90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0235 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0235  general secretion pathway protein H  100 
 
 		 202 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03960  putative general secretion pathway protein H precursor  56.19 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4587  general secretion pathway protein H  35.89 
 
 		 206 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.248042  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0109  general secretion pathway protein H  36.75 
 
 		 190 aa  101  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4730  general secretion pathway protein H  29.59 
 
 		 193 aa  87.8  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.129836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1352  general secretion pathway protein H  33.14 
 
 		 177 aa  84.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2302  general secretion pathway protein H  32.66 
 
 		 194 aa  82.4  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2920  general secretion pathway protein H precursor  33.94 
 
 		 198 aa  81.6  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3563  general secretion pathway protein H  31.03 
 
 		 190 aa  81.3  0.000000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0155  general secretion pathway protein H  30.34 
 
 		 190 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001888  general secretion pathway protein H  37.13 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0157  general secretion pathway protein H  31.28 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0153  general secretion pathway protein H  31.28 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4202  general secretion pathway protein H  31.28 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0173  general secretion pathway protein H  31.64 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0157  general secretion pathway protein H  31.28 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0170  general secretion pathway protein H  30.81 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0125  general secretion pathway protein H  34.71 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0101  general secretion pathway protein H  29.56 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3615  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24040  general secretion pathway outer membrane protein H precursor  30.36 
 
 		 172 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2033  general secretion pathway protein H  29.65 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2922  general secretion pathway protein H  31.79 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252681  normal  0.157804 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00605  general secretion pathway protein H  36.26 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4354  general secretion pathway protein H  30.95 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3243  general secretion pathway protein GspH  29.09 
 
 		 187 aa  62  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.793793 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2373  general secretion pathway protein H  30.35 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.495108  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02834  GspH, hypothetical type II secretion protein  29.09 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000472105  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3408  general secretion pathway protein GspH  29.09 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3134  general secretion pathway protein H  29.09 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3423  general secretion pathway protein H  29.09 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1474  general secretion pathway protein H  26.7 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0160  general secretion pathway protein H  27.67 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.90437 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0155  general secretion pathway protein H  27.67 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3523  general secretion pathway protein H  28.05 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0384  general secretion pathway protein H  28.05 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105042 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0384  general secretion pathway protein H  28.05 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03131  hypothetical protein  27.44 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1303  general secretion pathway protein H  26.7 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03180  predicted general secretory pathway component, cryptic  27.44 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0148  general secretion pathway protein H  29.59 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2390  general secretion pathway protein H  24.87 
 
 		 180 aa  52.8  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000294923 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3576  hypothetical protein  21.79 
 
 		 187 aa  53.1  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0257  general secretion pathway protein G  38.71 
 
 		 193 aa  47.4  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2372  general secretion pathway protein G  34.44 
 
 		 144 aa  47  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.411005  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1415  general secretion pathway protein G  31.97 
 
 		 146 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1302  general secretion pathway protein G  30.28 
 
 		 153 aa  46.2  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0683  general secretion pathway protein G  50 
 
 		 137 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0718  general secretion pathway protein G  50 
 
 		 137 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0717  general secretion pathway protein G  50 
 
 		 137 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0108  general secretion pathway protein G  58.97 
 
 		 144 aa  45.4  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0124  general secretion pathway protein G  54.76 
 
 		 144 aa  45.1  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0169  general secretion pathway protein G  51.16 
 
 		 144 aa  45.1  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0159  general secretion pathway protein G  51.16 
 
 		 144 aa  45.1  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0154  general secretion pathway protein G  51.16 
 
 		 144 aa  45.1  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0154  general secretion pathway protein G  51.16 
 
 		 144 aa  45.1  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1281  putative general secretion pathway protein H, GspH  32.61 
 
 		 154 aa  43.9  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0172  general secretion pathway protein G  50 
 
 		 143 aa  43.9  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4355  general secretion pathway protein G  52.5 
 
 		 144 aa  44.3  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0156  general secretion pathway protein G  51.16 
 
 		 144 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0234  general secretion pathway protein G  37.7 
 
 		 146 aa  43.9  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1473  general secretion pathway protein G  35.53 
 
 		 150 aa  43.5  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.660645  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2857  general secretion pathway protein G  40.98 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0156  general secretion pathway protein G  51.16 
 
 		 144 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.051245 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4203  general secretion pathway protein G  51.16 
 
 		 144 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3564  general secretion pathway protein G  56.41 
 
 		 144 aa  43.9  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0147  general secretion pathway protein G  56.41 
 
 		 144 aa  43.9  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0152  general secretion pathway protein G  51.16 
 
 		 144 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0727  general secretion pathway protein G  39.22 
 
 		 137 aa  43.5  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.807557  normal  0.202757 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0006  general secretion pathway protein G  57.89 
 
 		 144 aa  43.1  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0815216 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3616  general secretion pathway protein G  50 
 
 		 144 aa  43.1  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5689  general secretion pathway protein G  60 
 
 		 158 aa  42.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.128164  normal  0.128064 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1432  type II secretion systen protein G  54.05 
 
 		 209 aa  42.4  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.412586  normal  0.909605 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0100  general secretion pathway protein G  43.14 
 
 		 144 aa  42.4  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3577  ATPase  38.46 
 
 		 146 aa  42.4  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.44565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1351  general secretion pathway protein G  47.73 
 
 		 150 aa  42.4  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346821  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4731  general secretion pathway protein G  45.24 
 
 		 144 aa  42  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0599807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02784  hypothetical protein  25.64 
 
 		 176 aa  42  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000039643  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1050  general secretion pathway protein H  32.43 
 
 		 143 aa  41.6  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.300318  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4588  general secretion pathway protein G  37.7 
 
 		 143 aa  41.6  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3513  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 199 aa  41.6  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1091  general secretion pathway protein H  32.43 
 
 		 143 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0225  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 199 aa  41.6  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2780  general secretion pathway protein H  27.21 
 
 		 196 aa  41.6  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1885  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 199 aa  41.6  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.096237  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2667  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 199 aa  41.6  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.668264  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0013  general secretion pathway protein H  31.08 
 
 		 199 aa  41.6  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.036848  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0013  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 199 aa  41.6  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2612  general secretion pathway protein G  46.3 
 
 		 153 aa  41.6  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.688921 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3221  general secretion pathway protein G  52.63 
 
 		 156 aa  41.2  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.287852 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>