More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1041 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
258 aa  528  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.208357  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.92 
 
 
270 aa  381  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.304096  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.97 
 
 
271 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0225727  hitchhiker  0.000000282328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
266 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.0764099 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0761  putative oxidoreductase  51.41 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3483  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  53.63 
 
 
271 aa  269  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2483  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.63 
 
 
268 aa  268  5e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3480  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.63 
 
 
268 aa  268  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.538943  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1263  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.63 
 
 
268 aa  268  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3445  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  53.63 
 
 
268 aa  268  5e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0403  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.63 
 
 
268 aa  268  5e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.253369  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3302  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.63 
 
 
268 aa  268  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
256 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00682949  normal  0.0302653 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
256 aa  267  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000241543 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0549  putative short-chain dehydrogenase/reductase, FabG-like  54.03 
 
 
266 aa  267  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204322  normal  0.437639 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
256 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0597739  normal  0.690345 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
256 aa  266  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00640028  hitchhiker  0.00000248708 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
256 aa  264  8e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.138185  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
268 aa  263  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.283086  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 
266 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.227086 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0771  GntR family transcriptional regulator  52 
 
 
256 aa  262  4e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00515913  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 
264 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.386853 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
256 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0224708  unclonable  0.0000202886 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.4 
 
 
271 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1182  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.84 
 
 
271 aa  258  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.52 
 
 
261 aa  258  9e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.132836  normal  0.554145 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.4 
 
 
270 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00753595  normal  0.67708 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
257 aa  255  4e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51440  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  53.2 
 
 
260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
271 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0410788 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
271 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
271 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0853252  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
251 aa  250  2e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
261 aa  249  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1363  D-xylose dehydrogenase  49.6 
 
 
268 aa  243  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879722  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.01 
 
 
255 aa  240  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435673  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
254 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
254 aa  239  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.098133  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
258 aa  237  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
255 aa  221  6e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
255 aa  221  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.13973  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
251 aa  219  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1369  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.86 
 
 
260 aa  215  5e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 
260 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.73 
 
 
256 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
259 aa  209  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
288 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1729  D-xylose dehydrogenase  46 
 
 
245 aa  198  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.380531  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
258 aa  195  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.455666  normal  0.236793 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
270 aa  193  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.140905  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
256 aa  188  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.285603 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0503  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
253 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
257 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
255 aa  175  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00136979  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07128  conserved hypothetical protein  36.4 
 
 
275 aa  171  9e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00131023  normal  0.0770254 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3963  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.680971  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  36.61 
 
 
246 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
255 aa  126  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
257 aa  126  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
255 aa  126  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1308  short chain dehydrogenase  34 
 
 
256 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.480054  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.38 
 
 
292 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
277 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
251 aa  122  5e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
252 aa  122  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
254 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
256 aa  121  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0973  short chain dehydrogenase  34 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1335  short chain dehydrogenase  34 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0594  short chain dehydrogenase  34 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.512344  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0318  short chain dehydrogenase  34 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.594764  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1235  short chain dehydrogenase  34 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
292 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2495  short chain dehydrogenase  34 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.62 
 
 
292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4102  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.188504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.556744  normal  0.320404 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
256 aa  118  7e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
250 aa  119  7e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
247 aa  118  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 
256 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 
256 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 
256 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
256 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4567  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.16205  hitchhiker  0.000267636 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.120513 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
255 aa  116  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
251 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
248 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
249 aa  116  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
249 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  30.65 
 
 
255 aa  116  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
249 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0450975 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  31.2 
 
 
261 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.01 
 
 
266 aa  116  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.519285 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  29.25 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.131703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>