More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2984 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1903  glutamate synthase domain-containing protein  75.44 
 
 		 515 aa  835    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0329367  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0489  ferredoxin-dependent glutamate synthase  65.1 
 
 		 502 aa  684    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2957  ferredoxin-dependent glutamate synthase  64.72 
 
 		 510 aa  677    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2984  ferredoxin-dependent glutamate synthase  100 
 
 		 516 aa  1065    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3227  ferredoxin-dependent glutamate synthase  74.56 
 
 		 514 aa  821    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3552  ferredoxin-dependent glutamate synthase  81.71 
 
 		 516 aa  873    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000267  glutamate synthase [NADPH] large chain  76.77 
 
 		 466 aa  757    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1518  Glutamate synthase (NADPH)  63.76 
 
 		 518 aa  693    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.532472  hitchhiker  0.00131604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3007  ferredoxin-dependent glutamate synthase  81.2 
 
 		 516 aa  895    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.806511 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3121  ferredoxin-dependent glutamate synthase  64.75 
 
 		 535 aa  558  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0236823  normal  0.274657 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1804  ferredoxin-dependent glutamate synthase  60.5 
 
 		 440 aa  502  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.922442  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2315  ferredoxin-dependent glutamate synthase  59.36 
 
 		 546 aa  484  1e-135  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.382299 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2083  ferredoxin-dependent glutamate synthase  58.82 
 
 		 547 aa  469  1.0000000000000001e-131  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1229  ferredoxin-dependent glutamate synthase  56.65 
 
 		 545 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.610948  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2461  Glutamate synthase (NADPH)  41.34 
 
 		 529 aa  357  3.9999999999999996e-97  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1570  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  48.11 
 
 		 529 aa  356  6.999999999999999e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0954  Glutamate synthase (NADPH)  45.35 
 
 		 529 aa  355  2e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0092  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  40.8 
 
 		 496 aa  323  4e-87  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.554506  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1225  ferredoxin-dependent glutamate synthase  43.43 
 
 		 492 aa  323  6e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0333  glutamate synthase (NADPH)  38.35 
 
 		 505 aa  209  1e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.495212  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1079  glutamate synthase (NADPH)  36.54 
 
 		 510 aa  206  1e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.592845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2709  Glutamate synthase (NADPH)  37.12 
 
 		 502 aa  204  3e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0546  Glutamate synthase (NADPH)  34.31 
 
 		 507 aa  203  5e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0113147 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0868  glutamate synthase (NADPH)  36.22 
 
 		 510 aa  203  6e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00172644  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1597  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  36.22 
 
 		 510 aa  203  8e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.322339  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1691  glutamate synthase (NADPH)  36.07 
 
 		 503 aa  202  9e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.528981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16300  Glutamate synthase (NADPH)  33.99 
 
 		 500 aa  202  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0221938  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2018  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.49 
 
 		 472 aa  201  3e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1301  glutamate synthase (NADPH)  35.58 
 
 		 510 aa  201  3e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0212  glutamate synthase (NADPH)  36.96 
 
 		 497 aa  200  6e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2137  glutamate synthase (NADPH)  35.14 
 
 		 502 aa  199  7.999999999999999e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1814  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  33.6 
 
 		 507 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0664  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  35.28 
 
 		 503 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.633094 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2025  glutamate synthase (NADPH)  38.8 
 
 		 530 aa  198  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1344  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.61 
 
 		 441 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1337  glutamate synthase (NADPH)  32.9 
 
 		 507 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.958593 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0523  glutamate synthase (NADPH)  33.33 
 
 		 507 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.55997  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0537  glutamate synthase (NADPH)  33.33 
 
 		 507 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0198  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  33.33 
 
 		 501 aa  196  9e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0029  glutamate synthase (NADPH)  39.51 
 
 		 741 aa  196  1e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1995  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.46 
 
 		 530 aa  194  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17300  glutamate synthase (NADPH) large subunit  31.03 
 
 		 437 aa  194  5e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2360  Glutamate synthase (NADPH)  32.94 
 
 		 502 aa  192  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.235602  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0781  glutamate synthase (NADPH)  36.28 
 
 		 503 aa  192  2e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0188816  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1239  glutamate synthase-related protein  33.86 
 
 		 509 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3233  ferredoxin-dependent glutamate synthase  36.61 
 
