More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2267 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  100 
 
 		 367 aa  748    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  67.3 
 
 		 367 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  67.3 
 
 		 367 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  66.76 
 
 		 367 aa  517  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  65.67 
 
 		 367 aa  519  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  67.3 
 
 		 367 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  67.03 
 
 		 376 aa  520  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  66.49 
 
 		 367 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  66.49 
 
 		 367 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  66.49 
 
 		 367 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  65.67 
 
 		 367 aa  511  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  65.12 
 
 		 367 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  65.94 
 
 		 367 aa  486  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  58.38 
 
 		 386 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  61.04 
 
 		 368 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  57.99 
 
 		 373 aa  441  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  29.17 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  29.17 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  30.56 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  30.56 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.56 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.43 
 
 		 412 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  31.03 
 
 		 412 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  28.32 
 
 		 394 aa  150  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  28.72 
 
 		 394 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  28.72 
 
 		 394 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  28.47 
 
 		 394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  28.53 
 
 		 399 aa  126  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  27.68 
 
 		 368 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  27.34 
 
 		 368 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  31.9 
 
 		 367 aa  116  6.9999999999999995e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  31.67 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  29.24 
 
 		 368 aa  109  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  31.79 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  31.79 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.03 
 
 		 715 aa  100  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  37.82 
 
 		 489 aa  100  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.13 
 
 		 410 aa  99.4  9e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  31.21 
 
 		 338 aa  98.6  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  40.52 
 
 		 598 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.58 
 
 		 739 aa  96.3  8e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  40 
 
 		 715 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  35.23 
 
 		 337 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  31.4 
 
 		 338 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  34.66 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  34.66 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 544 aa  94.4  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  34.66 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  34.66 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  29.35 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.91 
 
 		 363 aa  92.8  8e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  28.91 
 
 		 338 aa  92.8  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.28 
 
 		 602 aa  92  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  31.4 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  31.01 
 
 		 358 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.11 
 
 		 361 aa  90.5  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 		 551 aa  89.4  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 335 aa  89  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.33 
 
 		 451 aa  87.4  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0904  two component Fis family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 454 aa  87  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 581 aa  86.3  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  33.71 
 
 		 337 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  33.71 
 
 		 337 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  33.71 
 
 		 337 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  33.71 
 
 		 337 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  33.71 
 
 		 337 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  33.71 
 
 		 337 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  33.71 
 
 		 337 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0717  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 466 aa  85.5  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0140  two component transcriptional regulator  39.05 
 
 		 229 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.794843  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 265 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 387 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 		 526 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  33.71 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0183  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.29 
 
 		 387 aa  83.6  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  34.66 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.15 
 
 		 391 aa  83.6  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 		 489 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  35.09 
 
 		 544 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 447 aa  82  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1479  response regulator receiver protein  23.75 
 
 		 402 aa  82  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 459 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120309  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3596  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.42 
 
 		 515 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.363783 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3295  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.42 
 
 		 514 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.836784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.02 
 
 		 725 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  38.24 
 
 		 473 aa  81.3  0.00000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3744  putative GAF sensor protein  33.04 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.9 
 
 		 513 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 457 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.86 
 
 		 448 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.64 
 
 		 394 aa  79.7  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2713  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.22 
 
 		 454 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08281  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  33.9 
 
 		 388 aa  79.3  0.00000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1090  response regulator receiver protein  39.22 
 
 		 846 aa  79  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874134  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3415  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 453 aa  79  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 		 507 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3770  response regulator receiver protein  26.57 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1901  adenylate/guanylate cyclase  30.97 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.500403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6964  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.27 
 
 		 226 aa  79.3  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.043471  normal  0.107802 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  39.6 
 
 		 230 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>