52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0173 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0173  general secretion pathway protein H  100 
 
 
189 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0155  general secretion pathway protein H  60.43 
 
 
190 aa  231  6e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0157  general secretion pathway protein H  56.68 
 
 
204 aa  229  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4202  general secretion pathway protein H  56.68 
 
 
191 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3563  general secretion pathway protein H  58.29 
 
 
190 aa  229  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0153  general secretion pathway protein H  56.68 
 
 
191 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0157  general secretion pathway protein H  56.68 
 
 
191 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0170  general secretion pathway protein H  59.36 
 
 
190 aa  226  1e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0109  general secretion pathway protein H  57.53 
 
 
190 aa  223  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4730  general secretion pathway protein H  56.52 
 
 
193 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.129836  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3615  general secretion pathway protein H  60.75 
 
 
192 aa  214  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0155  general secretion pathway protein H  60 
 
 
170 aa  207  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0160  general secretion pathway protein H  60 
 
 
170 aa  207  7e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.90437 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0148  general secretion pathway protein H  56.15 
 
 
210 aa  197  7e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0125  general secretion pathway protein H  52.91 
 
 
195 aa  186  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4354  general secretion pathway protein H  52.72 
 
 
190 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0235  general secretion pathway protein H  31.64 
 
 
202 aa  88.2  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4587  general secretion pathway protein H  29.81 
 
 
206 aa  75.9  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.248042  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3134  general secretion pathway protein H  27.5 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3243  general secretion pathway protein GspH  27.5 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.793793 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3423  general secretion pathway protein H  27 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3408  general secretion pathway protein GspH  27.5 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02834  GspH, hypothetical type II secretion protein  35.58 
 
 
187 aa  71.2  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000472105  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2390  general secretion pathway protein H  27.03 
 
 
180 aa  67.8  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000294923 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1352  general secretion pathway protein H  25.93 
 
 
177 aa  66.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0101  general secretion pathway protein H  29.12 
 
 
181 aa  63.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2302  general secretion pathway protein H  30.77 
 
 
194 aa  63.2  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0232  general secretion pathway protein H  31.38 
 
 
185 aa  59.7  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1474  general secretion pathway protein H  29.34 
 
 
179 aa  60.1  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2033  general secretion pathway protein H  26.88 
 
 
172 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24040  general secretion pathway outer membrane protein H precursor  26.37 
 
 
172 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2920  general secretion pathway protein H precursor  29.3 
 
 
198 aa  56.6  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1303  general secretion pathway protein H  29.63 
 
 
179 aa  57  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03960  putative general secretion pathway protein H precursor  33.14 
 
 
208 aa  56.2  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02784  hypothetical protein  32.26 
 
 
176 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000039643  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001888  general secretion pathway protein H  32.53 
 
 
200 aa  55.5  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3576  hypothetical protein  20.42 
 
 
187 aa  51.6  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4247  general secretion pathway protein H  27.27 
 
 
177 aa  50.8  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0707676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2922  general secretion pathway protein H  27.47 
 
 
193 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252681  normal  0.157804 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0384  general secretion pathway protein H  26.58 
 
 
169 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3523  general secretion pathway protein H  26.58 
 
 
169 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0385  general secretion pathway protein H  24.31 
 
 
178 aa  46.6  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.558867 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0384  general secretion pathway protein H  26.58 
 
 
169 aa  47  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00605  general secretion pathway protein H  29.73 
 
 
204 aa  46.2  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2373  general secretion pathway protein H  23.35 
 
 
187 aa  45.4  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.495108  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03131  hypothetical protein  25.95 
 
 
169 aa  44.3  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03180  predicted general secretory pathway component, cryptic  25.95 
 
 
169 aa  44.3  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1897  general secretion pathway protein H  28.07 
 
 
172 aa  43.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0683  general secretion pathway protein G  25.49 
 
 
137 aa  42.7  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2203  general secretion pathway protein H  31.52 
 
 
148 aa  42  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0134021  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0717  general secretion pathway protein G  28.38 
 
 
137 aa  42  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0718  general secretion pathway protein G  28.38 
 
 
137 aa  42  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>