More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1959 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  100 
 
 		 338 aa  691    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  80.77 
 
 		 338 aa  553  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  72.49 
 
 		 338 aa  482  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  71.6 
 
 		 338 aa  484  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  64.79 
 
 		 337 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  64.79 
 
 		 337 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  64.79 
 
 		 337 aa  429  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  64.79 
 
 		 337 aa  428  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  64.79 
 
 		 337 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  64.79 
 
 		 337 aa  429  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  64.79 
 
 		 337 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  64.79 
 
 		 337 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  63.91 
 
 		 337 aa  424  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  62.13 
 
 		 338 aa  419  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  61.83 
 
 		 338 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  63.61 
 
 		 337 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  61.83 
 
 		 338 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  63.02 
 
 		 337 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  62.72 
 
 		 337 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  62.72 
 
 		 337 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  62.72 
 
 		 337 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  62.72 
 
 		 337 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  31.21 
 
 		 368 aa  142  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  31.35 
 
 		 368 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  30.23 
 
 		 367 aa  137  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  30.87 
 
 		 368 aa  136  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  29.23 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  29.62 
 
 		 376 aa  119  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  28.85 
 
 		 367 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  28.85 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  28.85 
 
 		 367 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  32.16 
 
 		 368 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  27.85 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  27.85 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  28.85 
 
 		 367 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  31.08 
 
 		 412 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 367 aa  109  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  29.39 
 
 		 367 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  30.09 
 
 		 367 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  27.84 
 
 		 367 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  27.11 
 
 		 394 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  29.34 
 
 		 393 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  27.97 
 
 		 367 aa  105  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.02 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  29.02 
 
 		 393 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  28.36 
 
 		 394 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  27.43 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  27.43 
 
 		 394 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.85 
 
 		 412 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  24.25 
 
 		 399 aa  98.6  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  28.85 
 
 		 386 aa  94.4  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  29.48 
 
 		 394 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 		 551 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  26.69 
 
 		 394 aa  88.6  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.1 
 
 		 581 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 		 410 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.91 
 
 		 900 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 544 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.77 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.71 
 
 		 739 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2325  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.53 
 
 		 362 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.663275  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  41.67 
 
 		 219 aa  78.6  0.0000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.86 
 
 		 363 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1579  response regulator receiver  37.86 
 
 		 225 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.410227  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3173  histidine kinase  39.45 
 
 		 606 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.286696  normal  0.896245 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1802  two component transcriptional regulator  36.92 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0607  two component transcriptional regulator  36.79 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2224  putative two-component regulatory system, sensor kinase protein  37.61 
 
 		 1082 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0843  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 251 aa  77  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000594696  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2620  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 532 aa  77  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0658498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2021  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 1082 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2077  sensor histidine kinase/response regulator  37.61 
 
 		 1082 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.981024  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.44 
 
 		 715 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.6 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2177  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 120 aa  76.3  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.61 
 
 		 709 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.14 
 
 		 456 aa  75.9  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3391  two component transcriptional regulator  39.22 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.141218  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0123  DNA-binding response regulator  35.92 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1815  response regulator receiver domain-containing protein  40.37 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.800608  normal  0.49797 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  34.62 
 
 		 598 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2740  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.14 
 
 		 475 aa  73.9  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0931  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 120 aa  73.9  0.000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.252152  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3780  two component transcriptional regulator  37.25 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 		 526 aa  73.9  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  33.9 
 
 		 715 aa  73.6  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4033  response regulator receiver protein  39.05 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102003  normal  0.596674 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0195  two component transcriptional regulator  41.51 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2835  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.25 
 
 		 475 aa  73.2  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.019348  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.38 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.42 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4344  two component transcriptional regulator  41.51 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.325933  normal  0.345767 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0196  response regulator receiver and unknown domain protein  34.13 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36 
 
 		 438 aa  72.8  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11471  two-component response regulator, phosphate  34.17 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0202491 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2651  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 483 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.410338  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  40.2 
 
 		 226 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 459 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120309  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>