243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3652 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3652  LemA family protein  100 
 
 		 189 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4056  LemA family protein  81.48 
 
 		 189 aa  319  9.999999999999999e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0157  LemA family protein  84.04 
 
 		 189 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4662  hypothetical protein  78.19 
 
 		 188 aa  305  3e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3560  hypothetical protein  82.18 
 
 		 189 aa  305  3e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3832  LemA family protein  76.6 
 
 		 188 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.911812 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3925  LemA family protein  76.6 
 
 		 188 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4041  LemA family protein  76.6 
 
 		 188 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4207  LemA family protein  76.06 
 
 		 188 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4246  LemA family protein  76.06 
 
 		 188 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4380  LemA family protein  76.06 
 
 		 188 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0137  LemA family protein  80.11 
 
 		 189 aa  299  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0095  LemA family protein  54.79 
 
 		 187 aa  204  8e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2124  LemA family protein  42.35 
 
 		 185 aa  134  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1702  LemA protein  40.94 
 
 		 187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.159811  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0634  LemA protein  39.02 
 
 		 187 aa  125  4.0000000000000003e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2637  LemA family protein  36.13 
 
 		 184 aa  122  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.980645  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21021  hypothetical protein  32.94 
 
 		 188 aa  121  6e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.617296 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2286  LemA family protein  36.42 
 
 		 185 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1739  LemA family protein  36.26 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.572678  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2703  LemA family protein  36.67 
 
 		 180 aa  114  8.999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.155911  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0577  hypothetical protein  33.15 
 
 		 184 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0316568  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2974  LemA family protein  35.44 
 
 		 189 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1566  LemA family protein  35.2 
 
 		 183 aa  112  4.0000000000000004e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1210  LemA family protein  31.58 
 
 		 187 aa  111  8.000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0464  LemA family protein  33.15 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.415614 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0532  LemA family protein  34.48 
 
 		 183 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.258841 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0575  LemA family protein  35.06 
 
 		 183 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3645  LemA family protein  34.38 
 
 		 249 aa  107  9.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1740  LemA family protein  35.5 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3741  LemA family protein  34.44 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4520  LemA family protein  32.97 
 
 		 188 aa  106  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2479  LemA family protein  35.5 
 
 		 201 aa  105  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.146939  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2025  LemA family protein  36.36 
 
 		 195 aa  105  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1586  hypothetical protein  32.75 
 
 		 188 aa  104  6e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000121977  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3606  hypothetical protein  33.33 
 
 		 176 aa  104  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2258  LemA family protein  31.11 
 
 		 181 aa  104  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0720  LemA family protein  32.3 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.198372  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1607  LemA family protein  30.94 
 
 		 196 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1073  LemA family protein  30.64 
 
 		 194 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1334  LemA family protein  33.14 
 
 		 188 aa  102  4e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000195542  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1468  LemA family protein  34.13 
 
 		 195 aa  102  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.510116  normal  0.223754 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1494  LemA family protein  32.6 
 
 		 180 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.389059  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1382  LemA family protein  32.6 
 
 		 180 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0398  hypothetical protein  32.6 
 
 		 180 aa  100  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.43647  normal  0.0383484 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0513  LemA family protein  31.68 
 
 		 184 aa  100  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1470  LemA  33.56 
 
 		 188 aa  99.4  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134272  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1519  hypothetical protein  29.28 
 
 		 201 aa  98.2  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.268793 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0344  hypothetical protein  33.97 
 
 		 186 aa  98.2  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0276  LemA family protein  30.11 
 
 		 187 aa  97.8  9e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0283  LemA family protein  32.4 
 
 		 192 aa  97.8  9e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.646513  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0360  hypothetical protein  32.02 
 
 		 196 aa  97.1  1e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.193957 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0378  LemA family protein  35.17 
 
 		 185 aa  97.1  1e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000407408  decreased coverage  1.42653e-16 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2260  LemA family protein  30.86 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506129 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0906  LemA family protein  34.39 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1882  LemA family protein  32.74 
 
 		 182 aa  96.3  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1628  hypothetical protein  30.68 
 
 		 184 aa  95.9  3e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.301554  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0756  cytoplasmic membrane protein  32.72 
 
 		 186 aa  95.9  3e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0033  LemA family protein  30.12 
 
 		 189 aa  95.5  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2315  hypothetical protein  31.25 
 
 		 185 aa  95.1  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5170  LemA family protein  35.14 
 
 		 195 aa  94.7  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.212302 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1068  hypothetical protein  33.54 
 
 		 192 aa  94.7  6e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4985  LemA family protein  31.87 
 
 		 183 aa  93.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1788  LemA family protein  34.39 
 
 		 208 aa  93.6  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000175947  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2611  hypothetical protein  29.26 
 
 		 186 aa  93.6  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.286576 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1774  LemA family protein  31.35 
 
 		 201 aa  94.4  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.119013  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1831  LemA family protein  34.39 
 
 		 187 aa  92.8  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00691191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56810  putative lemA-like protein  33.7 
 
 		 190 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12740  hypothetical protein  34.76 
 
 		 186 aa  92.8  3e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.250221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1229  LemA family protein  31.68 
 
 		 187 aa  92.4  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0569306  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2848  LemA family protein  35.58 
 
 		 188 aa  92.4  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0119025  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0893  hypothetical protein  32.08 
 
 		 190 aa  91.7  5e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0984123  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000294  LemA protein  32.75 
 
 		 196 aa  91.7  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0155737  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3528  LemA-like protein  36.16 
 
 		 187 aa  91.7  6e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1832  hypothetical protein  33.14 
 
 		 198 aa  91.3  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4313  hypothetical protein  30 
 
 		 183 aa  91.3  8e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3454  LemA family protein  32.89 
 
 		 197 aa  91.3  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.23113  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4208  hypothetical protein  30 
 
 		 183 aa  91.3  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.735662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4376  hypothetical protein  28.26 
 
 		 184 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.208442  normal  0.0458426 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0241  LemA family protein  29.63 
 
 		 189 aa  90.9  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3965  LemA family protein  33.55 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1528  LemA family protein  32.75 
 
 		 196 aa  90.9  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00267014  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0244  LemA family protein  32 
 
 		 199 aa  89.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0548  hypothetical protein  28.42 
 
 		 189 aa  90.1  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.49212e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0165  LemA family protein  31.46 
 
 		 182 aa  89.7  2e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.743151 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4440  hypothetical protein  35.37 
 
 		 197 aa  90.1  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3233  hypothetical protein  30.23 
 
 		 186 aa  89.7  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.791063  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3704  LemA protein  27.68 
 
 		 192 aa  90.1  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0429675 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1437  hypothetical protein  30.29 
 
 		 198 aa  89.4  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.323013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2686  LemA family protein  32.41 
 
 		 177 aa  89  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.190137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3325  LemA family protein  31.93 
 
 		 190 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0420769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0658  LemA family protein  32.93 
 
 		 206 aa  89  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.14267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4336  LemA family protein  29.41 
 
 		 193 aa  89  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.54593 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0639  hypothetical protein  29.81 
 
 		 182 aa  89  4e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1221  LemA family protein  30.65 
 
 		 211 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0955  LemA family protein  27.55 
 
 		 202 aa  87.4  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0089  hypothetical protein  33.54 
 
 		 188 aa  87  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0555  LemA family protein  29.07 
 
 		 192 aa  87.4  1e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000372284 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3731  LemA family protein  30.87 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.16009  normal  0.0304195 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3602  LemA family protein  30.6 
 
 		 217 aa  86.7  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>