245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4208 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4208  hypothetical protein  100 
 
 		 183 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.735662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4313  hypothetical protein  98.36 
 
 		 183 aa  370  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4985  LemA family protein  90.71 
 
 		 183 aa  350  5e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3233  hypothetical protein  83.52 
 
 		 186 aa  317  6e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.791063  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2611  hypothetical protein  83.52 
 
 		 186 aa  314  5e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.286576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2315  hypothetical protein  79.12 
 
 		 185 aa  304  4.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4376  hypothetical protein  79.12 
 
 		 184 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.208442  normal  0.0458426 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1566  LemA family protein  61.33 
 
 		 183 aa  232  3e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0090  LemA family protein  56.36 
 
 		 184 aa  181  6e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2637  LemA family protein  48.62 
 
 		 184 aa  178  4e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.980645  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12740  hypothetical protein  53.33 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.250221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0575  LemA family protein  48.39 
 
 		 183 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0532  LemA family protein  47.31 
 
 		 183 aa  170  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.258841 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0378  LemA family protein  54.3 
 
 		 185 aa  167  6e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000407408  decreased coverage  1.42653e-16 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2258  LemA family protein  46.47 
 
 		 181 aa  167  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3528  LemA-like protein  51.91 
 
 		 187 aa  166  1e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4520  LemA family protein  43.72 
 
 		 188 aa  166  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0283  LemA family protein  47.75 
 
 		 192 aa  165  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.646513  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1607  LemA family protein  51.18 
 
 		 196 aa  165  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1788  LemA family protein  49.09 
 
 		 208 aa  165  4e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000175947  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0720  LemA family protein  43.96 
 
 		 183 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.198372  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1210  LemA family protein  50.91 
 
 		 187 aa  164  5.9999999999999996e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1831  LemA family protein  49.09 
 
 		 187 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00691191  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2479  LemA family protein  46.7 
 
 		 201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.146939  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2974  LemA family protein  49.12 
 
 		 189 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0577  hypothetical protein  43.55 
 
 		 184 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0316568  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1832  hypothetical protein  46.35 
 
 		 198 aa  162  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3645  LemA family protein  48.54 
 
 		 249 aa  161  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0639  hypothetical protein  48.48 
 
 		 182 aa  160  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1740  LemA family protein  45.6 
 
 		 201 aa  159  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0906  LemA family protein  50 
 
 		 183 aa  158  4e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2260  LemA family protein  47.88 
 
 		 180 aa  157  9e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506129 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3150  divalent cation transporter  46.7 
 
 		 196 aa  156  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0874  LemA family protein  43.17 
 
 		 185 aa  154  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0938199  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1528  LemA family protein  46.59 
 
 		 196 aa  154  6e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00267014  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1586  hypothetical protein  48.81 
 
 		 188 aa  154  7e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000121977  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2687  LemA family protein  49.38 
 
 		 189 aa  154  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.487448 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1334  LemA family protein  46.84 
 
 		 188 aa  153  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000195542  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0244  LemA family protein  45.65 
 
 		 199 aa  152  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000294  LemA protein  44.75 
 
 		 196 aa  152  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0155737  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0464  LemA family protein  46.74 
 
 		 182 aa  151  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.415614 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5170  LemA family protein  47.16 
 
 		 195 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.212302 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1628  hypothetical protein  40.33 
 
 		 184 aa  149  2e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.301554  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0276  LemA family protein  38.83 
 
 		 187 aa  149  2e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0344  hypothetical protein  48 
 
 		 186 aa  149  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1073  LemA family protein  47.06 
 
 		 194 aa  148  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1468  LemA family protein  46.02 
 
 		 195 aa  148  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.510116  normal  0.223754 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1382  LemA family protein  41.07 
 
 		 180 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1494  LemA family protein  41.07 
 
 		 180 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.389059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0398  hypothetical protein  41.07 
 
 		 180 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.43647  normal  0.0383484 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1470  LemA  48.21 
 
