200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2355 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  61.51 
 
 
777 aa  1004    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2326  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  48.86 
 
 
978 aa  738    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1787  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  54.16 
 
 
766 aa  822    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4013  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  47.28 
 
 
770 aa  656    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.31364 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0310  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  61.7 
 
 
792 aa  1005    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1303  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  53.4 
 
 
781 aa  819    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.083014  normal  0.0845078 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2355  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  100 
 
 
852 aa  1702    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.218654 
 
 
-
 
NC_002936  DET1432  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  42.12 
 
 
763 aa  617  1e-175  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0119  hydrogenase maturation protein HypF  45.24 
 
 
760 aa  615  9.999999999999999e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0111799  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2780  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.27 
 
 
780 aa  613  9.999999999999999e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1950  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.6 
 
 
756 aa  614  9.999999999999999e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1214  hydrogenase maturation protein HypF  41.58 
 
 
763 aa  608  9.999999999999999e-173  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0306  hydrogenase maturation protein HypF  43.94 
 
 
763 aa  600  1e-170  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1240  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.39 
 
 
763 aa  598  1e-169  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0533  hydrogenase maturation protein HypF  41.68 
 
 
749 aa  593  1e-168  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.515959  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3070  hydrogenase maturation protein HypF  38.32 
 
 
776 aa  591  1e-167  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3313  hydrogenase maturation protein HypF  38.32 
 
 
776 aa  591  1e-167  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3291  hydrogenase maturation protein HypF  38.2 
 
 
776 aa  586  1e-166  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0722  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.07 
 
 
773 aa  587  1e-166  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.180457  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1130  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.25 
 
 
758 aa  586  1e-166  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1785  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.96 
 
 
764 aa  585  1.0000000000000001e-165  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00144703  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1764  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.51 
 
 
767 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1847  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.63 
 
 
779 aa  581  1e-164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.962683  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3588  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.75 
 
 
776 aa  581  1e-164  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1643  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.57 
 
 
778 aa  582  1e-164  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2556  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.31 
 
 
776 aa  581  1e-164  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.34978  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00540  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.56 
 
 
785 aa  577  1.0000000000000001e-163  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.48639  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2051  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.86 
 
 
849 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3132  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.58 
 
 
758 aa  572  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2526  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.87 
 
 
780 aa  567  1e-160  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.908669  normal  0.241645 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1537  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.25 
 
 
785 aa  568  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0523392  normal  0.0813171 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07990  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.36 
 
 
762 aa  568  1e-160  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.442936  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3809  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.92 
 
 
775 aa  567  1e-160  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0483302  normal  0.0563214 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3065  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.18 
 
 
740 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.735347  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01180  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.22 
 
 
848 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0466  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.66 
 
 
778 aa  552  1e-156  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.252806  normal  0.0404368 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3682  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.04 
 
 
780 aa  555  1e-156  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0140  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.74 
 
 
920 aa  546  1e-154  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2017  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.22 
 
 
773 aa  545  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0462  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.52 
 
 
790 aa  542  1e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.336397  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03890  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.67 
 
 
751 aa  543  1e-153  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1175  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.67 
 
 
763 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.311862  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2179  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.61 
 
 
767 aa  529  1e-149  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.474067 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2593  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.37 
 
 
773 aa  531  1e-149  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3230  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.76 
 
 
783 aa  530  1e-149  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2539  hydrogenase maturation protein HypF  38.03 
 
 
741 aa  526  1e-148  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2394  hydrogenase maturation protein HypF  37.91 
 
 
741 aa  527  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0080  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.84 
 
 
741 aa  526  1e-148  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.442925  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4097  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.67 
 
 
789 aa  527  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1167  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.67 
 
 
757 aa  525  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0469  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.57 
 
 
818 aa  519  1e-146  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.77158  normal  0.0779955 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1945  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.04 
 
 
816 aa  521  1e-146  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368168  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0792  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.49 
 
 
785 aa  520  1e-146  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0504  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  44.13 
 
 
773 aa  516  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0518  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.06 
 
 
781 aa  516  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.843265 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3977  hydrogenase maturation protein HypF  40.19 
 
 
763 aa  513  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2009  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.08 
 
 
773 aa  514  1e-144  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4584  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.07 
 
 
774 aa  514  1e-144  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6177  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.59 
 
 
784 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.869284  normal  0.0868727 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0476  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.65 
 
 
773 aa  511  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1645  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.62 
 
 
773 aa  511  1e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3636  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.54 
 
 
758 aa  505  1e-141  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2550  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.05 
 
 
818 aa  505  1e-141  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.51841  normal  0.259672 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0509  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  43.33 
 
 
773 aa  500  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1457  hydrogenase maturation protein HypF  39.45 
 
 
719 aa  500  1e-140  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2123  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.33 
 
 
752 aa  500  1e-140  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0252603 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2182  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.69 
 
 
752 aa  496  1e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.285243 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2136  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.74 
 
 
745 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1218  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.96 
 
 
762 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0610478 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3979  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.54 
 
 
756 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803247  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2743  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.04 
 
 
760 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0535  hydrogenase maturation protein HypF  39.51 
 
 
812 aa  489  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7272  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.91 
 
 
791 aa  491  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640566  normal  0.270214 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.23 
 
 
781 aa  488  1e-136  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2407  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.91 
 
 
756 aa  484  1e-135  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.258708 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4602  hydrogenase maturation protein HypF  35.96 
 
 
786 aa  476  1e-133  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.879827  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1817  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.64 
 
 
836 aa  478  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2028  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  35.71 
 
 
800 aa  477  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0391  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  34.4 
 
 
736 aa  476  1e-133  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000910038  hitchhiker  0.000000117936 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2523  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.62 
 
 
769 aa  478  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0264789  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0382  hydrogenase maturation protein  35.53 
 
 
767 aa  474  1e-132  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2481  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  42.84 
 
 
735 aa  473  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1875  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.05 
 
 
835 aa  473  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386195  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2359  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.81 
 
 
777 aa  475  1e-132  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.658058  normal  0.0687846 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3377  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.64 
 
 
758 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.457459  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1422  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.35 
 
 
766 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1477  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  32.32 
 
 
795 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4555  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.88 
 
 
785 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1399  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  37.67 
 
 
775 aa  466  9.999999999999999e-131  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.159442  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1910  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.47 
 
 
838 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.402426  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0860  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  39.86 
 
 
803 aa  465  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.729638  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2094  hydrogenase maturation protein HypF  36.01 
 
 
808 aa  463  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2160  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.38 
 
 
840 aa  465  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.66513 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3096  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.02 
 
 
749 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1917  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.47 
 
 
840 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.998639  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0712  [NiFe] hydrogenase maturation protein HypF  39.86 
 
 
803 aa  465  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2145  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  41.27 
 
 
758 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.252172  normal  0.367666 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1760  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  36.43 
 
 
781 aa  464  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2342  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  38.89 
 
 
766 aa  466  1e-129  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0341  (NiFe) hydrogenase maturation protein HypF  40.9 
 
 
763 aa  461  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.744113  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>