More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3488 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  527  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.21 
 
 
256 aa  399  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.140905  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.72 
 
 
258 aa  373  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.455666  normal  0.236793 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.94 
 
 
260 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1369  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.54 
 
 
260 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.96 
 
 
288 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.47 
 
 
255 aa  273  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435673  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
257 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2483  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
268 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3480  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
268 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.538943  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1263  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
268 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3302  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
268 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3483  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  51 
 
 
271 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3445  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  51 
 
 
268 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0403  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
268 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.253369  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0761  putative oxidoreductase  45.49 
 
 
255 aa  235  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0771  GntR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
256 aa  230  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00515913  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1182  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.79 
 
 
271 aa  229  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
256 aa  228  5e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00640028  hitchhiker  0.00000248708 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.19 
 
 
251 aa  227  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
264 aa  224  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.386853 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.92 
 
 
256 aa  225  7e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00682949  normal  0.0302653 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.75 
 
 
256 aa  224  8e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0597739  normal  0.690345 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.59 
 
 
268 aa  224  9e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.283086  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0549  putative short-chain dehydrogenase/reductase, FabG-like  46.59 
 
 
266 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204322  normal  0.437639 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
266 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.0764099 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
261 aa  223  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.132836  normal  0.554145 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
256 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0224708  unclonable  0.0000202886 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.92 
 
 
256 aa  221  6e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.138185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
271 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000241543 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.27 
 
 
254 aa  219  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
266 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.227086 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 
271 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0410788 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 
271 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
256 aa  217  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.285603 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 
271 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0853252  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.41 
 
 
270 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00753595  normal  0.67708 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
258 aa  211  9e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.208357  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
254 aa  208  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.098133  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51440  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  48.03 
 
 
260 aa  205  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
258 aa  204  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
257 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
270 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
261 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0503  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
253 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00136979  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
270 aa  193  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.304096  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
271 aa  191  8e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0225727  hitchhiker  0.000000282328 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1363  D-xylose dehydrogenase  39.92 
 
 
268 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879722  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07128  conserved hypothetical protein  37.88 
 
 
275 aa  179  4e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00131023  normal  0.0770254 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
255 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.13973  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
255 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1729  D-xylose dehydrogenase  38.87 
 
 
245 aa  151  8.999999999999999e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.380531  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
253 aa  149  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.71 
 
 
249 aa  144  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.37 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.47 
 
 
247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
247 aa  138  7e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
259 aa  138  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  35.18 
 
 
269 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  35.18 
 
 
269 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
261 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.68 
 
 
247 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
236 aa  136  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 
258 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
259 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
259 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
259 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
259 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3963  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
251 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.680971  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
249 aa  135  7.000000000000001e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
252 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3761  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
259 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
260 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.86 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
237 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.10295  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.15 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
254 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
237 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
251 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.54 
 
 
239 aa  132  5e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.86 
 
 
246 aa  132  5e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
256 aa  132  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  33.86 
 
 
246 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
257 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
285 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.89 
 
 
249 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
246 aa  132  7.999999999999999e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  35.22 
 
 
255 aa  131  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  32.94 
 
 
256 aa  131  9e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
285 aa  131  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>