More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1760 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_1910  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  53.56 
 
 
838 aa  827    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.402426  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2094  hydrogenase maturation protein HypF  54.37 
 
 
808 aa  839    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1903  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  57.64 
 
 
783 aa  917    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1101  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.1 
 
 
744 aa  641    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2093  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  52.85 
 
 
801 aa  827    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1431  hydrogenase maturation protein HypF  44.22 
 
 
742 aa  645    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1884  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  53.2 
 
 
837 aa  819    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1760  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  100 
 
 
781 aa  1612    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1817  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  52.51 
 
 
836 aa  819    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2160  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  52.87 
 
 
840 aa  827    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.66513 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2108  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  51.38 
 
 
803 aa  820    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  53.13 
 
 
835 aa  840    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386195  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1674  hydrogenase maturation protein HypF  51.98 
 
 
771 aa  769    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2409  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  52.58 
 
 
840 aa  813    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0878931  hitchhiker  0.000263976 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1917  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  53.19 
 
 
840 aa  822    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.998639  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2028  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  55.65 
 
 
800 aa  889    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2593  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.83 
 
 
773 aa  601  1e-170  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3588  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.12 
 
 
776 aa  595  1e-169  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2526  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.73 
 
 
780 aa  582  1e-164  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.908669  normal  0.241645 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2035  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.51 
 
 
775 aa  579  1e-164  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3682  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.74 
 
 
780 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0080  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.59 
 
 
741 aa  565  1.0000000000000001e-159  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.442925  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3291  hydrogenase maturation protein HypF  40.18 
 
 
776 aa  558  1e-157  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3070  hydrogenase maturation protein HypF  40.18 
 
 
776 aa  555  1e-156  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1898  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  40.62 
 
 
739 aa  553  1e-156  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3313  hydrogenase maturation protein HypF  40.18 
 
 
776 aa  555  1e-156  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03890  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.9 
 
 
751 aa  544  1e-153  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07990  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.15 
 
 
762 aa  542  9.999999999999999e-153  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.442936  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0356  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  38.47 
 
 
741 aa  539  9.999999999999999e-153  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0522956  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0935  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  38.37 
 
 
741 aa  539  9.999999999999999e-153  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.993147  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1240  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.39 
 
 
763 aa  535  1e-150  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1432  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  39.74 
 
 
763 aa  530  1e-149  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1643  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.36 
 
 
778 aa  529  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0306  hydrogenase maturation protein HypF  40.03 
 
 
763 aa  527  1e-148  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4013  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.9 
 
 
770 aa  528  1e-148  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0533  hydrogenase maturation protein HypF  39.82 
 
 
749 aa  523  1e-147  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.515959  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3809  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.23 
 
 
775 aa  524  1e-147  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0483302  normal  0.0563214 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1214  hydrogenase maturation protein HypF  39.74 
 
 
763 aa  525  1e-147  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4602  hydrogenase maturation protein HypF  40 
 
 
786 aa  521  1e-146  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.879827  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0119  hydrogenase maturation protein HypF  39.77 
 
 
760 aa  521  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0111799  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0792  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.02 
 
 
785 aa  517  1.0000000000000001e-145  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1218  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.81 
 
 
762 aa  518  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0610478 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00540  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.17 
 
 
785 aa  516  1.0000000000000001e-145  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.48639  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.54 
 
 
781 aa  514  1e-144  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3230  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40 
 
 
783 aa  511  1e-143  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1785  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.77 
 
 
764 aa  511  1e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00144703  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1645  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.35 
 
 
773 aa  511  1e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2123  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.46 
 
 
752 aa  510  1e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0252603 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0466  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.25 
 
 
778 aa  508  9.999999999999999e-143  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.252806  normal  0.0404368 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.27 
 
 
777 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1945  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.48 
 
 
816 aa  507  9.999999999999999e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368168  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1950  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.49 
 
 
756 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0722  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41 
 
 
773 aa  507  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.180457  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2182  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.74 
 
 
752 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.285243 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1787  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.75 
 
 
766 aa  504  1e-141  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1837  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.85 
 
 
758 aa  505  1e-141  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.131227  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0310  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.5 
 
 
792 aa  505  1e-141  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0046  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.48 
 
 
736 aa  503  1e-141  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.890039  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1847  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.2 
 
 
779 aa  499  1e-140  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.962683  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1167  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.51 
 
 
757 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2556  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.56 
 
 
776 aa  501  1e-140  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.34978  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0476  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.55 
 
 
773 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0462  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.97 
 
 
790 aa  501  1e-140  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.336397  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2136  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.4 
 
 
745 aa  499  1e-140  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4514  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.05 
 
 
788 aa  496  1e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.47049 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2051  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.83 
 
 
849 aa  496  1e-139  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1604  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  40.23 
 
 
754 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1276  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.7 
 
 
757 aa  493  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.853267  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2179  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.58 
 
 
767 aa  493  9.999999999999999e-139  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.474067 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3636  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.94 
 
 
758 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0792  transcriptional regulatory protein HypF  35.58 
 
 
732 aa  495  9.999999999999999e-139  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0531432  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2407  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.94 
 
 
756 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.258708 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0504  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.28 
 
 
773 aa  492  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6177  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.8 
 
 
784 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.869284  normal  0.0868727 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2780  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.24 
 
 
780 aa  490  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0172  carbamoyltransferase hypF  37.21 
 
 
755 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1668  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40 
 
 
770 aa  487  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0518  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.97 
 
 
781 aa  486  1e-136  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.843265 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4097  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.21 
 
 
789 aa  487  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3132  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.3 
 
 
758 aa  486  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1130  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.92 
 
 
758 aa  485  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0509  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.28 
 
 
773 aa  483  1e-135  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2551  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.53 
 
 
770 aa  486  1e-135  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.102731  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2017  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.81 
 
 
773 aa  483  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0469  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.14 
 
 
818 aa  480  1e-134  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.77158  normal  0.0779955 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1537  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.76 
 
 
785 aa  481  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0523392  normal  0.0813171 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2550  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.85 
 
 
818 aa  480  1e-134  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.51841  normal  0.259672 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1764  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.82 
 
 
767 aa  476  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1422  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.7 
 
 
766 aa  476  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2342  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.69 
 
 
766 aa  477  1e-133  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.19 
 
 
785 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0471  carbamoyl phosphate phosphatase, (NiFe) hydrogenase maturation protein  36.59 
 
 
824 aa  478  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0655217 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3065  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.12 
 
 
740 aa  478  1e-133  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.735347  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0915  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.94 
 
 
743 aa  479  1e-133  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.326313  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1303  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.21 
 
 
781 aa  473  1e-132  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.083014  normal  0.0845078 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1175  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.64 
 
 
763 aa  475  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.311862  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3207  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.3 
 
 
793 aa  475  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4584  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.44 
 
 
774 aa  474  1e-132  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0712  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  39.21 
 
 
803 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0860  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.21 
 
 
803 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.729638  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>