More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1312 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3196  response regulator  91.28 
 
 		 367 aa  686    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  82.83 
 
 		 367 aa  640    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  87.19 
 
 		 376 aa  656    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  100 
 
 		 367 aa  745    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  100 
 
 		 367 aa  745    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  96.73 
 
 		 367 aa  724    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  83.38 
 
 		 367 aa  637    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  83.38 
 
 		 367 aa  641    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  82.83 
 
 		 367 aa  636    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  68.39 
 
 		 367 aa  536  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  66.21 
 
 		 367 aa  510  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  66.49 
 
 		 367 aa  501  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  61.99 
 
 		 373 aa  475  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  64.58 
 
 		 367 aa  476  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  59.01 
 
 		 386 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  58.31 
 
 		 368 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  31.6 
 
 		 394 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  32.36 
 
 		 394 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.36 
 
 		 393 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  32 
 
 		 393 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  32.22 
 
 		 393 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  33.45 
 
 		 394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.6 
 
 		 412 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  31.27 
 
 		 412 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  31.62 
 
 		 394 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  31.25 
 
 		 394 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  32.08 
 
 		 394 aa  142  9e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  30.68 
 
 		 399 aa  133  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  30.42 
 
 		 368 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  30 
 
 		 368 aa  119  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  30.08 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  28.51 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  27.85 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  47.01 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.25 
 
 		 602 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 544 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.52 
 
 		 715 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  40.17 
 
 		 715 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  37.29 
 
 		 489 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.32 
 
 		 739 aa  99.8  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1479  response regulator receiver protein  26.55 
 
 		 402 aa  99.8  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  33.9 
 
 		 598 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  27.99 
 
 		 337 aa  97.8  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.68 
 
 		 363 aa  96.3  8e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  33.86 
 
 		 358 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  27.69 
 
 		 338 aa  93.2  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  27.69 
 
 		 338 aa  93.2  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.4 
 
 		 361 aa  92.8  8e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  30.95 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  28.78 
 
 		 338 aa  92  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  29.06 
 
 		 338 aa  90.1  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  29.34 
 
 		 544 aa  90.5  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  37.29 
 
 		 551 aa  90.1  6e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  26.72 
 
 		 338 aa  90.1  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0904  two component Fis family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 454 aa  89.4  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.22 
 
 		 513 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 459 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  28.02 
 
 		 337 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  28.02 
 
 		 337 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 		 581 aa  87.4  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  28.02 
 
 		 337 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  28.02 
 
 		 337 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  28.02 
 
 		 337 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  28.02 
 
 		 337 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  28.02 
 
 		 337 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.05 
 
 		 394 aa  87  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 		 526 aa  86.7  6e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  28.02 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  29.52 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.99 
 
 		 653 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3744  putative GAF sensor protein  34.19 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.77 
 
 		 461 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0470  sigma-54 dependent response regulator  37.74 
 
 		 453 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.253212  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.45 
 
 		 457 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  33.86 
 
 		 441 aa  83.2  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  33.86 
 
 		 441 aa  83.2  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.86 
 
 		 441 aa  82.8  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  33.86 
 
 		 441 aa  82.8  0.000000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 462 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  33.86 
 
 		 441 aa  82.8  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 478 aa  82.8  0.000000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 		 489 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  36.97 
 
 		 473 aa  82.8  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  39.6 
 
 		 230 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 457 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.66 
 
 		 477 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0183  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35 
 
 		 387 aa  82.4  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 454 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  33.07 
 
 		 441 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1351  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 141 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000171187  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.52 
 
 		 725 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0583  response regulator receiver protein  28.22 
 
 		 394 aa  82  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>