45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3615 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3615  general secretion pathway protein H  100 
 
 		 192 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4730  general secretion pathway protein H  71.88 
 
 		 193 aa  288  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.129836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0157  general secretion pathway protein H  68.62 
 
 		 204 aa  270  9e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0153  general secretion pathway protein H  68.62 
 
 		 191 aa  270  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0157  general secretion pathway protein H  68.62 
 
 		 191 aa  270  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4202  general secretion pathway protein H  68.62 
 
 		 191 aa  270  1e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3563  general secretion pathway protein H  66.49 
 
 		 190 aa  260  6.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4354  general secretion pathway protein H  72.73 
 
 		 190 aa  257  8e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0155  general secretion pathway protein H  65.43 
 
 		 190 aa  256  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0170  general secretion pathway protein H  64.89 
 
 		 190 aa  254  4e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0148  general secretion pathway protein H  71.89 
 
 		 210 aa  251  6e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0109  general secretion pathway protein H  63.24 
 
 		 190 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0160  general secretion pathway protein H  66.67 
 
 		 170 aa  235  4e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.90437 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0155  general secretion pathway protein H  66.67 
 
 		 170 aa  235  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0173  general secretion pathway protein H  60.75 
 
 		 189 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0125  general secretion pathway protein H  55.73 
 
 		 195 aa  190  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0235  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 202 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4587  general secretion pathway protein H  31.93 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.248042  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2390  general secretion pathway protein H  27.32 
 
 		 180 aa  72  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000294923 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1352  general secretion pathway protein H  27.71 
 
 		 177 aa  66.2  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24040  general secretion pathway outer membrane protein H precursor  27.03 
 
 		 172 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3243  general secretion pathway protein GspH  28.48 
 
 		 187 aa  64.7  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.793793 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2920  general secretion pathway protein H precursor  31.06 
 
 		 198 aa  64.7  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3134  general secretion pathway protein H  34 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02834  GspH, hypothetical type II secretion protein  34 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000472105  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2033  general secretion pathway protein H  27.03 
 
 		 172 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3408  general secretion pathway protein GspH  34 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0101  general secretion pathway protein H  34.15 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3423  general secretion pathway protein H  33 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3523  general secretion pathway protein H  28.3 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0384  general secretion pathway protein H  28.3 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105042 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0384  general secretion pathway protein H  27.12 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001888  general secretion pathway protein H  30.11 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03131  hypothetical protein  27.67 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03180  predicted general secretory pathway component, cryptic  27.67 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03960  putative general secretion pathway protein H precursor  33.14 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2302  general secretion pathway protein H  32.94 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1303  general secretion pathway protein H  26.44 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1474  general secretion pathway protein H  23.98 
 
 		 179 aa  53.5  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0232  general secretion pathway protein H  31.02 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02784  hypothetical protein  30.11 
 
 		 176 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000039643  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2373  general secretion pathway protein H  23.68 
 
 		 187 aa  49.7  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.495108  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00605  general secretion pathway protein H  30.48 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3576  hypothetical protein  20.75 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2922  general secretion pathway protein H  24.46 
 
 		 193 aa  42.4  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252681  normal  0.157804 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>