63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0109 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0109  general secretion pathway protein H  100 
 
 		 190 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3563  general secretion pathway protein H  66.84 
 
 		 190 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0170  general secretion pathway protein H  66.84 
 
 		 190 aa  262  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0155  general secretion pathway protein H  66.84 
 
 		 190 aa  262  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0157  general secretion pathway protein H  64.21 
 
 		 204 aa  256  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0153  general secretion pathway protein H  63.68 
 
 		 191 aa  254  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4202  general secretion pathway protein H  63.68 
 
 		 191 aa  254  7e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0157  general secretion pathway protein H  63.68 
 
 		 191 aa  254  7e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0155  general secretion pathway protein H  68.24 
 
 		 170 aa  242  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0160  general secretion pathway protein H  68.24 
 
 		 170 aa  242  3e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.90437 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4730  general secretion pathway protein H  62.84 
 
 		 193 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.129836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0125  general secretion pathway protein H  60.62 
 
 		 195 aa  225  4e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3615  general secretion pathway protein H  63.24 
 
 		 192 aa  221  7e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4354  general secretion pathway protein H  61.96 
 
 		 190 aa  214  5e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0173  general secretion pathway protein H  57.53 
 
 		 189 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0148  general secretion pathway protein H  57.53 
 
 		 210 aa  206  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0235  general secretion pathway protein H  36.75 
 
 		 202 aa  101  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4587  general secretion pathway protein H  30.86 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.248042  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2390  general secretion pathway protein H  29.73 
 
 		 180 aa  79.3  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000294923 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24040  general secretion pathway outer membrane protein H precursor  29.22 
 
 		 172 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3243  general secretion pathway protein GspH  31.18 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.793793 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2033  general secretion pathway protein H  29.22 
 
 		 172 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3423  general secretion pathway protein H  31.18 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3134  general secretion pathway protein H  30.65 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02834  GspH, hypothetical type II secretion protein  30.65 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000472105  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3408  general secretion pathway protein GspH  30.65 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2920  general secretion pathway protein H precursor  30.38 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03960  putative general secretion pathway protein H precursor  34.27 
 
 		 208 aa  67  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001888  general secretion pathway protein H  31.55 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0101  general secretion pathway protein H  28 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1352  general secretion pathway protein H  26.38 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0232  general secretion pathway protein H  29.63 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2302  general secretion pathway protein H  33.54 
 
 		 194 aa  61.2  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2373  general secretion pathway protein H  28.12 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.495108  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02784  hypothetical protein  28.49 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000039643  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2922  general secretion pathway protein H  25.56 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252681  normal  0.157804 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3576  hypothetical protein  24.62 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0384  general secretion pathway protein H  25.44 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0384  general secretion pathway protein H  25.44 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3523  general secretion pathway protein H  25.44 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1303  general secretion pathway protein H  27.27 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1474  general secretion pathway protein H  23.08 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03131  hypothetical protein  24.85 
 
 		 169 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03180  predicted general secretory pathway component, cryptic  24.85 
 
 		 169 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00605  general secretion pathway protein H  28.49 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4496  general secretion pathway protein H  32.35 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818073  normal  0.141626 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3513  general secretion pathway protein H  29.7 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2780  general secretion pathway protein H  29.7 
 
 		 196 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0225  general secretion pathway protein H  29.7 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0385  general secretion pathway protein H  29.12 
 
 		 178 aa  49.7  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1885  general secretion pathway protein H  29.7 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.096237  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0013  general secretion pathway protein H  29.7 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0013  general secretion pathway protein H  29.7 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.036848  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2667  general secretion pathway protein H  29.7 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.668264  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0012  general secretion pathway protein H  28.71 
 
 		 196 aa  48.5  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3195  general secretion pathway protein H  31.17 
 
 		 150 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.255687  hitchhiker  0.00307792 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2203  general secretion pathway protein H  27.17 
 
 		 148 aa  46.2  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0134021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3941  general secretion pathway protein H  29.7 
 
 		 193 aa  45.4  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3075  general secretion pathway protein H  31.13 
 
 		 191 aa  44.3  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021149 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1416  general secretion pathway protein H  27.64 
 
 		 188 aa  44.3  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1383  general secretion pathway protein H  29.03 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.364333  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4832  general secretion pathway protein H  29.87 
 
 		 149 aa  42.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1897  general secretion pathway protein H  24.51 
 
 		 172 aa  41.2  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>