 		 188 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134272  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0513  LemA family protein  43.45 
 
 		 184 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0089  hypothetical protein  44.13 
 
 		 188 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0756  cytoplasmic membrane protein  43.37 
 
 		 186 aa  144  6e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2025  LemA family protein  41.67 
 
 		 195 aa  144  9e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1670  LemA family protein  46.06 
 
 		 186 aa  143  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0320592  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0165  LemA family protein  40.36 
 
 		 182 aa  142  3e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.743151 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0076  hypothetical protein  44.91 
 
 		 185 aa  141  6e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.071632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3741  LemA family protein  42.35 
 
 		 180 aa  140  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3638  LemA family protein  46.15 
 
 		 197 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0753155 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1185  hypothetical protein  41.52 
 
 		 185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0911033  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1519  hypothetical protein  41.85 
 
 		 201 aa  139  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.268793 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2703  LemA family protein  41.76 
 
 		 180 aa  138  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.155911  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1068  hypothetical protein  45.14 
 
 		 192 aa  137  7.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0548  hypothetical protein  38.07 
 
 		 189 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.49212e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0005  LemA family protein  44.1 
 
 		 191 aa  135  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.141685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56810  putative lemA-like protein  45.03 
 
 		 190 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3704  LemA protein  41.01 
 
 		 192 aa  134  7.000000000000001e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0429675 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0033  LemA family protein  39.18 
 
 		 189 aa  133  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0241  LemA family protein  42.53 
 
 		 189 aa  133  9.999999999999999e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2124  LemA family protein  39.88 
 
 		 185 aa  132  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2798  LemA family protein  38.73 
 
 		 190 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0360  hypothetical protein  39.66 
 
 		 196 aa  129  2.0000000000000002e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.193957 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35290  hypothetical protein  40.35 
 
 		 195 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.448083 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0070  LemA family protein  41.18 
 
 		 181 aa  129  3e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4440  hypothetical protein  43.93 
 
 		 197 aa  128  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3325  LemA family protein  46.67 
 
 		 190 aa  129  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0420769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3965  LemA family protein  43.35 
 
 		 187 aa  128  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0012  LemA family protein  39.29 
 
 		 212 aa  127  6e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.417656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1739  LemA family protein  36.81 
 
 		 187 aa  127  7.000000000000001e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.572678  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5847  LemA family protein  36.98 
 
 		 193 aa  127  9.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.871032 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0893  hypothetical protein  37.29 
 
 		 190 aa  125  3e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0984123  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1608  LemA family protein  41.83 
 
 		 191 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0508234  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1437  hypothetical protein  42.48 
 
 		 198 aa  125  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.323013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2020  LemA family protein  39.18 
 
 		 211 aa  124  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2297  LemA family protein  39.18 
 
 		 211 aa  124  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0145217 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21021  hypothetical protein  40.36 
 
 		 188 aa  124  7e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.617296 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1669  LemA family protein  43.2 
 
 		 208 aa  124  8.000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.39054  normal  0.0232057 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1982  LemA family protein  38.66 
 
 		 211 aa  123  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.400761 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0415  hypothetical protein  34.2 
 
 		 197 aa  123  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.852272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1403  LemA family protein  40.23 
 
 		 196 aa  123  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1702  LemA protein  40.99 
 
 		 187 aa  123  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.159811  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0999  LemA family protein  39.76 
 
 		 194 aa  122  4e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1298  hypothetical protein  42.78 
 
 		 202 aa  121  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0324719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3731  LemA family protein  43.23 
 
 		 179 aa  121  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.16009  normal  0.0304195 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3304  hypothetical protein  44.64 
 
 		 193 aa  121  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.30627  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4336  LemA family protein  35.42 
 
 		 193 aa  121  7e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.54593 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2159  LemA family protein  41.51 
 
 		 197 aa  120  8e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0955  LemA family protein  37.19 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3226  hypothetical protein  37.43 
 
 		 208 aa  119  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.969393  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>