More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1369 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1369  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  532  1e-150  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.23 
 
 
260 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.37 
 
 
288 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.19 
 
 
256 aa  371  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.33 
 
 
256 aa  360  1e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.140905  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.88 
 
 
258 aa  334  9e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.455666  normal  0.236793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.65 
 
 
255 aa  302  5.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435673  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0761  putative oxidoreductase  48.4 
 
 
255 aa  250  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0549  putative short-chain dehydrogenase/reductase, FabG-like  50.61 
 
 
266 aa  249  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204322  normal  0.437639 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
266 aa  248  7e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.0764099 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
257 aa  245  4e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0771  GntR family transcriptional regulator  49.6 
 
 
256 aa  242  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00515913  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3483  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  50.2 
 
 
271 aa  242  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1182  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.81 
 
 
271 aa  242  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2483  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.2 
 
 
268 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3480  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.2 
 
 
268 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.538943  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3445  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  50.2 
 
 
268 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1263  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.2 
 
 
268 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3302  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.2 
 
 
268 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0403  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.2 
 
 
268 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.253369  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
271 aa  241  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
268 aa  240  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.283086  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.58 
 
 
264 aa  240  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.386853 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
256 aa  235  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.285603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
256 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00640028  hitchhiker  0.00000248708 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
270 aa  234  8e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00753595  normal  0.67708 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0597739  normal  0.690345 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
256 aa  233  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.138185  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.02 
 
 
266 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.227086 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
256 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00682949  normal  0.0302653 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
256 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0224708  unclonable  0.0000202886 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
271 aa  231  6e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0410788 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
271 aa  231  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
271 aa  231  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0853252  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.86 
 
 
258 aa  231  9e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.208357  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
254 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.58 
 
 
257 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51440  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  51.79 
 
 
260 aa  228  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.2 
 
 
261 aa  226  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.132836  normal  0.554145 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
256 aa  225  6e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000241543 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0503  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
253 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
254 aa  216  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.098133  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.91 
 
 
258 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
271 aa  202  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0225727  hitchhiker  0.000000282328 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
270 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
270 aa  197  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.304096  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.37 
 
 
259 aa  196  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
255 aa  191  9e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00136979  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1363  D-xylose dehydrogenase  41.02 
 
 
268 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879722  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
255 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
255 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.13973  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07128  conserved hypothetical protein  38.6 
 
 
275 aa  181  7e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00131023  normal  0.0770254 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
251 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1729  D-xylose dehydrogenase  42.34 
 
 
245 aa  160  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.380531  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
256 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.77 
 
 
247 aa  142  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.37 
 
 
245 aa  142  4e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
248 aa  139  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
239 aa  138  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 
255 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
250 aa  136  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.147758  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.71 
 
 
249 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6360  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
262 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
247 aa  133  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5486  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6772  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.646299 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
251 aa  133  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  34.6 
 
 
255 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
254 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
247 aa  131  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  33.97 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  33.97 
 
 
269 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
254 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  33.87 
 
 
258 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
233 aa  129  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 
258 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
247 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.49 
 
 
249 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3571  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0445953  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 
254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.211006  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
274 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7178  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0959368 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4068  short chain dehydrogenase  35.38 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.625011  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>