More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0771 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0771  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
256 aa  531  1e-150  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00515913  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.33 
 
 
256 aa  328  8e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00640028  hitchhiker  0.00000248708 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.94 
 
 
256 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0224708  unclonable  0.0000202886 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.94 
 
 
256 aa  325  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00682949  normal  0.0302653 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.38 
 
 
256 aa  317  1e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0597739  normal  0.690345 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.77 
 
 
256 aa  315  5e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.138185  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0761  putative oxidoreductase  58.27 
 
 
255 aa  308  5.9999999999999995e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.03 
 
 
254 aa  292  4e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0549  putative short-chain dehydrogenase/reductase, FabG-like  56.8 
 
 
266 aa  288  8e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204322  normal  0.437639 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
266 aa  285  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.0764099 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
264 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.386853 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2483  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54 
 
 
268 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3480  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54 
 
 
268 aa  278  9e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.538943  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3445  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  54 
 
 
268 aa  278  9e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3302  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54 
 
 
268 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1263  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54 
 
 
268 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0403  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54 
 
 
268 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.253369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3483  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  54 
 
 
271 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1182  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.8 
 
 
271 aa  275  3e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
271 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.283086  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
257 aa  271  6e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54 
 
 
266 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.227086 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.18 
 
 
270 aa  268  7e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00753595  normal  0.67708 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
271 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
271 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0410788 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
271 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0853252  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.4 
 
 
256 aa  262  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000241543 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 
261 aa  256  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
258 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.208357  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
258 aa  249  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51440  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  53.6 
 
 
260 aa  246  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1363  D-xylose dehydrogenase  49.6 
 
 
268 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879722  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
251 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.8 
 
 
271 aa  238  5.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0225727  hitchhiker  0.000000282328 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
270 aa  238  8e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.304096  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.63 
 
 
254 aa  229  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.098133  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
261 aa  229  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.132836  normal  0.554145 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
255 aa  228  8e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.13973  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
255 aa  228  8e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
251 aa  227  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
255 aa  227  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435673  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
259 aa  222  4.9999999999999996e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1369  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
260 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
256 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
260 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
256 aa  211  9e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.140905  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
288 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1729  D-xylose dehydrogenase  48.81 
 
 
245 aa  208  9e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.380531  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.75 
 
 
258 aa  207  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.455666  normal  0.236793 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07128  conserved hypothetical protein  40.91 
 
 
275 aa  202  3e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00131023  normal  0.0770254 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00136979  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.285603 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0503  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
253 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
257 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
270 aa  192  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
256 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.08 
 
 
248 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
254 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
254 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  34.66 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3963  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
251 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.680971  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
251 aa  132  5e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
250 aa  132  6.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.147758  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
251 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
255 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
233 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
255 aa  129  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
255 aa  129  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
252 aa  129  7.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.950748  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
253 aa  128  8.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
257 aa  128  9.000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6360  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
262 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
260 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  34.51 
 
 
261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5486  short chain dehydrogenase  34.13 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398056  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.348466  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6772  short chain dehydrogenase  34.13 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.646299 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
252 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
247 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4960  short chain dehydrogenase  35.52 
 
 
253 aa  125  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.599873  normal  0.483357 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
251 aa  125  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4577  short chain dehydrogenase  35.52 
 
 
253 aa  125  5e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4665  short chain dehydrogenase  35.52 
 
 
253 aa  125  5e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
248 aa  125  5e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.68 
 
 
251 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0594  putative short-chain type dehydrogenase  32.4 
 
 
252 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.722821  normal  0.132881 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
258 aa  125  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
272 aa  125  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
255 aa  125  9e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
248 aa  124  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>