More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2523 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02562  carbamoyl phosphate phosphatase and maturation protein for [NiFe] hydrogenases  60 
 
 
750 aa  814    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0977  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  59.74 
 
 
750 aa  809    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.229585  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3165  carbamoyltransferase HypF  60.4 
 
 
750 aa  820    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2835  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  59.89 
 
 
762 aa  805    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0257983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3962  carbamoyltransferase HypF  60.26 
 
 
766 aa  816    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4602  hydrogenase maturation protein HypF  45.21 
 
 
786 aa  637    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.879827  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2996  carbamoyltransferase HypF  60.53 
 
 
750 aa  821    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3185  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  57.82 
 
 
751 aa  817    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.85 
 
 
781 aa  637    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3028  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  60.56 
 
 
746 aa  837    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000447787 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2962  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  60.69 
 
 
746 aa  840    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3151  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  60.69 
 
 
746 aa  839    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.114477 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1000  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  59.74 
 
 
750 aa  809    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948603 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1422  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  77.98 
 
 
766 aa  1166    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2848  carbamoyltransferase HypF  60 
 
 
750 aa  813    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2423  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  58.79 
 
 
765 aa  837    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.344696 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2523  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  100 
 
 
769 aa  1544    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0264789  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3044  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  60.56 
 
 
746 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0442522 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2993  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  60.69 
 
 
746 aa  840    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.017038 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02527  hypothetical protein  60 
 
 
750 aa  814    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0792  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.07 
 
 
785 aa  627  1e-178  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3377  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.01 
 
 
758 aa  618  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.457459  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0469  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.31 
 
 
818 aa  605  1.0000000000000001e-171  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.77158  normal  0.0779955 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0712  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  48.01 
 
 
803 aa  599  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0860  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  48.01 
 
 
803 aa  599  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.729638  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2145  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  48.65 
 
 
758 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.252172  normal  0.367666 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0494  hydrogenase maturation factor F  48.15 
 
 
758 aa  588  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3096  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  47.81 
 
 
749 aa  588  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0471  carbamoyl phosphate phosphatase, (NiFe) hydrogenase maturation protein  44.71 
 
 
824 aa  578  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0655217 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0535  hydrogenase maturation protein HypF  44.34 
 
 
812 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3207  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.11 
 
 
793 aa  569  1e-161  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3753  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.12 
 
 
809 aa  566  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1148  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  46.04 
 
 
779 aa  568  1e-160  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.86 
 
 
785 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2780  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.99 
 
 
780 aa  550  1e-155  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.43 
 
 
777 aa  542  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0341  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  46.21 
 
 
763 aa  536  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.744113  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1950  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.43 
 
 
756 aa  535  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1214  hydrogenase maturation protein HypF  41.38 
 
 
763 aa  533  1e-150  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2593  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.81 
 
 
773 aa  535  1e-150  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1432  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  41.51 
 
 
763 aa  531  1e-149  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3132  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.28 
 
 
758 aa  530  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3291  hydrogenase maturation protein HypF  36.32 
 
 
776 aa  530  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1764  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.95 
 
 
767 aa  529  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3070  hydrogenase maturation protein HypF  36.19 
 
 
776 aa  528  1e-148  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3313  hydrogenase maturation protein HypF  36.19 
 
 
776 aa  528  1e-148  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3809  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.35 
 
 
775 aa  523  1e-147  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0483302  normal  0.0563214 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0119  hydrogenase maturation protein HypF  44.2 
 
 
760 aa  522  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0111799  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1537  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.35 
 
 
785 aa  519  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0523392  normal  0.0813171 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3065  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.74 
 
 
740 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.735347  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1130  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.58 
 
 
758 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1643  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.5 
 
 
778 aa  518  1.0000000000000001e-145  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1847  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.96 
 
 
779 aa  517  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.962683  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1240  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.09 
 
 
763 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2556  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.4 
 
 
776 aa  513  1e-144  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.34978  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1787  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.03 
 
 
766 aa  515  1e-144  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0533  hydrogenase maturation protein HypF  41.17 
 
 
749 aa  513  1e-144  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.515959  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0504  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.71 
 
 
773 aa  513  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0476  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.25 
 
 
773 aa  514  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0310  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.49 
 
 
792 aa  515  1e-144  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0306  hydrogenase maturation protein HypF  43.12 
 
 
763 aa  512  1e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3977  hydrogenase maturation protein HypF  43.89 
 
 
763 aa  509  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1785  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.45 
 
 
764 aa  510  1e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00144703  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0722  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.02 
 
 
773 aa  510  1e-143  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.180457  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3682  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.97 
 
 
780 aa  511  1e-143  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4097  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.62 
 
 
789 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1175  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.78 
 
 
763 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.311862  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3588  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.53 
 
 
776 aa  505  1e-141  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4013  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.67 
 
 
770 aa  505  1e-141  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0509  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.71 
 
 
773 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2179  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.99 
 
 
767 aa  499  1e-140  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.474067 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3230  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.69 
 
 
783 aa  499  1e-140  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00540  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.75 
 
 
785 aa  501  1e-140  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.48639  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0466  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.39 
 
 
778 aa  499  1e-140  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.252806  normal  0.0404368 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2394  hydrogenase maturation protein HypF  39.61 
 
 
741 aa  496  1e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03890  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.57 
 
 
751 aa  496  1e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2123  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.84 
 
 
752 aa  498  1e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0252603 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2017  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.8 
 
 
773 aa  498  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0462  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.73 
 
 
790 aa  499  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.336397  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1674  hydrogenase maturation protein HypF  40.87 
 
 
771 aa  496  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2182  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.11 
 
 
752 aa  499  1e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.285243 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07990  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.06 
 
 
762 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.442936  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2136  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.2 
 
 
745 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1645  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.37 
 
 
773 aa  493  9.999999999999999e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0080  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.19 
 
 
741 aa  492  1e-137  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.442925  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2051  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.86 
 
 
849 aa  492  1e-137  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2355  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.99 
 
 
852 aa  491  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.218654 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1167  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.26 
 
 
757 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2526  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.52 
 
 
780 aa  489  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.908669  normal  0.241645 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0518  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.75 
 
 
781 aa  489  1e-136  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.843265 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2539  hydrogenase maturation protein HypF  38.8 
 
 
741 aa  483  1e-135  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2009  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.98 
 
 
773 aa  485  1e-135  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6177  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.2 
 
 
784 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.869284  normal  0.0868727 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4584  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.02 
 
 
774 aa  479  1e-134  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50470  hydrogenase maturation carbamoyltransferase, HypF  45.31 
 
 
768 aa  482  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.597235  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7272  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.72 
 
 
791 aa  478  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640566  normal  0.270214 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4514  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.59 
 
 
788 aa  478  1e-133  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.47049 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1898  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  36.95 
 
 
739 aa  477  1e-133  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1760  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.52 
 
 
781 aa  478  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4854  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.63 
 
 
795 aa  479  1e-133  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.623858  normal  0.1985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>