246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4985 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4985  LemA family protein  100 
 
 		 183 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4208  hypothetical protein  90.71 
 
 		 183 aa  350  5e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.735662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4313  hypothetical protein  90.16 
 
 		 183 aa  348  3e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3233  hypothetical protein  80.22 
 
 		 186 aa  306  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.791063  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2611  hypothetical protein  77.9 
 
 		 186 aa  298  3e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.286576 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4376  hypothetical protein  79.67 
 
 		 184 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.208442  normal  0.0458426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2315  hypothetical protein  76.37 
 
 		 185 aa  295  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1566  LemA family protein  57.46 
 
 		 183 aa  220  7e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12740  hypothetical protein  51.74 
 
 		 186 aa  174  6e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.250221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0575  LemA family protein  49.46 
 
 		 183 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0090  LemA family protein  54.55 
 
 		 184 aa  173  9.999999999999999e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0532  LemA family protein  48.92 
 
 		 183 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.258841 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2637  LemA family protein  46.41 
 
 		 184 aa  170  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.980645  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2258  LemA family protein  46.47 
 
 		 181 aa  168  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0720  LemA family protein  46.15 
 
 		 183 aa  167  9e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.198372  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1788  LemA family protein  49.09 
 
 		 208 aa  165  2.9999999999999998e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000175947  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1831  LemA family protein  49.09 
 
 		 187 aa  165  4e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00691191  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3528  LemA-like protein  51.37 
 
 		 187 aa  164  6.9999999999999995e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0378  LemA family protein  53.64 
 
 		 185 aa  164  9e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000407408  decreased coverage  1.42653e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2479  LemA family protein  47.25 
 
 		 201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.146939  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1607  LemA family protein  50.59 
 
 		 196 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2974  LemA family protein  49.12 
 
 		 189 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1210  LemA family protein  49.7 
 
 		 187 aa  162  3e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0283  LemA family protein  46.45 
 
 		 192 aa  161  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.646513  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1740  LemA family protein  46.7 
 
 		 201 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1832  hypothetical protein  45.83 
 
 		 198 aa  161  5.0000000000000005e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0906  LemA family protein  48.8 
 
 		 183 aa  160  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4520  LemA family protein  42.62 
 
 		 188 aa  159  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15394  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3645  LemA family protein  47.95 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3150  divalent cation transporter  48.37 
 
 		 196 aa  157  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0577  hypothetical protein  41.4 
 
 		 184 aa  155  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0316568  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1334  LemA family protein  46.32 
 
 		 188 aa  155  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000195542  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0276  LemA family protein  40.96 
 
 		 187 aa  155  4e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0874  LemA family protein  42.62 
 
 		 185 aa  154  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0938199  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0464  LemA family protein  50.54 
 
 		 182 aa  154  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.415614 
 
 
-
 
NC_002936  DET1586  hypothetical protein  49.41 
 
 		 188 aa  154  6e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000121977  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1528  LemA family protein  47.16 
 
 		 196 aa  154  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00267014  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0639  hypothetical protein  47.88 
 
 		 182 aa  154  9e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0244  LemA family protein  46.2 
 
 		 199 aa  152  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1628  hypothetical protein  40.88 
 
 		 184 aa  150  8e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.301554  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2260  LemA family protein  46.06 
 
 		 180 aa  149  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506129 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5170  LemA family protein  47.16 
 
 		 195 aa  149  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.212302 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000294  LemA protein  43.65 
 
 		 196 aa  149  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0155737  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0513  LemA family protein  43.53 
 
 		 184 aa  148  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2687  LemA family protein  48.15 
 
 		 189 aa  149  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.487448 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1468  LemA family protein  46.59 
 
 		 195 aa  147  6e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.510116  normal  0.223754 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1470  LemA  48.21 
 
 		 188 aa  147  8e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134272  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1382  LemA family protein  44.12 
 
 		 180 aa  144  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0756  cytoplasmic membrane protein  43.98 
 
