More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3465 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1658  ferredoxin-dependent glutamate synthase  81.82 
 
 
447 aa  674    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4697  ferredoxin-dependent glutamate synthase  83.26 
 
 
445 aa  674    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2585  glutamate synthase family protein  97.22 
 
 
446 aa  794    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00726879  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1944  putative large subunit of glutamate synthase  81.15 
 
 
441 aa  667    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.438663 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1297  ferredoxin-dependent glutamate synthase  81.18 
 
 
454 aa  682    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.361733  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2276  ferredoxin-dependent glutamate synthase  96.11 
 
 
446 aa  794    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.574266  normal  0.0105692 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3522  ferredoxin-dependent glutamate synthase  84.69 
 
 
458 aa  699    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0650047 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6577  ferredoxin-dependent glutamate synthase  79.32 
 
 
442 aa  670    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0337606 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1573  ferredoxin-dependent glutamate synthase  81.82 
 
 
448 aa  674    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3293  ferredoxin-dependent glutamate synthase  79.32 
 
 
442 aa  662    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1344  ferredoxin-dependent glutamate synthase  83.14 
 
 
441 aa  684    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3465  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  100 
 
 
440 aa  894    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57505  normal  0.540858 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1136  ferredoxin-dependent glutamate synthase  81.32 
 
 
441 aa  681    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.296135 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2634  ferredoxin-dependent glutamate synthase  83.22 
 
 
444 aa  680    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0459  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  84.49 
 
 
444 aa  699    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.982817  normal  0.408625 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4804  ferredoxin-dependent glutamate synthase  82.45 
 
 
447 aa  681    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.375524  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5263  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  81.12 
 
 
446 aa  684    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.26474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3031  ferredoxin-dependent glutamate synthase  81.59 
 
 
446 aa  655    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.575144 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2250  ferredoxin-dependent glutamate synthase  95.89 
 
 
441 aa  796    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4895  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  81.12 
 
 
446 aa  684    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5512  ferredoxin-dependent glutamate synthase  82.83 
 
 
447 aa  688    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.249852 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5751  glutamate synthase large subunit  79.32 
 
 
442 aa  668    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5640  ferredoxin-dependent glutamate synthase  80 
 
 
442 aa  674    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0331257  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4808  ferredoxin-dependent glutamate synthase  80.51 
 
 
442 aa  667    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0816928  hitchhiker  0.0054925 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1940  ferredoxin-dependent glutamate synthase  81.59 
 
 
447 aa  673    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4984  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  81.12 
 
 
446 aa  684    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6006  ferredoxin-dependent glutamate synthase  79.09 
 
 
442 aa  667    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.762875  hitchhiker  0.00902062 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1868  putative glutamate synthase large subunit-like protein  76.64 
 
 
444 aa  630  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.553438  normal  0.798632 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2501  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  69.02 
 
 
460 aa  555  1e-157  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.267464  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5921  ferredoxin-dependent glutamate synthase  69.04 
 
 
455 aa  551  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0169  ferredoxin-dependent glutamate synthase  65.42 
 
 
456 aa  528  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1701  ferredoxin-dependent glutamate synthase  69.05 
 
 
448 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1225  ferredoxin-dependent glutamate synthase  37.2 
 
 
492 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2461  Glutamate synthase (NADPH)  37.56 
 
 
529 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0092  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  35.84 
 
 
496 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.554506  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0664  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  36.82 
 
 
503 aa  233  5e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.633094 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1518  Glutamate synthase (NADPH)  35.95 
 
 
518 aa  232  1e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.532472  hitchhiker  0.00131604 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0489  ferredoxin-dependent glutamate synthase  37.16 
 
 
502 aa  230  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0212  glutamate synthase (NADPH)  36.99 
 
 
497 aa  229  6e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1229  ferredoxin-dependent glutamate synthase  38.97 
 
 
545 aa  229  7e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.610948  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3007  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.51 
 
 
516 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.806511 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1570  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  36.03 
 
 
529 aa  227  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3121  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.52 
 
 
535 aa  226  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0236823  normal  0.274657 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3552  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.1 
 
 
516 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2360  Glutamate synthase (NADPH)  37.29 
 
 
502 aa  224  3e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.235602  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0523  glutamate synthase (NADPH)  37.75 
 
 
507 aa  223  4e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.55997  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0954  Glutamate synthase (NADPH)  35.77 
 
 
529 aa  223  4e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0537  glutamate synthase (NADPH)  37.75 
 