 		 496 aa  191  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.388042  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3353  ferredoxin-dependent glutamate synthase  36.86 
 
 		 496 aa  189  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0600  ferredoxin-dependent glutamate synthase  36.86 
 
 		 496 aa  189  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0806  ferredoxin-dependent glutamate synthase  36.04 
 
 		 496 aa  189  8e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.235708  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1292  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  38.64 
 
 		 502 aa  189  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363747 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0750  glutamate synthase, putative  35.41 
 
 		 496 aa  188  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0957  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  33.15 
 
 		 500 aa  188  2e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.653223  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_946  glutamate synthase-like protein, gltB-like fragment  33.42 
 
 		 500 aa  188  2e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1128  glutamate synthase, alpha subunit, putative  33.42 
 
 		 500 aa  187  3e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.147695  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3699  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.71 
 
 		 496 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0656612  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3823  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.71 
 
 		 496 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3641  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.71 
 
 		 496 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.906462  normal  0.15864 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1756  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  34.12 
 
 		 509 aa  187  6e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.314576  normal  0.0683666 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3469  glutamate synthase, large subunit  33.23 
 
 		 529 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.185873 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2585  glutamate synthase family protein  35.1 
 
 		 446 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00726879  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2250  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.95 
 
 		 441 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2501  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  32.51 
 
 		 460 aa  184  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.267464  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2494  glutamate synthase (NADPH)  33.86 
 
 		 509 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.12803  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2276  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.1 
 
 		 446 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.574266  normal  0.0105692 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3523  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.95 
 
 		 496 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1811  glutamate synthase (NADPH)  34.72 
 
 		 685 aa  183  8.000000000000001e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.172314  hitchhiker  0.0000101045 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0633  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.63 
 
 		 495 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.247111  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0829  glutamate synthase (NADPH)  36.66 
 
 		 681 aa  182  1e-44  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.37412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1093  glutamate synthase (NADPH)  34.62 
 
 		 510 aa  182  1e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1701  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.07 
 
 		 448 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3465  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  34.6 
 
 		 440 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57505  normal  0.540858 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0459  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  34.6 
 
 		 444 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.982817  normal  0.408625 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2312  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.94 
 
 		 527 aa  180  4.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3307  ferredoxin-dependent glutamate synthase  32.86 
 
 		 520 aa  180  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6830  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.05 
 
 		 526 aa  179  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0867  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.43 
 
 		 507 aa  179  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10003  glutamate synthase  33.23 
 
 		 538 aa  178  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1741  Glutamate synthase (NADPH)  36.67 
 
 		 747 aa  177  4e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.831135  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1884  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  36.95 
 
 		 712 aa  177  6e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.95621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12620  glutamate synthase family protein  33.62 
 
 		 522 aa  176  8e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0776203 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0688  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.12 
 
 		 536 aa  176  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0348846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0559  glutamate synthase (NADPH)  33.24 
 
 		 501 aa  176  8e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3522  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.59 
 
 		 458 aa  176  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0650047 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1303  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.93 
 
 		 547 aa  176  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5921  ferredoxin-dependent glutamate synthase  31.76 
 
 		 455 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5847  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.6 
 
 		 534 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556546 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3073  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.09 
 
 		 572 aa  175  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0761319  normal  0.821908 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4011  glutamate synthase (NADPH)  33.83 
 
 		 536 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1944  putative large subunit of glutamate synthase  35.11 
 
 		 441 aa  173  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.438663 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0988  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.91 
 
 		 533 aa  173  6.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2019  putative glutamate synthase [NADPH] large chain  33.15 
 
 		 535 aa  173  6.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.054741 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5008  ferredoxin-dependent glutamate synthase  31.75 
 
 		 531 aa  173  6.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2546  glutamate synthase (NADPH)  33.83 
 
 		 537 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.341108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5751  glutamate synthase large subunit  32.49 
 
 		 442 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4697  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.6 
 
 		 445 aa  172  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0169  ferredoxin-dependent glutamate synthase  32.18 
 
 		 456 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1136  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.33 
 
 		 441 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.296135 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1911  glutamate synthase, putative  32.75 
 
 		 511 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1907  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.23 
 
 		 581 aa  171  3e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1544  glutamate synthase (NADPH)  33.15 
 
 		 536 aa  171  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.443083  normal  0.726905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>