42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4878 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4878  PAS fold-3 domain protein  100 
 
 		 142 aa  290  3e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1401  putative PAS/PAC sensor protein  39.24 
 
 		 216 aa  63.9  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.495161  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5565  putative PAS/PAC sensor protein  32.43 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5184  putative PAS/PAC sensor protein  32.43 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5273  putative PAS/PAC sensor protein  32.43 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1618  PAS fold-3  32.74 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553115  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1643  putative PAS/PAC sensor protein  32.74 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4425  putative PAS/PAC sensor protein  34.34 
 
 		 235 aa  57.8  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1589  putative PAS/PAC sensor protein  31.97 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.500072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11970  RNA-binding protein with PAS domain  31.19 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.494422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2088  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 		 340 aa  55.1  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00176198  normal  0.0171751 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3447  putative PAS/PAC sensor protein  30.95 
 
 		 199 aa  53.9  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.509002  normal  0.758938 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5727  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 225 aa  53.9  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1090  putative PAS/PAC sensor protein  32.71 
 
 		 228 aa  52  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.154264 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0873  PAS fold-3 domain protein  32.97 
 
 		 238 aa  51.6  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.637627  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.58 
 
 		 953 aa  51.6  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.89 
 
 		 527 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  33.98 
 
 		 338 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.07 
 
 		 953 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 1090 aa  47.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3029  putative PAS/PAC sensor protein  32.88 
 
 		 274 aa  47.8  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.546603 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 		 733 aa  47.4  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  33.72 
 
 		 338 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.11 
 
 		 572 aa  46.2  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  33.72 
 
 		 338 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0100  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  33.78 
 
 		 241 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3311  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.62 
 
 		 1300 aa  43.5  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.703453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.67 
 
 		 954 aa  43.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1303  transcriptional regulator, LuxR family  33.67 
 
 		 442 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0533222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5493  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 		 223 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5202  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 		 223 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3244  putative PAS/PAC sensor protein  27.38 
 
 		 229 aa  42.7  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5113  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30 
 
 		 223 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.06 
 
 		 718 aa  42.7  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 		 484 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0729257  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 		 3706 aa  41.2  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 		 519 aa  41.6  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  27.91 
 
 		 1202 aa  41.2  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 		 1122 aa  41.2  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  31.65 
 
 		 242 aa  40.4  0.009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 		 1562 aa  40.4  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 512 aa  40  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>