 
507 aa  223  4e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2025  glutamate synthase (NADPH)  37.16 
 
 
530 aa  223  6e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1903  glutamate synthase domain-containing protein  33.1 
 
 
515 aa  222  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0329367  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2984  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.6 
 
 
516 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1292  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  36.04 
 
 
502 aa  221  3e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00363747 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0781  glutamate synthase (NADPH)  36.1 
 
 
503 aa  220  3e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0188816  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0868  glutamate synthase (NADPH)  35.09 
 
 
510 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00172644  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3227  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.68 
 
 
514 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1597  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  35.09 
 
 
510 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.322339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0198  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  34.77 
 
 
501 aa  219  1e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2709  Glutamate synthase (NADPH)  35.46 
 
 
502 aa  218  1e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2137  glutamate synthase (NADPH)  37.05 
 
 
502 aa  218  1e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1079  glutamate synthase (NADPH)  34.86 
 
 
510 aa  218  2e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.592845  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0333  glutamate synthase (NADPH)  35.95 
 
 
505 aa  216  5e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.495212  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1691  glutamate synthase (NADPH)  34.67 
 
 
503 aa  216  7e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.528981  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_946  glutamate synthase-like protein, gltB-like fragment  35.78 
 
 
500 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2957  ferredoxin-dependent glutamate synthase  32.62 
 
 
510 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1301  glutamate synthase (NADPH)  34 
 
 
510 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1128  glutamate synthase, alpha subunit, putative  35.78 
 
 
500 aa  213  7.999999999999999e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.147695  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0957  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  34.98 
 
 
500 aa  209  6e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.653223  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000267  glutamate synthase [NADPH] large chain  33.26 
 
 
466 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1337  glutamate synthase (NADPH)  33.81 
 
 
507 aa  208  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.958593 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1814  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  34.2 
 
 
507 aa  204  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16300  Glutamate synthase (NADPH)  34.62 
 
 
500 aa  203  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0221938  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0559  glutamate synthase (NADPH)  35.73 
 
 
501 aa  201  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0546  Glutamate synthase (NADPH)  33.33 
 
 
507 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0113147 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1239  glutamate synthase-related protein  33.02 
 
 
509 aa  193  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2315  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.93 
 
 
546 aa  194  4e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.382299 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1804  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.99 
 
 
440 aa  193  5e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.922442  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2494  glutamate synthase (NADPH)  32.09 
 
 
509 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.12803  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2083  ferredoxin-dependent glutamate synthase  32.99 
 
 
547 aa  183  6e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1756  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  32.56 
 
 
509 aa  181  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.314576  normal  0.0683666 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1093  glutamate synthase (NADPH)  33.81 
 
 
510 aa  179  9e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4363  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.46 
 
 
466 aa  171  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0867  ferredoxin-dependent glutamate synthase  35.69 
 
 
507 aa  169  9e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2018  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.89 
 
 
472 aa  165  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3307  ferredoxin-dependent glutamate synthase  30.27 
 
 
520 aa  163  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1322  ferredoxin-dependent glutamate synthase  32.05 
 
 
453 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1884  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  37.98 
 
 
712 aa  159  8e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.95621  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0029  glutamate synthase (NADPH)  33.51 
 
 
741 aa  159  1e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0279  glutamate synthase (ferredoxin)  32.31 
 
 
539 aa  157  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1911  glutamate synthase, putative  33.06 
 
 
511 aa  156  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1741  Glutamate synthase (NADPH)  38.65 
 
 
747 aa  156  7e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.831135  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1811  glutamate synthase (NADPH)  34.71 
 
 
685 aa  156  7e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.172314  hitchhiker  0.0000101045 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17300  glutamate synthase (NADPH) large subunit  33.61 
 
 
437 aa  156  8e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1101  glutamate synthase (NADPH)  35.46 
 
 
684 aa  154  2e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.338613 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1608  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  38.55 
 
 
693 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0829  glutamate synthase (NADPH)  34.56 
 
 
681 aa  152  8e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.37412  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3233  ferredoxin-dependent glutamate synthase  29.18 
 
 
496 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.388042  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6830  ferredoxin-dependent glutamate synthase  31.75 
 
 
526 aa  151  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0750  glutamate synthase, putative  31.93 
 
 
496 aa  150  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1907  ferredoxin-dependent glutamate synthase  29.67 
 
 
581 aa  150  4e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0813  glutamate synthase (NADPH)  30.73 
 
 
600 aa  150  5e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.279558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>