More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002881 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002881  response regulator  100 
 
 		 368 aa  759    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  90.22 
 
 		 368 aa  691    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  60.11 
 
 		 368 aa  464  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  45.71 
 
 		 367 aa  318  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  33.23 
 
 		 338 aa  147  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  33.44 
 
 		 337 aa  146  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  32.92 
 
 		 338 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  32.92 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  31.21 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  32.08 
 
 		 338 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  36.2 
 
 		 338 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  31.65 
 
 		 393 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.13 
 
 		 412 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.65 
 
 		 393 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  31.65 
 
 		 393 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  36.2 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  28.05 
 
 		 394 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  29.5 
 
 		 412 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  29.02 
 
 		 394 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  28.43 
 
 		 337 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  25.86 
 
 		 367 aa  122  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  27.76 
 
 		 367 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  28.43 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  30.07 
 
 		 394 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  28.43 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  28.43 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  28.43 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  29.39 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  27.76 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  30.42 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  30.42 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  27.76 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  30.07 
 
 		 394 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  29.44 
 
 		 376 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  27.76 
 
 		 367 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  29.39 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  29.35 
 
 		 399 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  30.61 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  28.39 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  28.39 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  28.39 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  28.39 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  28.39 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  28.39 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  28.39 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  27.9 
 
 		 337 aa  116  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  27.8 
 
 		 394 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  25.97 
 
 		 394 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  27.6 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  28.4 
 
 		 386 aa  110  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  26.53 
 
 		 368 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  27.34 
 
 		 367 aa  107  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  26.9 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.24 
 
 		 739 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  41.38 
 
 		 715 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 		 544 aa  98.2  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2325  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.88 
 
 		 362 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.663275  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  40.52 
 
 		 598 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  37.82 
 
 		 489 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.24 
 
 		 715 aa  90.1  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2174  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.28 
 
 		 474 aa  89.7  8e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1813  putative hybrid two-component sensor and regulatory protein  38.33 
 
 		 2284 aa  88.2  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.409027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.93 
 
 		 363 aa  87.4  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0717  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 466 aa  87  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  35.29 
 
 		 544 aa  86.3  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 		 551 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2177  response regulator receiver protein  39.6 
 
 		 120 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 		 581 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.58 
 
 		 247 aa  85.1  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.520505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1377  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.18 
 
 		 462 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244526  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 487 aa  84.3  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.93 
 
 		 461 aa  84  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2096  CheA signal transduction histidine kinases  40.2 
 
 		 2301 aa  83.6  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0965  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.605384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.79 
 
 		 489 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2343  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00929975  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2296  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 394 aa  83.2  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0302  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.18 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 		 702 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 225 aa  82  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  36.84 
 
 		 734 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2738  response regulator receiver domain-containing protein  37.25 
 
 		 194 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000186206  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3024  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.59 
 
 		 363 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.433593  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.93 
 
 		 361 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  34.53 
 
 		 225 aa  82.4  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1038  sensory box histidine kinase/response regulator  33.85 
 
 		 513 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 229 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3241  response regulator receiver  29.7 
 
 		 181 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0160645  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.66 
 
 		 1079 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.79 
 
 		 1648 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2739  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 451 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.693002  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 462 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0978  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.11 
 
 		 466 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0932912  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  33.87 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0715  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 121 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000557  DNA-binding response regulator  39.42 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>