50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001888 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_001888  general secretion pathway protein H  100 
 
 
200 aa  400  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00605  general secretion pathway protein H  82.59 
 
 
204 aa  295  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2302  general secretion pathway protein H  55.9 
 
 
194 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2920  general secretion pathway protein H precursor  50.78 
 
 
198 aa  177  9e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0235  general secretion pathway protein H  37.13 
 
 
202 aa  99.8  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0155  general secretion pathway protein H  35.26 
 
 
190 aa  91.3  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0170  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 
190 aa  87  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4202  general secretion pathway protein H  30.53 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0157  general secretion pathway protein H  30.53 
 
 
204 aa  85.5  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0153  general secretion pathway protein H  30.53 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3563  general secretion pathway protein H  33.16 
 
 
190 aa  85.5  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0157  general secretion pathway protein H  30.53 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0109  general secretion pathway protein H  31.18 
 
 
190 aa  84.7  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4730  general secretion pathway protein H  28.57 
 
 
193 aa  77  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.129836  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3243  general secretion pathway protein GspH  29.65 
 
 
187 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.793793 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3408  general secretion pathway protein GspH  28.8 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3134  general secretion pathway protein H  28.26 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02834  GspH, hypothetical type II secretion protein  28.26 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000472105  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3423  general secretion pathway protein H  28.26 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03960  putative general secretion pathway protein H precursor  33.56 
 
 
208 aa  72.4  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0101  general secretion pathway protein H  29.27 
 
 
181 aa  71.2  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0160  general secretion pathway protein H  32.18 
 
 
170 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.90437 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0155  general secretion pathway protein H  32.18 
 
 
170 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0173  general secretion pathway protein H  32.53 
 
 
189 aa  63.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0148  general secretion pathway protein H  29.53 
 
 
210 aa  64.7  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02784  hypothetical protein  25.54 
 
 
176 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000039643  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3615  general secretion pathway protein H  30.11 
 
 
192 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4354  general secretion pathway protein H  31.38 
 
 
190 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0125  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 
195 aa  57.4  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4587  general secretion pathway protein H  26.7 
 
 
206 aa  57.4  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.248042  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2033  general secretion pathway protein H  27.51 
 
 
172 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1303  general secretion pathway protein H  24.73 
 
 
179 aa  52  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0384  general secretion pathway protein H  26.35 
 
 
169 aa  52  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3523  general secretion pathway protein H  26.35 
 
 
169 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0384  general secretion pathway protein H  26.35 
 
 
169 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2922  general secretion pathway protein H  28.33 
 
 
193 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252681  normal  0.157804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24040  general secretion pathway outer membrane protein H precursor  28.26 
 
 
172 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03180  predicted general secretory pathway component, cryptic  25.75 
 
 
169 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03131  hypothetical protein  25.75 
 
 
169 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0319  general secretion pathway protein H  30.84 
 
 
162 aa  48.5  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0679  hypothetical protein  26.26 
 
 
195 aa  47.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2373  general secretion pathway protein H  27.51 
 
 
187 aa  47.4  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.495108  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1474  general secretion pathway protein H  25.41 
 
 
179 aa  47.4  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3576  hypothetical protein  23.12 
 
 
187 aa  45.8  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2390  general secretion pathway protein H  26.32 
 
 
180 aa  44.7  0.0008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000294923 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0385  general secretion pathway protein H  27.18 
 
 
178 aa  44.7  0.0009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1352  general secretion pathway protein H  27.98 
 
 
177 aa  44.7  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0591  hypothetical protein  28.74 
 
 
198 aa  43.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0604  general secretion pathway protein H  26.73 
 
 
176 aa  42.7  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000151155 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1897  general secretion pathway protein H  31.08 
 
 
172 aa  42.4  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>