More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1969 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  99.11 
 
 
338 aa  678    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  98.82 
 
 
338 aa  676    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  100 
 
 
338 aa  685    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  75.07 
 
 
337 aa  505  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  64.39 
 
 
337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  64.39 
 
 
337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  64.39 
 
 
337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  64.39 
 
 
337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  64.39 
 
 
337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  64.39 
 
 
337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  64.39 
 
 
337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  64.39 
 
 
337 aa  443  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  65.98 
 
 
338 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  65.38 
 
 
338 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  62.61 
 
 
337 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  62.61 
 
 
337 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  62.61 
 
 
337 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  61.83 
 
 
338 aa  434  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  62.61 
 
 
337 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  62.61 
 
 
337 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  63.8 
 
 
337 aa  431  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  64.2 
 
 
338 aa  428  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  34.39 
 
 
368 aa  160  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  32.92 
 
 
368 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  32.1 
 
 
368 aa  150  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  31.33 
 
 
367 aa  149  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  27.84 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  30.29 
 
 
367 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  28.08 
 
 
376 aa  113  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  30.29 
 
 
367 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  30.29 
 
 
367 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  30.29 
 
 
367 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  29.41 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  26.56 
 
 
399 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  28.57 
 
 
368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.98 
 
 
412 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  28.22 
 
 
393 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  28.22 
 
 
393 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.22 
 
 
393 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  26.48 
 
 
394 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  28.28 
 
 
412 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  26.81 
 
 
394 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  25.44 
 
 
394 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  25.49 
 
 
367 aa  102  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  26.61 
 
 
394 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  26.56 
 
 
367 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  27.31 
 
 
367 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  27.31 
 
 
367 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  24.93 
 
 
394 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  27.34 
 
 
367 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  28.51 
 
 
367 aa  99  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  25.87 
 
 
394 aa  96.7  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  26.55 
 
 
373 aa  94.4  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  26.78 
 
 
386 aa  87.4  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.68 
 
 
739 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.75 
 
 
363 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  26.81 
 
 
544 aa  82  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
410 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
551 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.48 
 
 
387 aa  79.7  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.21 
 
 
715 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2177  response regulator receiver protein  37.39 
 
 
120 aa  76.6  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.45 
 
 
456 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  32.38 
 
 
598 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  31.4 
 
 
489 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.57 
 
 
485 aa  73.9  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1965  response regulatory protein, sigma 54 related  30.41 
 
 
384 aa  73.9  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0275961  normal  0.129103 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1564  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.2 
 
 
223 aa  73.9  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.194978  normal  0.692086 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2224  putative two-component regulatory system, sensor kinase protein  34.75 
 
 
1082 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3999  adenylate/guanylate cyclase  29.47 
 
 
351 aa  73.6  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08281  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  36.75 
 
 
388 aa  73.6  0.000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2021  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
1082 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2077  sensor histidine kinase/response regulator  34.75 
 
 
1082 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.981024  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0749  response regulator receiver protein  39.52 
 
 
406 aa  73.2  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.893418  normal  0.0890519 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.74 
 
 
394 aa  73.2  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  33.91 
 
 
715 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.63 
 
 
466 aa  71.6  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1012  two component transcriptional regulator  31.87 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.658807  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
196 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2401  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 
227 aa  71.6  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 
246 aa  70.9  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 
251 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1458  two component transcriptional regulator  38.61 
 
 
218 aa  70.9  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.78 
 
 
451 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  40.2 
 
 
226 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.6 
 
 
459 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120309  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.25 
 
 
242 aa  70.9  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2620  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.35 
 
 
532 aa  70.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0658498  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
581 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3596  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.83 
 
 
515 aa  70.5  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.363783 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  35.92 
 
 
248 aa  70.5  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3295  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.83 
 
 
514 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.836784  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  36.27 
 
 
226 aa  70.1  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
489 aa  70.1  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0738  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 
925 aa  70.1  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0893  diguanylate cyclase  31.18 
 
 
566 aa  70.1  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  36.79 
 
 
1526 aa  70.1  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  33.93 
 
 
1028 aa  69.7  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.58 
 
 
900 aa  69.7  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2672  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
991 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.646953  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>