More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4097 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006368  lpp2539  hydrogenase maturation protein HypF  45.56 
 
 
741 aa  685    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2394  hydrogenase maturation protein HypF  46.34 
 
 
741 aa  701    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3977  hydrogenase maturation protein HypF  55.04 
 
 
763 aa  802    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4097  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  100 
 
 
789 aa  1598    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1175  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  50.46 
 
 
763 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.311862  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1537  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  58.67 
 
 
785 aa  810    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0523392  normal  0.0813171 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2017  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  52.6 
 
 
773 aa  732    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1167  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  48.85 
 
 
757 aa  670    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50470  hydrogenase maturation carbamoyltransferase, HypF  52.56 
 
 
768 aa  679    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.597235  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3070  hydrogenase maturation protein HypF  39.52 
 
 
776 aa  599  1e-170  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2008  carbamoyl phosphate phosphatase, (NiFe) hydrogenase maturation protein  49.17 
 
 
752 aa  601  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.08798  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3313  hydrogenase maturation protein HypF  39.52 
 
 
776 aa  599  1e-170  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2743  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  48.5 
 
 
760 aa  601  1e-170  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3291  hydrogenase maturation protein HypF  39.39 
 
 
776 aa  596  1e-169  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1643  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.24 
 
 
778 aa  588  1e-166  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0533  hydrogenase maturation protein HypF  44.05 
 
 
749 aa  588  1e-166  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.515959  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2780  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.75 
 
 
780 aa  585  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1950  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.3 
 
 
756 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4013  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.03 
 
 
770 aa  585  1.0000000000000001e-165  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0306  hydrogenase maturation protein HypF  44.81 
 
 
763 aa  580  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3065  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  46.19 
 
 
740 aa  582  1e-164  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.735347  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0119  hydrogenase maturation protein HypF  44.23 
 
 
760 aa  578  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0111799  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0308  hydrogenase maturation protein HypF  49.68 
 
 
768 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2556  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.9 
 
 
776 aa  571  1e-161  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.34978  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1787  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.62 
 
 
766 aa  566  1e-160  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1847  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.85 
 
 
779 aa  564  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.962683  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.41 
 
 
777 aa  559  1e-158  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1785  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.17 
 
 
764 aa  559  1e-158  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00144703  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07990  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.22 
 
 
762 aa  557  1e-157  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.442936  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03890  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.07 
 
 
751 aa  557  1e-157  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1303  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.59 
 
 
781 aa  556  1e-157  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.083014  normal  0.0845078 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0310  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.85 
 
 
792 aa  557  1e-157  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3230  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  46.47 
 
 
783 aa  555  1e-156  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1130  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.69 
 
 
758 aa  555  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3588  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.73 
 
 
776 aa  554  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3809  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.23 
 
 
775 aa  548  1e-154  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0483302  normal  0.0563214 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0722  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.07 
 
 
773 aa  548  1e-154  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.180457  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3132  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.82 
 
 
758 aa  544  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3682  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.19 
 
 
780 aa  541  9.999999999999999e-153  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0466  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.1 
 
 
778 aa  540  9.999999999999999e-153  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.252806  normal  0.0404368 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1240  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.12 
 
 
763 aa  535  1e-151  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2526  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.41 
 
 
780 aa  537  1e-151  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.908669  normal  0.241645 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0792  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.57 
 
 
785 aa  530  1e-149  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1645  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.48 
 
 
773 aa  527  1e-148  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6177  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.16 
 
 
784 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.869284  normal  0.0868727 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0469  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.93 
 
 
818 aa  526  1e-148  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.77158  normal  0.0779955 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0462  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.73 
 
 
790 aa  526  1e-148  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.336397  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2051  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.67 
 
 
849 aa  523  1e-147  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0080  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.7 
 
 
741 aa  525  1e-147  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.442925  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4584  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.25 
 
 
774 aa  523  1e-147  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1764  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40 
 
 
767 aa  525  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2355  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.79 
 
 
852 aa  525  1e-147  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.218654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3753  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.56 
 
 
809 aa  524  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0504  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.63 
 
 
773 aa  522  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2179  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.31 
 
 
767 aa  521  1e-146  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.474067 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1214  hydrogenase maturation protein HypF  40.18 
 
 
763 aa  522  1e-146  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0476  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.76 
 
 
773 aa  517  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2326  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.69 
 
 
978 aa  518  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0509  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  45.55 
 
 
773 aa  513  1e-144  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0926  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.11 
 
 
740 aa  514  1e-144  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154315 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00540  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.07 
 
 
785 aa  510  1e-143  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.48639  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1432  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  39.53 
 
 
763 aa  512  1e-143  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2593  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.09 
 
 
773 aa  511  1e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3636  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.97 
 
 
758 aa  511  1e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4602  hydrogenase maturation protein HypF  38.52 
 
 
786 aa  509  9.999999999999999e-143  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.879827  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1945  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.55 
 
 
816 aa  507  9.999999999999999e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368168  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1674  hydrogenase maturation protein HypF  40 
 
 
771 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2009  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.87 
 
 
773 aa  504  1e-141  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2550  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.04 
 
 
818 aa  502  1e-140  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.51841  normal  0.259672 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1422  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.68 
 
 
766 aa  499  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0518  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.36 
 
 
781 aa  500  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.843265 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3377  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.28 
 
 
758 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.457459  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.55 
 
 
781 aa  496  1e-139  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0712  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  41.61 
 
 
803 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0860  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.61 
 
 
803 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.729638  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3207  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.11 
 
 
793 aa  495  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2182  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.71 
 
 
752 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.285243 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2123  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.16 
 
 
752 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0252603 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0681  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.12 
 
 
766 aa  491  1e-137  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7254  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.41 
 
 
769 aa  489  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.293278 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3016  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.88 
 
 
753 aa  490  1e-137  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0471  carbamoyl phosphate phosphatase, (NiFe) hydrogenase maturation protein  39.28 
 
 
824 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0655217 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2136  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.62 
 
 
745 aa  489  1e-137  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2342  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.9 
 
 
766 aa  489  1e-136  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1903  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.72 
 
 
783 aa  486  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.69 
 
 
785 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0535  hydrogenase maturation protein HypF  39.92 
 
 
812 aa  489  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2523  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.24 
 
 
769 aa  488  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0264789  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1760  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.21 
 
 
781 aa  487  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7272  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.9 
 
 
791 aa  487  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640566  normal  0.270214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0341  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.09 
 
 
763 aa  483  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.744113  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3880  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.56 
 
 
778 aa  482  1e-135  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.956436 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2028  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.3 
 
 
800 aa  485  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1477  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.5 
 
 
795 aa  481  1e-134  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1457  hydrogenase maturation protein HypF  40.5 
 
 
719 aa  478  1e-133  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2359  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.77 
 
 
777 aa  479  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.658058  normal  0.0687846 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2407  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.53 
 
 
756 aa  478  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.258708 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0382  hydrogenase maturation protein  37.42 
 
 
767 aa  473  1e-132  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4854  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.53 
 
 
795 aa  473  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.623858  normal  0.1985 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0812  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.82 
 
 
769 aa  475  1e-132  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>