More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000557 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000557  DNA-binding response regulator  100 
 
 
230 aa  468  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702579  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05331  transcriptional regulatory protein CpxR  88.26 
 
 
280 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3280  DNA-binding response regulator  48.9 
 
 
228 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000001291  hitchhiker  0.0000698043 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3065  DNA-binding response regulator  50 
 
 
237 aa  210  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00140102  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 
239 aa  182  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 
244 aa  179  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  41.67 
 
 
237 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  39.91 
 
 
237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
232 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  43.69 
 
 
234 aa  172  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.36 
 
 
234 aa  170  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  43.04 
 
 
236 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  44.74 
 
 
231 aa  169  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 
234 aa  167  9e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  43.04 
 
 
236 aa  167  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 
232 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  41.78 
 
 
232 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 
234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 
234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 
234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 
232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 
234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 
245 aa  164  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 
236 aa  161  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  42.29 
 
 
252 aa  161  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 
240 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 
236 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 
236 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 
242 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 
236 aa  159  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 
236 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 
239 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 
247 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 
242 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  41.85 
 
 
236 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  41.85 
 
 
236 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  41.85 
 
 
245 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  41.85 
 
 
236 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  41.85 
 
 
236 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  41.85 
 
 
236 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.18 
 
 
247 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  38.57 
 
 
236 aa  155  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 
244 aa  155  7e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 
234 aa  153  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 
229 aa  153  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 
249 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 
238 aa  152  4e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 
236 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 
236 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 
236 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 
262 aa  151  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0097  hypothetical protein  40.17 
 
 
230 aa  151  7e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0268047  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  36.02 
 
 
248 aa  151  8.999999999999999e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 
233 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  38.7 
 
 
235 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 
232 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 
238 aa  149  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 
235 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 
235 aa  149  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 
235 aa  149  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  38.26 
 
 
235 aa  149  3e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  38.26 
 
 
235 aa  149  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 
235 aa  149  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 
235 aa  149  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 
235 aa  149  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 
235 aa  149  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 
231 aa  149  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 
238 aa  149  4e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 
235 aa  149  5e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.91 
 
 
232 aa  148  6e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  38.64 
 
 
231 aa  148  7e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.26 
 
 
236 aa  148  8e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1032  response regulator  37.61 
 
 
232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0894814  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.21 
 
 
234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0437  response regulator receiver protein  39.13 
 
 
237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 
237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  38.14 
 
 
248 aa  146  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  37 
 
 
235 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  37 
 
 
235 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  35.56 
 
 
240 aa  143  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 
233 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.1 
 
 
233 aa  142  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  36.44 
 
 
235 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 
233 aa  142  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  36 
 
 
235 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  35.59 
 
 
247 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  36 
 
 
233 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2206  two component transcriptional regulator  36.07 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.121597 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  35.56 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  35.11 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  34.35 
 
 
237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  35.11 
 
 
240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  35.11 
 
 
240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2699  response regulator receiver protein  37.55 
 
 
233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.824129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  35.06 
 
 
241 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  35.91 
 
 
227 aa  138  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.94 
 
 
231 aa  137  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4408  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 
242 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0763742 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0312  response regulator receiver  33.62 
 
 
233 aa  137  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0102436  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2474  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.12 
 
 
227 aa  137  1e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0950849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>