More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1112 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 399 aa  814    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  46.85 
 
 		 394 aa  354  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  46.85 
 
 		 394 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  46.6 
 
 		 394 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  45.84 
 
 		 394 aa  346  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  46.35 
 
 		 412 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  46.37 
 
 		 393 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  46.37 
 
 		 393 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  45.59 
 
 		 394 aa  342  5e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  46.12 
 
 		 393 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  45.59 
 
 		 412 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  46.98 
 
 		 394 aa  331  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1479  response regulator receiver protein  37.59 
 
 		 402 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1472  serine phosphatase  35.65 
 
 		 379 aa  186  9e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.95872  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2082  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  32.32 
 
 		 566 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3770  response regulator receiver protein  29.71 
 
 		 391 aa  140  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.92 
 
 		 389 aa  139  7.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.17 
 
 		 391 aa  139  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1566  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  30.51 
 
 		 396 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.244929 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  49.28 
 
 		 410 aa  133  6e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  30.68 
 
 		 367 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  30.68 
 
 		 367 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.59 
 
 		 739 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  30.1 
 
 		 376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  30.8 
 
 		 367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2887  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30 
 
 		 423 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  42.5 
 
 		 598 aa  129  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  30.3 
 
 		 367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  29.28 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  40.93 
 
 		 715 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  29.28 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.87 
 
 		 602 aa  127  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  29.28 
 
 		 367 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1870  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.93 
 
 		 379 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.177859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1844  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.93 
 
 		 379 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  28.94 
 
 		 386 aa  126  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  28.9 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0176  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.32 
 
 		 378 aa  124  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.71 
 
 		 363 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0731  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.01 
 
 		 396 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0329  putative response regulator  27.57 
 
 		 415 aa  124  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.35 
 
 		 715 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  32.19 
 
 		 367 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0583  response regulator receiver protein  26.9 
 
 		 394 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.54 
 
 		 392 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  29.46 
 
 		 373 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  28.77 
 
 		 368 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  29.01 
 
 		 368 aa  119  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0921  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.71 
 
 		 378 aa  119  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3648  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.38 
 
 		 380 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 941 aa  119  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  29.35 
 
 		 368 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0833  response regulator  28.4 
 
 		 389 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.106584  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.25 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2943  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.86 
 
 		 470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2013  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.08 
 
 		 411 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.155477  normal  0.0155604 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2870  response regulator receiver protein  29.05 
 
 		 418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2152  putative response regulator, putative serine phosphatase  26.03 
 
 		 434 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.72 
 
 		 544 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.98 
 
 		 581 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1210  response regulator receiver protein  29.66 
 
 		 400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0544929  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  27.85 
 
 		 391 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0205  response regulator receiver protein  29.23 
 
 		 395 aa  110  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  27.98 
 
 		 367 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3485  response regulator  25.33 
 
 		 422 aa  110  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  43.8 
 
 		 361 aa  110  5e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1723  response regulator receiver (CheY-like) modulated serine phosphatase  28.14 
 
 		 381 aa  110  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00833768  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  28.77 
 
 		 367 aa  109  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4770  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 446 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133057  normal  0.593625 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  25.43 
 
 		 368 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1432  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.93 
 
 		 407 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3460  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.65 
 
 		 444 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0376131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3890  response regulator receiver protein  26.61 
 
 		 378 aa  107  5e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3169  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.65 
 
 		 444 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.254755  normal  0.187976 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2078  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.25 
 
 		 379 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.61197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0495  response regulator receiver protein  27.05 
 
 		 423 aa  106  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0056  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.9 
 
 		 418 aa  106  8e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.287626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  31.4 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4294  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 461 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.595978 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.94 
 
 		 526 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2643  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.38 
 
 		 552 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3723  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  26.75 
 
 		 378 aa  105  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0976167  normal  0.601311 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  26.56 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  26.03 
 
 		 338 aa  103  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1161  response regulator  27.09 
 
 		 380 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 446 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1753  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.92 
 
 		 486 aa  103  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.646626  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  36.13 
 
 		 544 aa  103  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  26.03 
 
 		 338 aa  102  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0302  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.43 
 
 		 400 aa  102  9e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4689  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 447 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338732 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2946  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.63 
 
 		 384 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0915  sigma factor sigB regulation protein  26.8 
 
 		 380 aa  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00116334  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3995  helix-turn-helix, Fis-type  42.86 
 
 		 444 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0385153 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2647  response regulator receiver protein  29.44 
 
 		 418 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0228439  normal  0.825958 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4292  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  42.06 
 
 		 444 aa  101  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3285  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.03 
 
 		 450 aa  101  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3061  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.03 
 
 		 450 aa  101  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0868  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.49 
 
 		 650 aa  100  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>