243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3741 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3741  LemA family protein  100 
 
 		 180 aa  367  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2703  LemA family protein  93.89 
 
 		 180 aa  347  6e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.155911  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1494  LemA family protein  77.78 
 
 		 180 aa  300  8.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.389059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0398  hypothetical protein  77.78 
 
 		 180 aa  300  8.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.43647  normal  0.0383484 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1382  LemA family protein  77.78 
 
 		 180 aa  299  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2637  LemA family protein  51.7 
 
 		 184 aa  181  6e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.980645  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0464  LemA family protein  50 
 
 		 182 aa  177  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.415614 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0532  LemA family protein  48.35 
 
 		 183 aa  171  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.258841 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0575  LemA family protein  47.25 
 
 		 183 aa  170  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0513  LemA family protein  48.8 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4520  LemA family protein  44.75 
 
 		 188 aa  165  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0577  hypothetical protein  44.26 
 
 		 184 aa  163  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0316568  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1566  LemA family protein  42.78 
 
 		 183 aa  154  9e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0165  LemA family protein  44.94 
 
 		 182 aa  150  1e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.743151 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4376  hypothetical protein  44.91 
 
 		 184 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.208442  normal  0.0458426 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2974  LemA family protein  43.4 
 
 		 189 aa  142  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0720  LemA family protein  40.34 
 
 		 183 aa  141  5e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.198372  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0378  LemA family protein  47.65 
 
 		 185 aa  141  6e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000407408  decreased coverage  1.42653e-16 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4208  hypothetical protein  42.35 
 
 		 183 aa  140  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.735662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2611  hypothetical protein  43.79 
 
 		 186 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.286576 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4313  hypothetical protein  41.67 
 
 		 183 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3645  LemA family protein  44.65 
 
 		 249 aa  139  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4985  LemA family protein  42.94 
 
 		 183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0906  LemA family protein  44.52 
 
 		 183 aa  139  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1628  hypothetical protein  39.01 
 
 		 184 aa  137  1e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.301554  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2315  hypothetical protein  41.18 
 
 		 185 aa  136  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3233  hypothetical protein  41.67 
 
 		 186 aa  136  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.791063  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1528  LemA family protein  44.25 
 
 		 196 aa  135  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00267014  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1468  LemA family protein  43.93 
 
 		 195 aa  135  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.510116  normal  0.223754 
 
 
-
 
NC_002936  DET1586  hypothetical protein  40.94 
 
 		 188 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000121977  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1607  LemA family protein  38.17 
 
 		 196 aa  133  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1740  LemA family protein  42.22 
 
 		 201 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0276  LemA family protein  37.63 
 
 		 187 aa  132  1.9999999999999998e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2258  LemA family protein  34.66 
 
 		 181 aa  131  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2479  LemA family protein  40 
 
 		 201 aa  131  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.146939  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0639  hypothetical protein  41.46 
 
 		 182 aa  129  3e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1334  LemA family protein  42.5 
 
 		 188 aa  127  7.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000195542  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1073  LemA family protein  41.82 
 
 		 194 aa  127  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0090  LemA family protein  42.58 
 
 		 184 aa  127  9.000000000000001e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12740  hypothetical protein  43.75 
 
 		 186 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.250221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35290  hypothetical protein  37.87 
 
 		 195 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.448083 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1210  LemA family protein  41.03 
 
 		 187 aa  126  1.0000000000000001e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0005  LemA family protein  40.62 
 
 		 191 aa  126  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.141685  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21021  hypothetical protein  41.07 
 
 		 188 aa  124  8.000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.617296 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1470  LemA  42.38 
 
 		 188 aa  122  2e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134272  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0756  cytoplasmic membrane protein  41.67 
 
 		 186 aa  122  3e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3638  LemA family protein  39.08 
 
 		 197 aa  122  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0753155 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0283  LemA family protein  36.16 
 
 		 192 aa  122  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.646513  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0344  hypothetical protein  40.26 
 
 		 186 aa  121  7e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0548  hypothetical protein  40 
 
 		 189 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.49212e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0076  hypothetical protein  42.86 
 
 		 185 aa  119  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.071632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2025  LemA family protein  34.04 
 
 		 195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0244  LemA family protein  34.62 
 
 		 199 aa  119  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3528  LemA-like protein  42.35 
 
 		 187 aa  118  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0634  LemA protein  42.77 
 
 		 187 aa  118  3.9999999999999996e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4440  hypothetical protein  35.79 
 
 		 197 aa  117  7e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2260  LemA family protein  41.72 
 
 		 180 aa  117  7.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506129 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1739  LemA family protein  37.89 
 
 		 187 aa  115  3e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.572678  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1068  hypothetical protein  36.05 
 
 		 192 aa  114  6e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1831  LemA family protein  38.89 
 
 		 187 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00691191  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1788  LemA family protein  38.89 
 
 		 208 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000175947  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0874  LemA family protein  34.52 
 
 		 185 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0938199  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4499  LemA family protein  35.71 
 
 		 250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.625347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0089  hypothetical protein  35.91 
 
 		 188 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0241  LemA family protein  36.14 
 
 		 189 aa  112  3e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4437  LemA family protein  35.12 
 
 		 250 aa  112  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0033  LemA family protein  32.74 
 
 		 189 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4056  LemA family protein  34.48 
 
 		 189 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1832  hypothetical protein  35.67 
 
 		 198 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1702  LemA protein  38.82 
 
 		 187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.159811  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0360  hypothetical protein  33.53 
 
 		 196 aa  108  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.193957 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1185  hypothetical protein  33.73 
 
 		 185 aa  108  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0911033  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5170  LemA family protein  37.21 
 
 		 195 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.212302 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3832  LemA family protein  33.51 
 
 		 188 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.911812 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3925  LemA family protein  33.51 
 
 		 188 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4041  LemA family protein  33.51 
 
 		 188 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0955  LemA family protein  32.28 
 
 		 202 aa  107  1e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3304  hypothetical protein  37.43 
 
 		 193 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.30627  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2798  LemA family protein  33.53 
 
 		 190 aa  106  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4662  hypothetical protein  34.05 
 
 		 188 aa  106  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3560  hypothetical protein  37.42 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2687  LemA family protein  36.65 
 
 		 189 aa  105  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.487448 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2286  LemA family protein  38.96 
 
 		 185 aa  105  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0070  LemA family protein  38.89 
 
 		 181 aa  105  4e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2159  LemA family protein  32.75 
 
 		 197 aa  105  4e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3447  LemA family protein  38.15 
 
 		 193 aa  105  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3325  LemA family protein  34.34 
 
 		 190 aa  105  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0420769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3150  divalent cation transporter  37.65 
 
 		 196 aa  104  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0137  LemA family protein  33.92 
 
 		 189 aa  104  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2626  hypothetical protein  33.52 
 
 		 208 aa  104  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3383  LemA family protein  38.15 
 
 		 193 aa  104  8e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.796761  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4380  LemA family protein  32.8 
 
 		 188 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56810  putative lemA-like protein  35.67 
 
 		 190 aa  103  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4207  LemA family protein  32.8 
 
 		 188 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4246  LemA family protein  32.8 
 
 		 188 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5847  LemA family protein  34.07 
 
 		 193 aa  103  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.871032 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1256  LemA family protein  37.66 
 
 		 194 aa  102  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0145592  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3482  LemA family protein  33.51 
 
 		 201 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.399994 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0552  LemA family protein  33.33 
 
 		 194 aa  102  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000777562  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1608  LemA family protein  32.53 
 
 		 191 aa  102  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0508234  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>