121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_11970 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_11970  RNA-binding protein with PAS domain  100 
 
 
247 aa  484  1e-136  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.494422  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3447  putative PAS/PAC sensor protein  41.81 
 
 
199 aa  141  8e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.509002  normal  0.758938 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2088  putative PAS/PAC sensor protein  35.62 
 
 
340 aa  139  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00176198  normal  0.0171751 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1401  putative PAS/PAC sensor protein  39.9 
 
 
216 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.495161  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4425  putative PAS/PAC sensor protein  37.57 
 
 
235 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5184  putative PAS/PAC sensor protein  40.11 
 
 
222 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5273  putative PAS/PAC sensor protein  40.11 
 
 
222 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5565  putative PAS/PAC sensor protein  40.11 
 
 
222 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5727  putative PAS/PAC sensor protein  39.18 
 
 
225 aa  125  9e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0100  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  38.83 
 
 
241 aa  121  9e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3244  putative PAS/PAC sensor protein  36.63 
 
 
229 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1090  putative PAS/PAC sensor protein  34.67 
 
 
228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.154264 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3029  putative PAS/PAC sensor protein  36.17 
 
 
274 aa  116  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.546603 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0873  PAS fold-3 domain protein  32.95 
 
 
238 aa  103  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.637627  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5113  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  36.78 
 
 
223 aa  98.6  8e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5202  putative PAS/PAC sensor protein  36.78 
 
 
223 aa  98.6  8e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5493  putative PAS/PAC sensor protein  36.78 
 
 
223 aa  98.6  8e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  34 
 
 
365 aa  94.7  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3293  putative PAS/PAC sensor protein  34.18 
 
 
203 aa  87.8  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1403  ANTAR domain protein with unknown sensor  32.69 
 
 
235 aa  79.3  0.00000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.478088  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0560  putative PAS/PAC sensor protein  30.45 
 
 
244 aa  75.9  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1618  PAS fold-3  33.61 
 
 
145 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553115  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1643  putative PAS/PAC sensor protein  33.61 
 
 
145 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1589  putative PAS/PAC sensor protein  34.88 
 
 
144 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.500072  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 
713 aa  59.3  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.69 
 
 
572 aa  57.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
1004 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.37 
 
 
1596 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3742  putative PAS/PAC sensor protein  64.44 
 
 
417 aa  56.2  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.159414  normal  0.0141768 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2564  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  27.12 
 
 
1089 aa  55.8  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.19 
 
 
1064 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4878  PAS fold-3 domain protein  37.5 
 
 
142 aa  53.5  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 
1350 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 
657 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  31.2 
 
 
358 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.4 
 
 
953 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
851 aa  50.1  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0502  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.8 
 
 
705 aa  50.1  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.4 
 
 
953 aa  50.4  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  27.88 
 
 
685 aa  49.7  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.82 
 
 
707 aa  49.7  0.00004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  28.93 
 
 
847 aa  49.7  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  25.52 
 
 
1289 aa  49.3  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  30.89 
 
 
340 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 
1676 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.42 
 
 
1118 aa  49.3  0.00006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  30.89 
 
 
340 aa  49.3  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  27.27 
 
 
242 aa  48.9  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1413  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.93 
 
 
918 aa  48.5  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 
1068 aa  48.5  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3536  putative sensory transduction histidine kinase  32.86 
 
 
161 aa  47.8  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0560358  normal  0.691375 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 
1273 aa  48.5  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1090 aa  48.5  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 
759 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  20.57 
 
 
659 aa  47.4  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  29.2 
 
 
1099 aa  47.4  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.14 
 
 
718 aa  47.8  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.98 
 
 
830 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.08 
 
 
869 aa  47  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11950  response regulator with putative antiterminator output domain  42.11 
 
 
246 aa  47  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0191471  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.18 
 
 
696 aa  47  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 
686 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2152  ANTAR domain protein with unknown sensor  40.28 
 
 
244 aa  47  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000502711  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5807  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 
990 aa  46.6  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.98 
 
 
1116 aa  46.6  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.36 
 
 
1051 aa  46.6  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.38 
 
 
998 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1924  ANTAR domain-containing protein  40.74 
 
 
248 aa  46.2  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.82 
 
 
673 aa  46.2  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  26.88 
 
 
727 aa  46.2  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
779 aa  45.8  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  32.86 
 
 
754 aa  45.8  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3842  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  48 
 
 
262 aa  45.8  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0552121 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  27.87 
 
 
1003 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.44 
 
 
958 aa  45.8  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 
1009 aa  45.4  0.0008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.43 
 
 
594 aa  45.4  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.87 
 
 
1003 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.62 
 
 
1124 aa  45.4  0.0009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.65 
 
 
1669 aa  45.4  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  32.76 
 
 
704 aa  44.7  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  28.44 
 
 
945 aa  45.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  30.61 
 
 
730 aa  44.7  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 
512 aa  44.7  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
1560 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2525  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.65 
 
 
785 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.985854  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.19 
 
 
551 aa  43.9  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
796 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.6 
 
 
688 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
977 aa  44.3  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 
888 aa  44.3  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.22 
 
 
1965 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  26.89 
 
 
847 aa  43.5  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.78 
 
 
724 aa  43.5  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.332381  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.21 
 
 
446 aa  43.5  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
1015 aa  43.5  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 
2693 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  28.72 
 
 
827 aa  43.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1809  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  43.75 
 
 
228 aa  43.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.165658  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4477  response regulator receiver and ANTAR domain protein  41.54 
 
 
245 aa  43.1  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0401437  normal  0.0284601 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>