More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_2280 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  100 
 
 		 338 aa  685    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  94.08 
 
 		 338 aa  630  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  74.26 
 
 		 338 aa  504  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  72.49 
 
 		 338 aa  500  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  65.09 
 
 		 337 aa  437  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  64.2 
 
 		 338 aa  428  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  63.61 
 
 		 337 aa  425  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  63.61 
 
 		 337 aa  425  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  63.61 
 
 		 337 aa  425  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  63.61 
 
 		 337 aa  425  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  64.2 
 
 		 338 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  63.61 
 
 		 337 aa  425  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  63.61 
 
 		 337 aa  425  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  64.2 
 
 		 338 aa  427  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  63.61 
 
 		 337 aa  425  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  62.43 
 
 		 337 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  62.43 
 
 		 337 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  62.43 
 
 		 337 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  62.43 
 
 		 337 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  62.43 
 
 		 337 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  63.61 
 
 		 337 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  63.91 
 
 		 337 aa  412  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  33.12 
 
 		 368 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  31.43 
 
 		 367 aa  151  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  35.98 
 
 		 368 aa  146  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  36.4 
 
 		 368 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 367 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  31.51 
 
 		 394 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  27.1 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 368 aa  109  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  29.07 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  31.03 
 
 		 394 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  30.67 
 
 		 394 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  31.03 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  31.09 
 
 		 412 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.81 
 
 		 412 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  29.52 
 
 		 393 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  26.82 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  29.52 
 
 		 393 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.9 
 
 		 393 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  26.44 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  26.44 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  26.44 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  27.89 
 
 		 394 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  30.61 
 
 		 551 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  27.36 
 
 		 394 aa  97.4  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  28.63 
 
 		 367 aa  97.4  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  26.56 
 
 		 367 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  25.47 
 
 		 399 aa  96.3  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  26.95 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  27.49 
 
 		 373 aa  95.1  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  28.28 
 
 		 386 aa  89.4  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 		 739 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 		 544 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.18 
 
 		 456 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2645  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  29.81 
 
 		 364 aa  82  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.26 
 
 		 715 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 		 581 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1679  two component transcriptional regulator  34.87 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2177  response regulator receiver protein  36.52 
 
 		 120 aa  79.3  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3648  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.12 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 438 aa  77.4  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.65 
 
 		 363 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  35.92 
 
 		 598 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  36.21 
 
 		 715 aa  77  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2358  two component transcriptional regulator  39.6 
 
 		 231 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0136772  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 204 aa  75.1  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.87 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2620  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 532 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0658498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35 
 
 		 394 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2019  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 123 aa  73.9  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.7 
 
 		 1058 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3173  histidine kinase  39.81 
 
 		 606 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.286696  normal  0.896245 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0136  two component transcriptional regulator  40.59 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0868  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 		 650 aa  73.9  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.2 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01511  two-component response regulator  40.59 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0092  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 120 aa  73.6  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01531  two-component response regulator  40.59 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01621  two-component response regulator  40.59 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.367767  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2709  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.79 
 
 		 501 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.710197  normal  0.745824 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2370  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1801  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 		 699 aa  73.2  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000631548  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  34.91 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  34.91 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 236 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.89 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  33.91 
 
 		 544 aa  73.2  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2887  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.94 
 
 		 423 aa  72.8  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1382  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 122 aa  72.8  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.997925  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4376  LuxR response regulator receiver  27.56 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.945677 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  34.91 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 226 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>