53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0170 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0170  general secretion pathway protein H  100 
 
 		 190 aa  380  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0155  general secretion pathway protein H  94.74 
 
 		 190 aa  366  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3563  general secretion pathway protein H  87.89 
 
 		 190 aa  344  5e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0157  general secretion pathway protein H  86.39 
 
 		 204 aa  342  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0153  general secretion pathway protein H  85.86 
 
 		 191 aa  339  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0157  general secretion pathway protein H  85.86 
 
 		 191 aa  339  1e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4202  general secretion pathway protein H  85.86 
 
 		 191 aa  339  1e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0160  general secretion pathway protein H  96.47 
 
 		 170 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.90437 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0155  general secretion pathway protein H  96.47 
 
 		 170 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0109  general secretion pathway protein H  66.84 
 
 		 190 aa  262  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4730  general secretion pathway protein H  68.28 
 
 		 193 aa  257  7e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.129836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3615  general secretion pathway protein H  64.89 
 
 		 192 aa  238  4e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0148  general secretion pathway protein H  63.64 
 
 		 210 aa  228  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4354  general secretion pathway protein H  65.59 
 
 		 190 aa  225  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0125  general secretion pathway protein H  61.38 
 
 		 195 aa  218  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0173  general secretion pathway protein H  59.36 
 
 		 189 aa  215  4e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2390  general secretion pathway protein H  29.51 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000294923 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2920  general secretion pathway protein H precursor  31.79 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4587  general secretion pathway protein H  28.83 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.248042  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0235  general secretion pathway protein H  30.81 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3243  general secretion pathway protein GspH  31.18 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.793793 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02834  GspH, hypothetical type II secretion protein  31.18 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000472105  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3134  general secretion pathway protein H  31.18 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3408  general secretion pathway protein GspH  31.18 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3423  general secretion pathway protein H  30.65 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001888  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 200 aa  68.6  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24040  general secretion pathway outer membrane protein H precursor  27.61 
 
 		 172 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2033  general secretion pathway protein H  27.38 
 
 		 172 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3576  hypothetical protein  24.73 
 
 		 187 aa  66.6  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02784  hypothetical protein  29.61 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000039643  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1352  general secretion pathway protein H  26.7 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0101  general secretion pathway protein H  32.08 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2373  general secretion pathway protein H  27.47 
 
 		 187 aa  61.6  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.495108  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3523  general secretion pathway protein H  28.81 
 
 		 169 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0384  general secretion pathway protein H  28.81 
 
 		 169 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105042 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0384  general secretion pathway protein H  28.81 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03131  hypothetical protein  28.25 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03180  predicted general secretory pathway component, cryptic  28.25 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0232  general secretion pathway protein H  30.54 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03960  putative general secretion pathway protein H precursor  35.26 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00605  general secretion pathway protein H  33.16 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1474  general secretion pathway protein H  28.19 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2302  general secretion pathway protein H  26.7 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1315  type II secretory pathway protein LspH  25.45 
 
 		 161 aa  51.2  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1312  type II secretory pathway protein LspH  24.85 
 
 		 161 aa  48.9  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2922  general secretion pathway protein H  24.42 
 
 		 193 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252681  normal  0.157804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5690  general secretion pathway protein H  32.14 
 
 		 187 aa  45.4  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138037  normal  0.133551 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1303  general secretion pathway protein H  22.53 
 
 		 179 aa  45.4  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0385  general secretion pathway protein H  25.41 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3195  general secretion pathway protein H  27.71 
 
 		 150 aa  44.3  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.255687  hitchhiker  0.00307792 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2203  general secretion pathway protein H  23.4 
 
 		 148 aa  43.5  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0134021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4496  general secretion pathway protein H  28 
 
 		 193 aa  42.4  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818073  normal  0.141626 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4247  general secretion pathway protein H  30.32 
 
 		 177 aa  42  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0707676 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>