More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1396 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  100 
 
 		 367 aa  754    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  74.93 
 
 		 367 aa  570  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  74.11 
 
 		 367 aa  570  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  64.58 
 
 		 367 aa  498  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  64.58 
 
 		 367 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  64.58 
 
 		 367 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  64.31 
 
 		 367 aa  488  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  65.94 
 
 		 367 aa  487  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  62.13 
 
 		 367 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  61.85 
 
 		 367 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  62.13 
 
 		 367 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  61.85 
 
 		 367 aa  478  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  62.94 
 
 		 376 aa  473  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  61.31 
 
 		 368 aa  462  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  56.92 
 
 		 386 aa  448  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  56.33 
 
 		 373 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.83 
 
 		 393 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  33.46 
 
 		 412 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.09 
 
 		 412 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  33.46 
 
 		 393 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  33.46 
 
 		 393 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  32.74 
 
 		 394 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  32.38 
 
 		 394 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  30.74 
 
 		 394 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  30.74 
 
 		 394 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  30 
 
 		 394 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  28.03 
 
 		 394 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  28.77 
 
 		 399 aa  123  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  29.8 
 
 		 368 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  27.59 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  28.29 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  26.9 
 
 		 368 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  32.82 
 
 		 489 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  28.02 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  31.31 
 
 		 338 aa  105  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.36 
 
 		 739 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  28.06 
 
 		 338 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  28.24 
 
 		 338 aa  102  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  29.8 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  29.8 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.82 
 
 		 410 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.52 
 
 		 363 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.95 
 
 		 602 aa  99.4  9e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  43.14 
 
 		 544 aa  99.4  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  29.29 
 
 		 338 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  30.92 
 
 		 337 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  30.92 
 
 		 337 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  30.92 
 
 		 337 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  30.92 
 
 		 337 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  30.92 
 
 		 337 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  40 
 
 		 715 aa  93.2  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  25 
 
 		 337 aa  93.2  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1479  response regulator receiver protein  24.28 
 
 		 402 aa  92.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.76 
 
 		 715 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.76 
 
 		 489 aa  92  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  29.95 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  29.95 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  29.95 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  29.95 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  29.95 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  29.95 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  29.95 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  29.95 
 
 		 337 aa  91.3  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2769  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 		 773 aa  90.1  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  33.14 
 
 		 337 aa  89.7  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  37.07 
 
 		 598 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.58 
 
 		 581 aa  87.4  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 335 aa  87  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2082  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  28.57 
 
 		 566 aa  86.7  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 551 aa  86.7  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  36.13 
 
 		 358 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.27 
 
 		 391 aa  86.7  7e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.98 
 
 		 385 aa  85.5  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3770  response regulator receiver protein  25.92 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0583  response regulator receiver protein  23.88 
 
 		 394 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2677  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.09 
 
 		 395 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.971959  normal  0.344308 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3744  putative GAF sensor protein  34.78 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 454 aa  82.8  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 		 526 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 480 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 387 aa  80.5  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  29.09 
 
 		 544 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.61 
 
 		 513 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2550  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 		 685 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.77 
 
 		 709 aa  79.7  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4779  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.25 
 
 		 494 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1590  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 485 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0352913  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0243  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 485 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.23 
 
 		 451 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.45 
 
 		 448 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.92 
 
 		 489 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3415  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 453 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3581  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 490 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.92 
 
 		 489 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 457 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0868  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 		 650 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0049  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 		 486 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627609 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.88 
 
 		 389 aa  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.21 
 
 		 361 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08281  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  37.72 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>