245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4376 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4376  hypothetical protein  100 
 
 
184 aa  373  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.208442  normal  0.0458426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4313  hypothetical protein  79.67 
 
 
183 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4208  hypothetical protein  79.12 
 
 
183 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.735662  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3233  hypothetical protein  79.67 
 
 
186 aa  298  4e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.791063  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2315  hypothetical protein  78.02 
 
 
185 aa  297  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176373  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2611  hypothetical protein  79.56 
 
 
186 aa  297  7e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.286576 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4985  LemA family protein  79.67 
 
 
183 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1566  LemA family protein  55.98 
 
 
183 aa  206  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0090  LemA family protein  53.29 
 
 
184 aa  174  7e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1210  LemA family protein  49.42 
 
 
187 aa  171  5e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0283  LemA family protein  46.49 
 
 
192 aa  169  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.646513  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1586  hypothetical protein  50.57 
 
 
188 aa  167  8e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000121977  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12740  hypothetical protein  47.62 
 
 
186 aa  167  9e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.250221  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2637  LemA family protein  46.96 
 
 
184 aa  167  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.980645  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2258  LemA family protein  45.51 
 
 
181 aa  166  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0378  LemA family protein  52.67 
 
 
185 aa  164  5.9999999999999996e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000407408  decreased coverage  1.42653e-16 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1831  LemA family protein  48.48 
 
 
187 aa  164  9e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00691191  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1788  LemA family protein  48.48 
 
 
208 aa  164  9e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000175947  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3528  LemA-like protein  52 
 
 
187 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1528  LemA family protein  49.43 
 
 
196 aa  162  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00267014  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0720  LemA family protein  44.51 
 
 
183 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.198372  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2479  LemA family protein  46.7 
 
 
201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.146939  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0244  LemA family protein  49.19 
 
 
199 aa  162  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4520  LemA family protein  44.51 
 
 
188 aa  162  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15394  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0532  LemA family protein  48.13 
 
 
183 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.258841 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1832  hypothetical protein  44.9 
 
 
198 aa  161  5.0000000000000005e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0575  LemA family protein  47.59 
 
 
183 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0906  LemA family protein  46.39 
 
 
183 aa  161  6e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1740  LemA family protein  46.15 
 
 
201 aa  160  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1607  LemA family protein  46.7 
 
 
196 aa  160  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5170  LemA family protein  49.44 
 
 
195 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.212302 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0639  hypothetical protein  48.21 
 
 
182 aa  159  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1334  LemA family protein  46.74 
 
 
188 aa  158  5e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000195542  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3150  divalent cation transporter  47.28 
 
 
196 aa  157  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0276  LemA family protein  41.27 
 
 
187 aa  157  6e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2260  LemA family protein  47.88 
 
 
180 aa  157  8e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000506129 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2974  LemA family protein  48.54 
 
 
189 aa  157  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1468  LemA family protein  48.88 
 
 
195 aa  157  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.510116  normal  0.223754 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3638  LemA family protein  46.81 
 
 
197 aa  156  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0753155 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1670  LemA family protein  45.61 
 
 
186 aa  156  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0320592  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3645  LemA family protein  47.95 
 
 
249 aa  155  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0874  LemA family protein  43.78 
 
 
185 aa  154  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0938199  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1470  LemA  48.82 
 
 
188 aa  152  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134272  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2687  LemA family protein  49.38 
 
 
189 aa  151  5e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.487448 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0577  hypothetical protein  42.94 
 
 
184 aa  150  8e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0316568  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1073  LemA family protein  42.22 
 
 
194 aa  150  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000294  LemA protein  44.2 
 
 
196 aa  149  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0155737  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1628  hypothetical protein  39.34 
 
 
184 aa  148  4e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.301554  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0464  LemA family protein  48.88 
 
 
182 aa  147  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.415614 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3741  LemA family protein  44.91 
 
 
180 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2703  LemA family protein  44.91 
 
 
180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.155911  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1382  LemA family protein  42.51 
 
 
180 aa  144  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.617607  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0513  LemA family protein  46.41 
 
 
184 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1494  LemA family protein  42.51 
 
 
180 aa  144  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.389059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0398  hypothetical protein  42.51 
 
 
180 aa  144  9e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.43647  normal  0.0383484 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0070  LemA family protein  43.86 
 
 
181 aa  143  1e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4440  hypothetical protein  42.25 
 
 
197 aa  142  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2025  LemA family protein  41.75 
 
 
195 aa  142  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0344  hypothetical protein  46.31 
 
 
186 aa  141  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0756  cytoplasmic membrane protein  43.11 
 
 
186 aa  140  7e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1185  hypothetical protein  39.88 
 
 
185 aa  140  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0911033  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1068  hypothetical protein  47.16 
 
 
192 aa  140  9.999999999999999e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0076  hypothetical protein  42.47 
 
 
185 aa  138  3e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.071632  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0089  hypothetical protein  42.31 
 
 
188 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0165  LemA family protein  39.64 
 
 
182 aa  136  2e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.743151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56810  putative lemA-like protein  44.13 
 
 
190 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0033  LemA family protein  37.43 
 
 
189 aa  135  4e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0360  hypothetical protein  40.32 
 
 
196 aa  134  8e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.193957 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1519  hypothetical protein  39.46 
 
 
201 aa  134  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.268793 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3704  LemA protein  40.32 
 
 
192 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0429675 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2124  LemA family protein  40.24 
 
 
185 aa  132  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3325  LemA family protein  44.23 
 
 
190 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0420769  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0005  LemA family protein  42.94 
 
 
191 aa  132  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.141685  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5847  LemA family protein  38.86 
 
 
193 aa  132  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.871032 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0548  hypothetical protein  37.99 
 
 
189 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.49212e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35290  hypothetical protein  42.11 
 
 
195 aa  129  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.448083 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3965  LemA family protein  43.35 
 
 
187 aa  128  5.0000000000000004e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2297  LemA family protein  43.41 
 
 
211 aa  127  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0145217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2020  LemA family protein  43.41 
 
 
211 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3304  hypothetical protein  46.11 
 
 
193 aa  127  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.30627  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4336  LemA family protein  37.37 
 
 
193 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.54593 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1822  LemA family protein  38.92 
 
 
200 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.29832  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1982  LemA family protein  42.39 
 
 
211 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.400761 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1739  LemA family protein  37.42 
 
 
187 aa  126  2.0000000000000002e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.572678  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2798  LemA family protein  40 
 
 
190 aa  124  6e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0241  LemA family protein  40.83 
 
 
189 aa  124  7e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0415  hypothetical protein  34.69 
 
 
197 aa  124  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.852272  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0811  hypothetical protein  38.62 
 
 
210 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1437  hypothetical protein  40.65 
 
 
198 aa  123  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.323013  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3383  LemA family protein  46.02 
 
 
193 aa  123  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.796761  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3874  LemA family protein  38.27 
 
 
211 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.14771 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0634  LemA protein  41.18 
 
 
187 aa  123  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1702  LemA protein  40 
 
 
187 aa  122  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.159811  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1403  LemA family protein  37.29 
 
 
196 aa  122  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3447  LemA family protein  44.32 
 
 
193 aa  122  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1822  hypothetical protein  41.14 
 
 
207 aa  122  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1669  LemA family protein  42.6 
 
 
208 aa  122  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.39054  normal  0.0232057 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1754  hypothetical protein  41.14 
 
 
207 aa  122  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6372  LemA family protein  39.8 
 
 
246 aa  120  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00757602  normal  0.786314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1221  LemA family protein  39.58 
 
 
211 aa  120  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>