 		 186 aa  144  5e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1494  LemA family protein  44.12 
 
 		 180 aa  144  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.389059  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1073  LemA family protein  45.88 
 
 		 194 aa  144  6e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0398  hypothetical protein  44.12 
 
 		 180 aa  144  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.43647  normal  0.0383484 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3638  LemA family protein  47.93 
 
 		 197 aa  144  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0753155 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1670  LemA family protein  46.67 
 
 		 186 aa  142  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0320592  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0344  hypothetical protein  46 
 
 		 186 aa  142  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0089  hypothetical protein  45.68 
 
 		 188 aa  142  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2025  LemA family protein  42.19 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0076  hypothetical protein  46.71 
 
 		 185 aa  140  8e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.071632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3741  LemA family protein  42.94 
 
 		 180 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56810  putative lemA-like protein  46.78 
 
 		 190 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0005  LemA family protein  45.96 
 
 		 191 aa  138  3.9999999999999997e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.141685  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1185  hypothetical protein  40.83 
 
 		 185 aa  138  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0911033  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2703  LemA family protein  42.94 
 
 		 180 aa  138  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.155911  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0033  LemA family protein  40.35 
 
 		 189 aa  138  4.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1068  hypothetical protein  44 
 
 		 192 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0548  hypothetical protein  38.07 
 
 		 189 aa  135  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.49212e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0165  LemA family protein  39.16 
 
 		 182 aa  135  4e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.743151 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1519  hypothetical protein  41.3 
 
 		 201 aa  135  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.268793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2124  LemA family protein  41.1 
 
 		 185 aa  133  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3704  LemA protein  41.57 
 
 		 192 aa  133  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0429675 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2798  LemA family protein  38.86 
 
 		 190 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0893  hypothetical protein  40.91 
 
 		 190 aa  132  1.9999999999999998e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0984123  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3325  LemA family protein  47.33 
 
 		 190 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0420769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5847  LemA family protein  40.1 
 
 		 193 aa  132  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.871032 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4440  hypothetical protein  44.38 
 
 		 197 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0360  hypothetical protein  38.04 
 
 		 196 aa  129  2.0000000000000002e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.193957 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0070  LemA family protein  40.94 
 
 		 181 aa  128  3e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0012  LemA family protein  41.33 
 
 		 212 aa  128  5.0000000000000004e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.417656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0241  LemA family protein  41.95 
 
 		 189 aa  127  8.000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35290  hypothetical protein  39.18 
 
 		 195 aa  125  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.448083 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1739  LemA family protein  36.2 
 
 		 187 aa  125  5e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.572678  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1608  LemA family protein  42.48 
 
 		 191 aa  125  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0508234  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1669  LemA family protein  42.01 
 
 		 208 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.39054  normal  0.0232057 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1702  LemA protein  43.51 
 
 		 187 aa  123  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.159811  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3965  LemA family protein  42.2 
 
 		 187 aa  122  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0955  LemA family protein  37.82 
 
 		 202 aa  122  3e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4336  LemA family protein  39.64 
 
 		 193 aa  122  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.54593 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3304  hypothetical protein  45.83 
 
 		 193 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.30627  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1403  LemA family protein  37.91 
 
 		 196 aa  121  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0415  hypothetical protein  34.54 
 
 		 197 aa  121  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.852272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1774  LemA family protein  39.58 
 
 		 201 aa  121  6e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.119013  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2020  LemA family protein  39.69 
 
 		 211 aa  121  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2297  LemA family protein  39.69 
 
 		 211 aa  121  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0145217 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1982  LemA family protein  38.83 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.400761 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3383  LemA family protein  46.58 
 
 		 193 aa  120  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.796761  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1822  hypothetical protein  39.63 
 
 		 207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1754  hypothetical protein  39.63 
 
 		 207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0999  LemA family protein  39.16 
 
 		 194 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3226  hypothetical protein  39.06 
 
 		 208 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.969393  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3602  LemA family protein  36.51 
 
 		 217 aa  119  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>