
778 aa  525  1e-147  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3070  hydrogenase maturation protein HypF  35.08 
 
 
776 aa  520  1e-146  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3313  hydrogenase maturation protein HypF  35.08 
 
 
776 aa  520  1e-146  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0306  hydrogenase maturation protein HypF  42.37 
 
 
763 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0533  hydrogenase maturation protein HypF  40.58 
 
 
749 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.515959  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0722  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.36 
 
 
773 aa  519  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.180457  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3588  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.29 
 
 
776 aa  517  1.0000000000000001e-145  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3291  hydrogenase maturation protein HypF  35.22 
 
 
776 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1950  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.43 
 
 
756 aa  514  1e-144  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3230  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.9 
 
 
783 aa  511  1e-143  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1847  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.89 
 
 
779 aa  508  9.999999999999999e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.962683  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0119  hydrogenase maturation protein HypF  42.65 
 
 
760 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0111799  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2556  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.42 
 
 
776 aa  507  9.999999999999999e-143  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.34978  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1764  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.15 
 
 
767 aa  506  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3809  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.68 
 
 
775 aa  502  1e-141  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0483302  normal  0.0563214 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2526  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.47 
 
 
780 aa  505  1e-141  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.908669  normal  0.241645 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2780  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.13 
 
 
780 aa  505  1e-141  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0466  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.1 
 
 
778 aa  499  1e-140  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.252806  normal  0.0404368 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0310  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.03 
 
 
792 aa  501  1e-140  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3682  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.53 
 
 
780 aa  498  1e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1787  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.47 
 
 
766 aa  498  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1785  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.28 
 
 
764 aa  499  1e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00144703  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.2 
 
 
777 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1903  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.07 
 
 
783 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2593  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.43 
 
 
773 aa  492  1e-137  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2179  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.31 
 
 
767 aa  491  1e-137  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.474067 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3065  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.71 
 
 
740 aa  490  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.735347  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0462  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.39 
 
 
790 aa  487  1e-136  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.336397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3132  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.11 
 
 
758 aa  483  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0080  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.32 
 
 
741 aa  484  1e-135  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.442925  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4584  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.12 
 
 
774 aa  485  1e-135  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1130  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.91 
 
 
758 aa  486  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1674  hydrogenase maturation protein HypF  38.14 
 
 
771 aa  484  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3636  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.18 
 
 
758 aa  481  1e-134  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1214  hydrogenase maturation protein HypF  36.95 
 
 
763 aa  474  1e-132  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1432  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  37.08 
 
 
763 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2051  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.66 
 
 
849 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0792  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.01 
 
 
785 aa  470  1.0000000000000001e-131  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1148  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.3 
 
 
779 aa  470  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1240  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.47 
 
 
763 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.29 
 
 
781 aa  466  9.999999999999999e-131  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3446  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.26 
 
 
764 aa  466  9.999999999999999e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.629954 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2359  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.85 
 
 
777 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.658058  normal  0.0687846 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1645  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.49 
 
 
773 aa  468  9.999999999999999e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00540  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.21 
 
 
785 aa  467  9.999999999999999e-131  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.48639  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2355  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.69 
 
 
852 aa  464  1e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.218654 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2123  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.86 
 
 
752 aa  462  1e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0252603 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2009  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.09 
 
 
773 aa  460  9.999999999999999e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1945  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.53 
 
 
816 aa  460  9.999999999999999e-129  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368168  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2182  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.74 
 
 
752 aa  460  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.285243 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1760  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.24 
 
 
781 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4602  hydrogenase maturation protein HypF  35.71 
 
 
786 aa  457  1e-127  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.879827  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7272  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.81 
 
 
791 aa  458  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640566  normal  0.270214 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1101  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.99 
 
 
744 aa  458  1e-127  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0471  carbamoyl phosphate phosphatase, (NiFe) hydrogenase maturation protein  39.49 
 
 
824 aa  458  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0655217 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0046  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.47 
 
 
736 aa  452  1.0000000000000001e-126  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.890039  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0469  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.3 
 
 
818 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.77158  normal  0.0779955 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1457  hydrogenase maturation protein HypF  38.96 
 
 
719 aa  451  1e-125  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3753  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.97 
 
 
809 aa  450  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2136  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.47 
 
 
745 aa  451  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7254  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  42.39 
 
 
769 aa  452  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.293278 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1399  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.82 
 
 
775 aa  451  1e-125  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.159442  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3377  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.13 
 
 
758 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.457459  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1817  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.68 
 
 
836 aa  443  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0504  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.46 
 
 
773 aa  443  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2028  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.45 
 
 
800 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2550  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.73 
 
 
818 aa  442  1e-123  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.51841  normal  0.259672 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2481  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.86 
 
 
735 aa  445  1e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2551  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.4 
 
 
770 aa  439  9.999999999999999e-123  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.102731  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0915  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.29 
 
 
743 aa  440  9.999999999999999e-123  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.326313  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1910  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.31 
 
 
838 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.402426  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2035  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.29 
 
 
775 aa  437  1e-121  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0476  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.67 
 
 
773 aa  439  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2523  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.03 
 
 
769 aa  437  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0264789  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0518  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.17 
 
 
781 aa  438  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.843265 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2094  hydrogenase maturation protein HypF  34.74 
 
 
808 aa  433  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.13 
 
 
785 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1218  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.41 
 
 
762 aa  433  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0610478 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4854  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43 
 
 
795 aa  435  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.623858  normal  0.1985 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1884  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.42 
 
 
837 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1917  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.57 
 
 
840 aa  435  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.998639  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  33.93 
 
 
835 aa  432  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386195  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3096  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.9 
 
 
749 aa  432  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2407  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.1 
 
 
756 aa  432  1e-119  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.258708 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>